AGP: A Novel Arabidopsis thaliana Genomics-Phenomics Dataset and its HyperGraph Baseline Benchmarking
Fuente:
arXiv
Gespeichert in:
| Hauptverfasser: | Serna-Aguilera, Manuel, Goggin, Fiona L., Goswami, Aranyak, Bucksch, Alexander, Liu, Suxing, Luu, Khoa |
|---|---|
| Format: | Preprint |
| Veröffentlicht: |
2025
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