GenePheno: Interpretable Gene Knockout-Induced Phenotype Abnormality Prediction from Gene Sequences
Fuente:
arXiv
Enregistré dans:
| Auteurs principaux: | Yan, Jingquan, Miao, Yuwei, Yu, Lei, Guo, Yuzhi, Xiao, Xue, Xu, Lin, Huang, Junzhou |
|---|---|
| Format: | Preprint |
| Publié: |
2025
|
| Sujets: | |
| Accès en ligne: | |
| Tags: |
Ajouter un tag
Pas de tags, Soyez le premier à ajouter un tag!
|
Documents similaires
GoBERT: Gene Ontology Graph Informed BERT for Universal Gene Function Prediction
par: Miao, Yuwei, et autres
Publié: (2025)
par: Miao, Yuwei, et autres
Publié: (2025)
UniEntrezDB: Large-scale Gene Ontology Annotation Dataset and Evaluation Benchmarks with Unified Entrez Gene Identifiers
par: Miao, Yuwei, et autres
Publié: (2024)
par: Miao, Yuwei, et autres
Publié: (2024)
Breaking the Correlation Plateau: On the Optimization and Capacity Limits of Attention-Based Regressors
par: Yan, Jingquan, et autres
Publié: (2026)
par: Yan, Jingquan, et autres
Publié: (2026)
PhenoLinker: Phenotype-Gene Link Prediction and Explanation using Heterogeneous Graph Neural Networks
par: Andreu, Jose L. Mellina, et autres
Publié: (2024)
par: Andreu, Jose L. Mellina, et autres
Publié: (2024)
PhenoKG: Knowledge Graph-Driven Gene Discovery and Patient Insights from Phenotypes Alone
par: Zaripova, Kamilia, et autres
Publié: (2025)
par: Zaripova, Kamilia, et autres
Publié: (2025)
scpFormer: A Foundation Model for Unified Representation and Integration of the Single-Cell Proteomics
par: Zhou, Qifeng, et autres
Publié: (2026)
par: Zhou, Qifeng, et autres
Publié: (2026)
Study on the Mechanism of Hearing Loss Induced by USH2A Gene Knockout
par: Chi Chen, et autres
Publié: (2026)
par: Chi Chen, et autres
Publié: (2026)
Beyond Independent Genes: Learning Module-Inductive Representations for Gene Perturbation Prediction
par: Ruan, Jiafa, et autres
Publié: (2026)
par: Ruan, Jiafa, et autres
Publié: (2026)
DNAZEN: Enhanced Gene Sequence Representations via Mixed Granularities of Coding Units
par: Mao, Lei, et autres
Publié: (2025)
par: Mao, Lei, et autres
Publié: (2025)
Machine Learning Algorithm for Noise Reduction and Disease-Causing Gene Feature Extraction in Gene Sequencing Data
par: Si, Weichen, et autres
Publié: (2025)
par: Si, Weichen, et autres
Publié: (2025)
DELST: Dual Entailment Learning for Hyperbolic Image-Gene Pretraining in Spatial Transcriptomics
par: Chen, Xulin, et autres
Publié: (2025)
par: Chen, Xulin, et autres
Publié: (2025)
HLA ‐Knockout: Enabling Allele‐Specific Knockout of HLA Class I Genes for Immunogenic Engineering
par: Connor Mattivi, et autres
Publié: (2026)
par: Connor Mattivi, et autres
Publié: (2026)
Graph Diffusion Network for Drug-Gene Prediction
par: Wu, Jiayang, et autres
Publié: (2025)
par: Wu, Jiayang, et autres
Publié: (2025)
Auxiliary Gene Learning: Spatial Gene Expression Estimation by Auxiliary Gene Selection
par: Shiku, Kaito, et autres
Publié: (2025)
par: Shiku, Kaito, et autres
Publié: (2025)
Alzheimer’s disease‐associated gene ranking using PhenoGeneRanker
par: Most Tahmina Rahman, et autres
Publié: (2024)
par: Most Tahmina Rahman, et autres
Publié: (2024)
Generative Language Models on Nucleotide Sequences of Human Genes
par: Ihtiyar, Musa Nuri, et autres
Publié: (2023)
par: Ihtiyar, Musa Nuri, et autres
Publié: (2023)
Machine Learning-Based Genomic Linguistic Analysis (Gene Sequence Feature Learning): A Case Study on Predicting Heavy Metal Response Genes in Rice
par: Yang, Ruiqi, et autres
Publié: (2025)
par: Yang, Ruiqi, et autres
Publié: (2025)
Boundary-Guided Learning for Gene Expression Prediction in Spatial Transcriptomics
par: Qu, Mingcheng, et autres
Publié: (2024)
par: Qu, Mingcheng, et autres
Publié: (2024)
Gene Incremental Learning for Single-Cell Transcriptomics
par: Qi, Jiaxin, et autres
Publié: (2025)
par: Qi, Jiaxin, et autres
Publié: (2025)
BSM: Small but Powerful Biological Sequence Model for Genes and Proteins
par: Xiang, Weixi, et autres
Publié: (2024)
par: Xiang, Weixi, et autres
Publié: (2024)
CRISPR/Cas9‐Mediated Gene Knockout in Cereal Crops
par: Dibyajyoti Pramanik, et autres
Publié: (2025)
par: Dibyajyoti Pramanik, et autres
Publié: (2025)
