ARTreeFormer: A Faster Attention-based Autoregressive Model for Phylogenetic Inference
Fuente:
arXiv
Gespeichert in:
| Hauptverfasser: | Xie, Tianyu, Mao, Yicong, Zhang, Cheng |
|---|---|
| Format: | Preprint |
| Veröffentlicht: |
2025
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| Schlagworte: | |
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