Relaxed Sequence Sampling for Diverse Protein Design
Fuente:
arXiv
Gespeichert in:
| Hauptverfasser: | Ko, Joohwan, Rontogiannis, Aristofanis, Ban, Yih-En Andrew, Elaldi, Axel, Franklin, Nicholas |
|---|---|
| Format: | Preprint |
| Veröffentlicht: |
2025
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| Schlagworte: | |
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