A Fixed-Volume Variant of Gibbs-Ensemble Monte Carlo Yields Significant Speedup in Binodal Calculation
Fuente:
arXiv
Gespeichert in:
| Hauptverfasser: | Qin, Sanbo, Zhou, Huan-Xiang |
|---|---|
| Format: | Preprint |
| Veröffentlicht: |
2025
|
| Schlagworte: | |
| Online-Zugang: | |
| Tags: |
Tag hinzufügen
Keine Tags, Fügen Sie den ersten Tag hinzu!
|
Ähnliche Einträge
Knowledge Distillation of a Protein Language Model Yields a Foundational Implicit Solvent Model
von: Airas, Justin, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Airas, Justin, et al.
Veröffentlicht: (2026)
A Monte Carlo simulation framework for investigating the effect of inter-track coupling on H$_2$O$_2$ productions at ultra-high dose rates
von: Abolfath, Ramin, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Abolfath, Ramin, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Delving into the Catalytic Mechanism of Molybdenum Cofactors: A Novel Coupled Cluster Study
von: Gałyńska, Marta, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Gałyńska, Marta, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Machine Learning Enhanced Calculation of Quantum-Classical Binding Free Energies
von: Bensberg, Moritz, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Bensberg, Moritz, et al.
Veröffentlicht: (2025)
An Efficient Integrator Scheme for Sampling the (Quantum) Isobaric-Isothermal Ensemble in (Path Integral) Molecular Dynamics Simulations
von: Liang, Weihao, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Liang, Weihao, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Volume-Scaled Common Nearest Neighbor Clustering Algorithm with Free-Energy Hierarchy
von: Weiß, R. Gregor, et al.
Veröffentlicht: (2020)
von: Weiß, R. Gregor, et al.
Veröffentlicht: (2020)
Breaking the Timescale Barrier: Generative Discovery of Conformational Free-Energy Landscapes and Transition Pathways
von: Tang, Chenyu, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Tang, Chenyu, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Estimating Full Path Lengths and Kinetics from Partial Path Transition Interface Sampling Simulations
von: Vervust, Wouter, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Vervust, Wouter, et al.
Veröffentlicht: (2026)
Deep learning path-like collective variable for enhanced sampling molecular dynamics
von: Fröhlking, Thorben, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Fröhlking, Thorben, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Advanced simulations with PLUMED: OPES and Machine Learning Collective Variables
von: Trizio, Enrico, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Trizio, Enrico, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Scaling Graph Neural Networks to Large Proteins
von: Airas, Justin, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Airas, Justin, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Molecular Hessian matrices from a machine learning random forest regression algorithm
von: Domenichini, Giorgio, et al.
Veröffentlicht: (2023)
von: Domenichini, Giorgio, et al.
Veröffentlicht: (2023)
Orientation Reconstruction of Proteins using Coulomb Explosions
von: André, Tomas, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: André, Tomas, et al.
Veröffentlicht: (2026)
Protein structure classification based on X-ray laser induced Coulomb explosion
von: André, Tomas, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: André, Tomas, et al.
Veröffentlicht: (2024)
MolDStruct: modelling the dynamics and structure of matter exposed to ultrafast X-ray lasers with hybrid collisional-radiative/molecular dynamics
von: Dawod, Ibrahim, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Dawod, Ibrahim, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Auto-WHATMD : Automated Wasserstein-based High-dimensional feature extraction Analysis of Trajectories from Molecular Dynamics
von: Asano, Sosuke, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Asano, Sosuke, et al.
Veröffentlicht: (2026)
Partial Orientation Retrieval of Proteins From Coulomb Explosions
von: André, Tomas, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: André, Tomas, et al.
Veröffentlicht: (2024)
The Effect of a Knot on the Thermal Stability of Protein MJ0366: Insights from Molecular Dynamics and Monte Carlo Simulations
von: Begun, A. M., et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Begun, A. M., et al.
Veröffentlicht: (2024)
Ultra-High Dose-Rates, the FLASH Effect, and Hydrogen Peroxide Yields: Do Experiments and Simulations Really Disagree?
von: Hahn, Marc Benjamin
Veröffentlicht: (2025)
von: Hahn, Marc Benjamin
Veröffentlicht: (2025)
MDRefine: a Python package for refining Molecular Dynamics trajectories with experimental data
von: Gilardoni, Ivan, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Gilardoni, Ivan, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Boosting ensemble refinement with transferable force field corrections: synergistic optimization for molecular simulations
von: Gilardoni, Ivan, et al.
Veröffentlicht: (2023)
von: Gilardoni, Ivan, et al.
