Buchumschlag

BIOME-Bench: A Benchmark for Biomolecular Interaction Inference and Multi-Omics Pathway Mechanism Elucidation from Scientific Literature

Fuente: arXiv

Gespeichert in:

Bibliographische Detailangaben
Hauptverfasser:	Wei, Sibo, Chen, Peng, Dong, Lifeng, Luo, Yin, Wang, Lei, Zhang, Peng, Lu, Wenpeng, Guo, Jianbin, Yang, Hongjun, Zeng, Dajun
Format:	Preprint
Veröffentlicht:	2025
Schlagworte:	Computation and Language
Online-Zugang:	Acceder al recurso
Tags:	Tag hinzufügen Keine Tags, Fügen Sie den ersten Tag hinzu!

Ähnliche Einträge

The Harder The Better: Maintaining Supervised Fine-tuning Generalization with Less but Harder Data
von: Shang, Zhaoyang, et al.
Veröffentlicht: (2025)

AutoResearchBench: Benchmarking AI Agents on Complex Scientific Literature Discovery
von: Xiong, Lei, et al.
Veröffentlicht: (2026)

oMeBench: Towards Robust Benchmarking of LLMs in Organic Mechanism Elucidation and Reasoning
von: Xu, Ruiling, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Structural Diversity Drives Disruptive Scientific Innovation
von: Peng, Yichun, et al.
Veröffentlicht: (2026)

BIOME cohort: Multi‐system microbiome dynamics and clinical outcomes in massive burn injury patients
von: Runzhi Huang, et al.
Veröffentlicht: (2026)

A Molecular Recruitment Colocalization Platform for Visualizing Multi‐Protein Interactions and Engineering Biomolecular Condensates in Living Cells
von: Lei Peng, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Instruct Large Language Models to Generate Scientific Literature Survey Step by Step
von: Lai, Yuxuan, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Physically Valid Biomolecular Interaction Modeling with Gauss-Seidel Projection
von: Chen, Siyuan, et al.
Veröffentlicht: (2025)

AInsteinBench: Benchmarking Coding Agents on Scientific Repositories
von: Duston, Titouan, et al.
Veröffentlicht: (2025)

WindowKV: Task-Adaptive Group-Wise KV Cache Window Selection for Efficient LLM Inference
von: Zuo, Youhui, et al.
Veröffentlicht: (2025)

ProBench: Benchmarking GUI Agents with Accurate Process Information
von: Yang, Leyang, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Medical Question Summarization with Entity-driven Contrastive Learning
von: Lu, Wenpeng, et al.
Veröffentlicht: (2023)

Accurate Biomolecular Structure Prediction in CASP16 With Optimized Inputs to State‐Of‐The‐Art Predictors
von: Wenkai Wang, et al.
Veröffentlicht: (2025)

SOIL COVER AND CHEMICAL AND PHYSICAL ATTRIBUTES IN OXISOL IN THE ATLANTIC FOREST BIOME
von: Ana Paula Almeida Bertossi
Veröffentlicht: (2016)

Deep Causal Learning: Representation, Discovery and Inference
von: Deng, Zizhen, et al.
Veröffentlicht: (2022)

Multi‐Level Quality Differentiation of Fried Grass Carp Fillets: Integrating Exploratory PCA , Supervised PLS ‐ DA Classification, and Correlation Heatmap Analysis to Elucidate Frying Method Effects
von: Wei Zeng, et al.
Veröffentlicht: (2026)

Advanced Carriers for Precise Delivery and Therapeutic Mechanisms of Traditional Chinese Medicines: Integrating Spatial Multi‐Omics and Delivery Visualization
von: Yusheng Zhang, et al.
Veröffentlicht: (2025)

LiViBench: An Omnimodal Benchmark for Interactive Livestream Video Understanding
von: Wang, Xiaodong, et al.
Veröffentlicht: (2026)

The Pathway to Common Prosperity: An Empirical Assessment of Rural Characteristic Industry Policy on Income Growth and Equity
von: Hao You, et al.
Veröffentlicht: (2026)

HighlightBench: Benchmarking Markup-Driven Table Reasoning in Scientific Documents
von: Wang, Lexin, et al.
Veröffentlicht: (2026)

Organ‐on‐a‐Chip Technology and Global Multi‐Omics: Current Applications and Future Directions
von: Xuxia Cao, et al.
Veröffentlicht: (2026)

Toward Design Principles for Biomolecular Condensates for Metabolic Pathways
von: Alain A.M. André, et al.
Veröffentlicht: (2025)

ODesign: A World Model for Biomolecular Interaction Design
von: Zhang, Odin, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Dual Fluorescence and Aggregation‐Induced Emission in Cyclohexadienone Spiro Molecules: Mechanism and Applications
von: Yaming Yu, et al.
Veröffentlicht: (2026)

ProBench: Benchmarking Large Language Models in Competitive Programming
von: Yang, Lei, et al.
Veröffentlicht: (2025)

BenchBench: Benchmarking Automated Benchmark Generation
von: Zheng, Yandan, et al.
Veröffentlicht: (2026)

SuperBench: A Super-Resolution Benchmark Dataset for Scientific Machine Learning
von: Ren, Pu, et al.
Veröffentlicht: (2023)

LabSafety Bench: Benchmarking LLMs on Safety Issues in Scientific Labs
von: Zhou, Yujun, et al.
Veröffentlicht: (2024)

RxnBench: A Multimodal Benchmark for Evaluating Large Language Models on Chemical Reaction Understanding from Scientific Literature
von: Li, Hanzheng, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Attribution in Scientific Literature: New Benchmark and Methods
von: Saxena, Yash, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Lost in Tokenization: Context as the Key to Unlocking Biomolecular Understanding in Scientific LLMs
von: Zhuang, Kai, et al.
Veröffentlicht: (2025)

X-WebAgentBench: A Multilingual Interactive Web Benchmark for Evaluating Global Agentic System
von: Wang, Peng, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Antidepressant‐Like Mechanisms of Gekko gecko Active Compounds: Multi‐Omics Elucidation of the cAMP–PRKACA–BDNF Signaling Axis
von: Dongbo Han, et al.
Veröffentlicht: (2025)

SciAssess: Benchmarking LLM Proficiency in Scientific Literature Analysis
von: Cai, Hengxing, et al.
Veröffentlicht: (2024)

SciRerankBench: Benchmarking Rerankers Towards Scientific Retrieval-Augmented Generated LLMs
von: Chen, Haotian, et al.
Veröffentlicht: (2025)

FedRS-Bench: Realistic Federated Learning Datasets and Benchmarks in Remote Sensing
von: Zhao, Haodong, et al.
Veröffentlicht: (2025)

OlympiadBench: A Challenging Benchmark for Promoting AGI with Olympiad-Level Bilingual Multimodal Scientific Problems
von: He, Chaoqun, et al.
Veröffentlicht: (2024)

INFLUENTIAL FACTORS IN SURFACE WATER QUALITY IN CATCHMENTS WITHIN THE PAMPA BIOME WITH DIFFERENT LAND USE
von: Mirian Lago Valente
Veröffentlicht: (2015)

BenchCAD: A Comprehensive, Industry-Standard Benchmark for Programmatic CAD
von: Zhang, Haozhe, et al.
Veröffentlicht: (2026)

FEA-Bench: A Benchmark for Evaluating Repository-Level Code Generation for Feature Implementation
von: Li, Wei, et al.
Veröffentlicht: (2025)