Evaluating Integrative Strategies for Incorporating Phenotypic Features in Spatial Transcriptomics
Fuente:
arXiv
Gespeichert in:
| Hauptverfasser: | Moser, Levin M, Hamid, Ahmad Kamal, Miglietta, Esteban, Gogoberidze, Nodar, Cimini, Beth A |
|---|---|
| Format: | Preprint |
| Veröffentlicht: |
2025
|
| Schlagworte: | |
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