RNAGenScape: Property-Guided, Optimized Generation of mRNA Sequences with Manifold Langevin Dynamics
Fuente:
arXiv
Salvato in:
| Autori principali: | Liao, Danqi, Liu, Chen, Sun, Xingzhi, Tang, Dié, Wang, Haochen, Youlten, Scott, Gopinath, Srikar Krishna, Lee, Haejeong, Strayer, Ethan C., Giraldez, Antonio J., Krishnaswamy, Smita |
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| Natura: | Preprint |
| Pubblicazione: |
2025
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