Evolutionary Profiles for Protein Fitness Prediction
Fuente:
arXiv
Gespeichert in:
| Hauptverfasser: | Fan, Jigang, Jiao, Xiaoran, Lin, Shengdong, Liang, Zhanming, Mao, Weian, Jing, Chenchen, Chen, Hao, Shen, Chunhua |
|---|---|
| Format: | Preprint |
| Veröffentlicht: |
2025
|
| Schlagworte: | |
| Online-Zugang: | |
| Tags: |
Tag hinzufügen
Keine Tags, Fügen Sie den ersten Tag hinzu!
|
Ähnliche Einträge
TriFit: Trimodal Fusion with Protein Dynamics for Mutation Fitness Prediction
von: Cho, Seungik
Veröffentlicht: (2026)
von: Cho, Seungik
Veröffentlicht: (2026)
Protein folding classes -- High-dimensional geometry of amino acid composition space revisited
von: Mao, Boryeu
Veröffentlicht: (2025)
von: Mao, Boryeu
Veröffentlicht: (2025)
UniSite: The First Cross-Structure Dataset and Learning Framework for End-to-End Ligand Binding Site Detection
von: Fan, Jigang, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Fan, Jigang, et al.
Veröffentlicht: (2025)
SafeProtein: Red-Teaming Framework and Benchmark for Protein Foundation Models
von: Fan, Jigang, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Fan, Jigang, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Protriever: End-to-End Differentiable Protein Homology Search for Fitness Prediction
von: Weitzman, Ruben, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Weitzman, Ruben, et al.
Veröffentlicht: (2025)
EvoIF: Evolutionary Profiles for Protein Fitness Prediction
von: Jiao, Xiaoran, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Jiao, Xiaoran, et al.
Veröffentlicht: (2026)
Leveraging Machine Learning Models for Peptide-Protein Interaction Prediction
von: Yin, Song, et al.
Veröffentlicht: (2023)
von: Yin, Song, et al.
Veröffentlicht: (2023)
Improving Protein Optimization with Smoothed Fitness Landscapes
von: Kirjner, Andrew, et al.
Veröffentlicht: (2023)
von: Kirjner, Andrew, et al.
Veröffentlicht: (2023)
Predicting Protein-Nucleic Acid Flexibility Using Persistent Sheaf Laplacians
von: Hayes, Nicole, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Hayes, Nicole, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Enhancing Protein Predictive Models via Proteins Data Augmentation: A Benchmark and New Directions
von: Sun, Rui, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Sun, Rui, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Frequency-Space Mechanics: A Sequence and Coordinate-Free Representation for Protein Function Prediction
von: Reilly, Charles B
Veröffentlicht: (2026)
von: Reilly, Charles B
Veröffentlicht: (2026)
Robust Optimization in Protein Fitness Landscapes Using Reinforcement Learning in Latent Space
von: Lee, Minji, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Lee, Minji, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Protein-Mamba: Biological Mamba Models for Protein Function Prediction
von: Xu, Bohao, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Xu, Bohao, et al.
Veröffentlicht: (2024)
ProteinBench: A Holistic Evaluation of Protein Foundation Models
von: Ye, Fei, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Ye, Fei, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Persistent Sheaf Laplacian Analysis of Protein Flexibility
von: Hayes, Nicole, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Hayes, Nicole, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Canonicalization of the E value from BLAST similarity search -- dissimilarity measure and distance function for a metric space of protein sequences
von: Mao, Boryeu
Veröffentlicht: (2025)
von: Mao, Boryeu
Veröffentlicht: (2025)
AMPCliff: quantitative definition and benchmarking of activity cliffs in antimicrobial peptides
von: Li, Kewei, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Li, Kewei, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Impact of Force Field Polarization on Correlated Motions of Proteins
von: Milinski, Ana, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Milinski, Ana, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Scoring-Assisted Generative Exploration for Proteins (SAGE-Prot): A Framework for Multi-Objective Protein Optimization via Iterative Sequence Generation and Evaluation
von: Lim, Hocheol, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Lim, Hocheol, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Towards a Unified Framework for Determining Conformational Ensembles of Disordered Proteins
von: Ghafouri, Hamidreza, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Ghafouri, Hamidreza, et al.