Veröffentlicht: (2023)
Laser-induced alignment of nanoparticles and macromolecules for single-particle-imaging applications
von: Amin, Muhamed, et al.
Veröffentlicht: (2023)
von: Amin, Muhamed, et al.
Veröffentlicht: (2023)
SpectraMatcher: A Python Program for Interactive Analysis and Peak Assignment of Vibronic Spectra
von: Langner, Johanna, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Langner, Johanna, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Multiple Topology Replica Exchange of Expanded Ensembles (MT-REXEE) for Multidimensional Alchemical Calculations
von: Friedman, Anika J., et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Friedman, Anika J., et al.
Veröffentlicht: (2024)
Illuminating Protein Dynamics: A Review of Computational Methods for Studying Photoactive Proteins
von: Czach, Sylwia, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Czach, Sylwia, et al.
Veröffentlicht: (2025)
A mesoscale model for quantitative phospholipid monolayer simulations at the air-water interface
von: Zhu, Yongzheng, et al.
Veröffentlicht: (2021)
von: Zhu, Yongzheng, et al.
Veröffentlicht: (2021)
A Fluorescent Ratiometric Potassium Sensor Based on IPG4-Silica Microparticles for Selective Detection and Fluorescence Imaging of Potassium Cations
von: Colella, Francesco, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Colella, Francesco, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Physics-Informed Weakly Supervised Learning for Interatomic Potentials
von: Takamoto, Makoto, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Takamoto, Makoto, et al.
Veröffentlicht: (2024)
TorchMD-Net 2.0: Fast Neural Network Potentials for Molecular Simulations
von: Pelaez, Raul P., et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Pelaez, Raul P., et al.
Veröffentlicht: (2024)
Augmenting Human Expertise in Weighted Ensemble Simulations through Deep Learning based Information Bottleneck
von: Wang, Dedi, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Wang, Dedi, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Excitation of Low-Frequency Modes and the Effects of Protein Dynamics on Spectral Densities of Bacteriochlorophyll Molecules
von: Maity, Sayan, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Maity, Sayan, et al.
Veröffentlicht: (2026)
QMCkl: A Kernel Library for Quantum Monte Carlo Applications
von: Slootman, Emiel, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Slootman, Emiel, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Dependence of energy relaxation and vibrational coherence on the location of light-harvesting chromoproteins in photosynthetic antenna protein complexes
von: Tsubouchi, Masaaki, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Tsubouchi, Masaaki, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Spin-Dependent Amyloid Self-Assembly on Magnetic Substrates
von: Kapon, Yael, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Kapon, Yael, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Emamectin benzoate sensing using vivianenes (2D vivianites)
von: Slathia, Surbhi, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Slathia, Surbhi, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Tripeptide-Dynamics from Empirical and Machine-Learned Energy Functions
von: Aydin, Sena, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Aydin, Sena, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Investigating the Role of pH and Counterions in the Intrinsic Fluorescence of Solid-State L-Lysine
von: Monti, Marta, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Monti, Marta, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Decoding Binding Pathways of Ligands in Prolyl Oligopeptidase
von: Walczewska-Szewc, Katarzyna, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Walczewska-Szewc, Katarzyna, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Enzyme as Maxwell's Demon: Steady-state Deviation from Chemical Equilibrium by Enhanced Enzyme Diffusion
von: Ichii, Shunsuke, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Ichii, Shunsuke, et al.
Veröffentlicht: (2025)
On the role of nuclear quantum effects on the stability of peptides
von: Shen, Jing, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Shen, Jing, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Ähnliche Einträge
-
Knowledge Distillation of a Protein Language Model Yields a Foundational Implicit Solvent Model
von: Airas, Justin, et al.
Veröffentlicht: (2026) -
A Monte Carlo simulation framework for investigating the effect of inter-track coupling on H$_2$O$_2$ productions at ultra-high dose rates
von: Abolfath, Ramin, et al.
Veröffentlicht: (2024) -
Delving into the Catalytic Mechanism of Molybdenum Cofactors: A Novel Coupled Cluster Study
von: Gałyńska, Marta, et al.
Veröffentlicht: (2024) -
Machine Learning Enhanced Calculation of Quantum-Classical Binding Free Energies
von: Bensberg, Moritz, et al.
Veröffentlicht: (2025) -
An Efficient Integrator Scheme for Sampling the (Quantum) Isobaric-Isothermal Ensemble in (Path Integral) Molecular Dynamics Simulations
von: Liang, Weihao, et al.
Veröffentlicht: (2025)