Gene Expression Profiling in the Cortex of Fabp4 Knockout Mice
par: Hinako Kirikae, et autres
Publié: (2025)
par: Hinako Kirikae, et autres
Publié: (2025)
Analysis of the Phenotype and Gene Mutations of Two Families With Combined Mutations of Anticoagulant Protein Genes
par: Yueli Guo, et autres
Publié: (2026)
par: Yueli Guo, et autres
Publié: (2026)
Extending Sequence Length is Not All You Need: Effective Integration of Multimodal Signals for Gene Expression Prediction
par: Yang, Zhao, et autres
Publié: (2026)
par: Yang, Zhao, et autres
Publié: (2026)
Optimizing Gene-Based Testing for Antibiotic Resistance Prediction
par: Hagerman, David, et autres
Publié: (2025)
par: Hagerman, David, et autres
Publié: (2025)
PhenoProfiler: Advancing Phenotypic Learning for Image-based Drug Discovery
par: Li, Bo, et autres
Publié: (2025)
par: Li, Bo, et autres
Publié: (2025)
Prediction of Lung Adenocarcinoma Driver Genes Through Protein–Protein Interaction Networks Utilizing GenePlexus
par: Fei Yuan, et autres
Publié: (2024)
par: Fei Yuan, et autres
Publié: (2024)
Retrieval-Augmented Generation for Predicting Cellular Responses to Gene Perturbation
par: Di Francesco, Andrea Giuseppe, et autres
Publié: (2026)
par: Di Francesco, Andrea Giuseppe, et autres
Publié: (2026)
Evaluation of Coding Schemes for Transformer-based Gene Sequence Modeling
par: Gong, Chenlei, et autres
Publié: (2025)
par: Gong, Chenlei, et autres
Publié: (2025)
Heterogeneous Causal Metapath Graph Neural Network for Gene-Microbe-Disease Association Prediction
par: Zhang, Kexin, et autres
Publié: (2024)
par: Zhang, Kexin, et autres
Publié: (2024)
Contrastive Learning for Predicting Cancer Prognosis Using Gene Expression Values
par: Sun, Anchen, et autres
Publié: (2023)
par: Sun, Anchen, et autres
Publié: (2023)
Effective Gene Expression Prediction and Optimization from Protein Sequences
par: Tuoyu Liu, et autres
Publié: (2025)
par: Tuoyu Liu, et autres
Publié: (2025)
Enhancing CRISPR /Cas‐Mediated Gene Knockout With Short Non‐Homologous Oligonucleotides
par: Yen Peng Chew, et autres
Publié: (2026)
par: Yen Peng Chew, et autres
Publié: (2026)
scHelix: Asymmetric Dual-Stream Integration via Explicit Gene-Level Disentanglement
par: Yan, Xichen, et autres
Publié: (2026)
par: Yan, Xichen, et autres
Publié: (2026)
Abnormal Hearing Phenotypes in “Ignorome” Knockout Mice as Predictors of Cognitive Dysfunction
par: Sergio Vicencio‐Jimenez, et autres
Publié: (2026)
par: Sergio Vicencio‐Jimenez, et autres
Publié: (2026)
Abnormal Expression of COX5B Gene and Disorder of Mitochondrial Function in Cryptorchid Rats
par: Xuehan Wang, et autres
Publié: (2024)
par: Xuehan Wang, et autres
Publié: (2024)
Evaluating Deep Regression Models for WSI-Based Gene-Expression Prediction
par: Gustafsson, Fredrik K., et autres
Publié: (2024)
par: Gustafsson, Fredrik K., et autres
Publié: (2024)
CSGDN: Contrastive Signed Graph Diffusion Network for Predicting Crop Gene-phenotype Associations
par: Pan, Yiru, et autres
Publié: (2024)
par: Pan, Yiru, et autres
Publié: (2024)
Gene‐Environment Interactions and Gene–Gene Interactions on Two Biological Age Measures: Evidence from Taiwan Biobank Participants (Adv. Biology 7/2024)
par: Wan‐Yu Lin
Publié: (2024)
par: Wan‐Yu Lin
Publié: (2024)
drGT: Attention-Guided Gene Assessment of Drug Response Utilizing a Drug-Cell-Gene Heterogeneous Network
par: Inoue, Yoshitaka, et autres
Publié: (2024)
par: Inoue, Yoshitaka, et autres
Publié: (2024)
Documents similaires
-
GoBERT: Gene Ontology Graph Informed BERT for Universal Gene Function Prediction
par: Miao, Yuwei, et autres
Publié: (2025) -
UniEntrezDB: Large-scale Gene Ontology Annotation Dataset and Evaluation Benchmarks with Unified Entrez Gene Identifiers
par: Miao, Yuwei, et autres
Publié: (2024) -
Breaking the Correlation Plateau: On the Optimization and Capacity Limits of Attention-Based Regressors
par: Yan, Jingquan, et autres
Publié: (2026) -
PhenoLinker: Phenotype-Gene Link Prediction and Explanation using Heterogeneous Graph Neural Networks
par: Andreu, Jose L. Mellina, et autres
Publié: (2024) -
PhenoKG: Knowledge Graph-Driven Gene Discovery and Patient Insights from Phenotypes Alone
par: Zaripova, Kamilia, et autres
Publié: (2025)