Veröffentlicht: (2025)
General Protein Pretraining or Domain-Specific Designs? Benchmarking Protein Modeling on Realistic Applications
von: Yan, Shuo, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Yan, Shuo, et al.
Veröffentlicht: (2025)
VARIANT: Web Server for Decoding and Analyzing Viral Mutations at Genome and Protein Levels
von: Wang, Rui, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Wang, Rui, et al.
Veröffentlicht: (2026)
LAFA: A Framework for Reproducible Longitudinal Assessment of Protein Function Annotation Models
von: Phan, An, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Phan, An, et al.
Veröffentlicht: (2026)
Characterizing the Conformational States of G Protein Coupled Receptors Generated with AlphaFold
von: Chib, Garima, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Chib, Garima, et al.
Veröffentlicht: (2025)
HelixDesign-Binder: A Scalable Production-Grade Platform for Binder Design Built on HelixFold3
von: Gao, Jie, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Gao, Jie, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Boltzmann-Aligned Inverse Folding Model as a Predictor of Mutational Effects on Protein-Protein Interactions
von: Jiao, Xiaoran, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Jiao, Xiaoran, et al.
Veröffentlicht: (2024)
scPPDM: A Diffusion Model for Single-Cell Drug-Response Prediction
von: Liang, Zhaokang, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Liang, Zhaokang, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Marginal Girsanov Reweighting: Stable Variance Reduction for Long-Timescale Dynamics from Biased Simulation
von: Wang, Yan, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Wang, Yan, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Substrate Prediction for RiPP Biosynthetic Enzymes via Masked Language Modeling and Transfer Learning
von: Clark, Joseph D., et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Clark, Joseph D., et al.
Veröffentlicht: (2024)
Explainable Machine Learning and Deep Learning Models for Predicting TAS2R-Bitter Molecule Interactions
von: Ferri, Francesco, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Ferri, Francesco, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Protein Autoregressive Modeling via Multiscale Structure Generation
von: Qu, Yanru, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Qu, Yanru, et al.
Veröffentlicht: (2026)
ProDCARL: Reinforcement Learning-Aligned Diffusion Models for De Novo Antimicrobial Peptide Design
von: Sheng, Fang, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Sheng, Fang, et al.
Veröffentlicht: (2026)
Pharmacology Knowledge Graphs: Do We Need Chemical Structure for Drug Repurposing?
von: Abo-Dahab, Youssef, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Abo-Dahab, Youssef, et al.
Veröffentlicht: (2026)
InterPLM: Discovering Interpretable Features in Protein Language Models via Sparse Autoencoders
von: Simon, Elana, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Simon, Elana, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Protein Fold Classification at Scale: Benchmarking and Pretraining
von: Chen, Dexiong, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Chen, Dexiong, et al.
Veröffentlicht: (2026)
A Multi-Grained Symmetric Differential Equation Model for Learning Protein-Ligand Binding Dynamics
von: Liu, Shengchao, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Liu, Shengchao, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Endowing Protein Language Models with Structural Knowledge
von: Chen, Dexiong, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Chen, Dexiong, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Modeling enzyme temperature stability from sequence segment perspective
von: Zhang, Ziqi, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Zhang, Ziqi, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Investigating Knowledge Distillation Through Neural Networks for Protein Binding Affinity Prediction
von: Abbasi, Wajid Arshad, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Abbasi, Wajid Arshad, et al.
Veröffentlicht: (2026)
Beyond Sequence: Impact of Geometric Context for RNA Property Prediction
von: Xu, Junjie, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Xu, Junjie, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Ähnliche Einträge
-
TriFit: Trimodal Fusion with Protein Dynamics for Mutation Fitness Prediction
von: Cho, Seungik
Veröffentlicht: (2026) -
Protein folding classes -- High-dimensional geometry of amino acid composition space revisited
von: Mao, Boryeu
Veröffentlicht: (2025) -
UniSite: The First Cross-Structure Dataset and Learning Framework for End-to-End Ligand Binding Site Detection
von: Fan, Jigang, et al.
Veröffentlicht: (2025) -
SafeProtein: Red-Teaming Framework and Benchmark for Protein Foundation Models
von: Fan, Jigang, et al.
Veröffentlicht: (2025) -
Protriever: End-to-End Differentiable Protein Homology Search for Fitness Prediction
von: Weitzman, Ruben, et al.
Veröffentlicht: (2025)