Buchumschlag

Protein-SE(3): Benchmarking SE(3)-based Generative Models for Protein Structure Design

Fuente: arXiv

Gespeichert in:

Bibliographische Detailangaben
Hauptverfasser:	Yu, Lang, Gao, Zhangyang, Tan, Cheng, Chen, Qin, Zhou, Jie, He, Liang
Format:	Preprint
Veröffentlicht:	2025
Schlagworte:	Machine Learning Artificial Intelligence
Online-Zugang:	Acceder al recurso
Tags:	Tag hinzufügen Keine Tags, Fügen Sie den ersten Tag hinzu!

Ähnliche Einträge

SE(3)-Stochastic Flow Matching for Protein Backbone Generation
von: Bose, Avishek Joey, et al.
Veröffentlicht: (2023)

PFMBench: Protein Foundation Model Benchmark
von: Gao, Zhangyang, et al.
Veröffentlicht: (2025)

SE(3)-Equivariant Ternary Complex Prediction Towards Target Protein Degradation
von: Xue, Fanglei, et al.
Veröffentlicht: (2025)

PSC-CPI: Multi-Scale Protein Sequence-Structure Contrasting for Efficient and Generalizable Compound-Protein Interaction Prediction
von: Wu, Lirong, et al.
Veröffentlicht: (2024)

FoldToken: Learning Protein Language via Vector Quantization and Beyond
von: Gao, Zhangyang, et al.
Veröffentlicht: (2024)

ProteinOPD: Towards Effective and Efficient Preference Alignment for Protein Design
von: Zhang, Yulin, et al.
Veröffentlicht: (2026)

S$^2$Drug: Bridging Protein Sequence and 3D Structure in Contrastive Representation Learning for Virtual Screening
von: He, Bowei, et al.
Veröffentlicht: (2025)

EquiCPI: SE(3)-Equivariant Geometric Deep Learning for Structure-Aware Prediction of Compound-Protein Interactions
von: Nguyen, Ngoc-Quang
Veröffentlicht: (2025)

On Accelerating Diffusion-based Molecular Conformation Generation in SE(3)-invariant Space
von: Zhou, Zihan, et al.
Veröffentlicht: (2023)

Cross-Gate MLP with Protein Complex Invariant Embedding is A One-Shot Antibody Designer
von: Tan, Cheng, et al.
Veröffentlicht: (2023)

Scalable Spatio-Temporal SE(3) Diffusion for Long-Horizon Protein Dynamics
von: Shoghi, Nima, et al.
Veröffentlicht: (2026)

Towards Joint Sequence-Structure Generation of Nucleic Acid and Protein Complexes with SE(3)-Discrete Diffusion
von: Morehead, Alex, et al.
Veröffentlicht: (2023)

General Protein Pretraining or Domain-Specific Designs? Benchmarking Protein Modeling on Realistic Applications
von: Yan, Shuo, et al.
Veröffentlicht: (2025)

RDesign: Hierarchical Data-efficient Representation Learning for Tertiary Structure-based RNA Design
von: Tan, Cheng, et al.
Veröffentlicht: (2023)

MSAGPT: Neural Prompting Protein Structure Prediction via MSA Generative Pre-Training
von: Chen, Bo, et al.
Veröffentlicht: (2024)

MolChord: Structure-Sequence Alignment for Protein-Guided Drug Design
von: Zhang, Wei, et al.
Veröffentlicht: (2025)

PDFBench: A Benchmark for De novo Protein Design from Function
von: Kuang, Jiahao, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Structure-Aligned Protein Language Model
von: Chen, Can, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Advanced Deep Learning Methods for Protein Structure Prediction and Design
von: Zhang, Yichao, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Protein Design with Dynamic Protein Vocabulary
von: Liu, Nuowei, et al.
Veröffentlicht: (2025)

SE-VGAE: Unsupervised Disentangled Representation Learning for Interpretable Architectural Layout Design Graph Generation
von: Chen, Jielin, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Protein Autoregressive Modeling via Multiscale Structure Generation
von: Qu, Yanru, et al.
Veröffentlicht: (2026)

Protein Structure Tokenization: Benchmarking and New Recipe
von: Yuan, Xinyu, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Joint Design of Protein Surface and Structure Using a Diffusion Bridge Model
von: Li, Guanlue, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Distilled Protein Backbone Generation
von: Xie, Liyang, et al.
Veröffentlicht: (2025)

ProtFlow: Fast Protein Sequence Design via Flow Matching on Compressed Protein Language Model Embeddings
von: Kong, Zitai, et al.
Veröffentlicht: (2025)

FoldToken2: Learning compact, invariant and generative protein structure language
von: Gao, Zhangyang, et al.
Veröffentlicht: (2024)

SE-Bench: Benchmarking Self-Evolution with Knowledge Internalization
von: Yuan, Jiarui, et al.
Veröffentlicht: (2026)

DOSE3 : Diffusion-based Out-of-distribution detection on SE(3) trajectories
von: Cheng, Hongzhe, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Training Compute-Optimal Protein Language Models
von: Cheng, Xingyi, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Constrained Diffusion for Protein Design with Hard Structural Constraints
von: Christopher, Jacob K., et al.
Veröffentlicht: (2025)

SE(3)-bi-equivariant Transformers for Point Cloud Assembly
von: Wang, Ziming, et al.
Veröffentlicht: (2024)

SFM-Protein: Integrative Co-evolutionary Pre-training for Advanced Protein Sequence Representation
von: He, Liang, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Unifying Sequences, Structures, and Descriptions for Any-to-Any Protein Generation with the Large Multimodal Model HelixProtX
von: Chen, Zhiyuan, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Generative AI for Controllable Protein Sequence Design: A Survey
von: Zhu, Yiheng, et al.
Veröffentlicht: (2024)

EMOCPD: Efficient Attention-based Models for Computational Protein Design Using Amino Acid Microenvironment
von: Ling, Xiaoqi, et al.
Veröffentlicht: (2024)

SafeProtein: Red-Teaming Framework and Benchmark for Protein Foundation Models
von: Fan, Jigang, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Protein Structure Prediction in the 3D HP Model Using Deep Reinforcement Learning
von: Espitia, Giovanny, et al.
Veröffentlicht: (2024)

MARA: Continuous SE(3)-Equivariant Attention for Molecular Force Fields
von: Leonardi, Francesco, et al.
Veröffentlicht: (2026)

Elucidating the Design Space of Multimodal Protein Language Models
von: Hsieh, Cheng-Yen, et al.
Veröffentlicht: (2025)