Open World Knowledge Aided Single-Cell Foundation Model with Robust Cross-Modal Cell-Language Pre-training
Fuente:
arXiv
Salvato in:
| Autori principali: | Wang, Haoran, Zhang, Xuanyi, Fang, Shuangsang, Ran, Longke, Deng, Ziqing, Zhang, Yong, Li, Yuxiang, Li, Shaoshuai |
|---|---|
| Natura: | Preprint |
| Pubblicazione: |
2026
|
| Soggetti: | |
| Accesso online: | |
| Tags: |
Aggiungi Tag
Nessun Tag, puoi essere il primo ad aggiungerne!!
|
Documenti analoghi
Nephrobase Cell+: Multimodal Single-Cell Foundation Model for Decoding Kidney Biology
di: Li, Chenyu, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Li, Chenyu, et al.
Pubblicazione: (2025)
LangCell: Language-Cell Pre-training for Cell Identity Understanding
di: Zhao, Suyuan, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Zhao, Suyuan, et al.
Pubblicazione: (2024)
A New Framework for Explainable Rare Cell Identification in Single-Cell Transcriptomics Data
di: Su, Di, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Su, Di, et al.
Pubblicazione: (2026)
Superimposed Hi-C: A Solution Proposed for Identifying Single Cell's Chromosomal Interactions
di: Zhang, Jia, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Zhang, Jia, et al.
Pubblicazione: (2024)
Single-Cell Omics Arena: A Benchmark Study for Large Language Models on Cell Type Annotation Using Single-Cell Data
di: Liu, Junhao, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Liu, Junhao, et al.
Pubblicazione: (2024)
scCluBench: Comprehensive Benchmarking of Clustering Algorithms for Single-Cell RNA Sequencing
di: Xu, Ping, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Xu, Ping, et al.
Pubblicazione: (2025)
scUnified: An AI-Ready Standardized Resource for Single-Cell RNA Sequencing Analysis
di: Xu, Ping, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Xu, Ping, et al.
Pubblicazione: (2025)
Multi-Modal and Multi-Attribute Generation of Single Cells with CFGen
di: Palma, Alessandro, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Palma, Alessandro, et al.
Pubblicazione: (2024)
Knowledge-Guided Biomarker Identification for Label-Free Single-Cell RNA-Seq Data: A Reinforcement Learning Perspective
di: Xiao, Meng, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Xiao, Meng, et al.
Pubblicazione: (2025)
NucEL: Single-Nucleotide ELECTRA-Style Genomic Pre-training for Efficient and Interpretable Representations
di: Ding, Ke, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Ding, Ke, et al.
Pubblicazione: (2025)
Towards Applying Large Language Models to Complement Single-Cell Foundation Models
di: Palayew, Steven, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Palayew, Steven, et al.
Pubblicazione: (2025)
Enhanced Gene Selection in Single-Cell Genomics: Pre-Filtering Synergy and Reinforced Optimization
di: Zhang, Weiliang, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Zhang, Weiliang, et al.
Pubblicazione: (2024)
Geometry-First Generative Spatial Single-Cell Reconstruction
di: Azim, Ehtesamul, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Azim, Ehtesamul, et al.
Pubblicazione: (2026)
Single‐Cell Transcriptomics Reveals the Potential Role of GZMK+ CD8+ T Cells in Cell Senescence of Triple‐Negative Breast Cancer
di: Dan Zhou, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Dan Zhou, et al.
Pubblicazione: (2026)
ORBIT: Learning Gene Program Co-Activation Structure for Cell-Type-Stratified Pathway Rewiring Analysis in Single-Cell Transcriptomics
di: Wang, Yuechen, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Wang, Yuechen, et al.
Pubblicazione: (2026)
GeneMamba: An Efficient and Effective Foundation Model on Single Cell Data
di: Qi, Cong, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Qi, Cong, et al.
Pubblicazione: (2025)
Single‐Cell RNA‐seq Reveals Deubiquitination Genes as Prognostic Markers in Hepatocellular Carcinoma
di: Xuening Lv, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Xuening Lv, et al.
Pubblicazione: (2026)
Genomics in wheat improvement: Progress and perspectives
di: Shaoshuai Liu, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Shaoshuai Liu, et al.
Pubblicazione: (2026)
Multimodal 3D Genome Pre-training
di: Yang, Minghao, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Yang, Minghao, et al.
Pubblicazione: (2025)
A Systematic Overview of Single-Cell Transcriptomics Databases, their Use cases, and Limitations
di: Gondal, Mahnoor N., et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Gondal, Mahnoor N., et al.
Pubblicazione: (2024)
Single‐Cell Transcriptomic Atlas Reveals Metabolic Reprogramming and Transdifferentiation Trajectories in Tubular Epithelial Cells During Chronic Kidney Disease Progression
di: Xinhui Mao, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Xinhui Mao, et al.
Pubblicazione: (2026)
TopoLa: A Universal Framework to Enhance Cell Representations for Single-cell and Spatial Omics through Topology-encoded Latent Hyperbolic Geometry
di: Zheng, Kai, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Zheng, Kai, et al.
Pubblicazione: (2025)
Single‐Cell RNA Sequencing Reveals Dynamic Expression Patterns of MAIT Cells and Macrophage Subpopulations in Myocardial Injury Model
di: Haofei Kang, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Haofei Kang, et al.
Pubblicazione: (2026)
Establishment of a Lactylation‐Related Gene Signature for Hepatocellular Carcinoma Applying Bulk and Single‐Cell RNA Sequencing Analysis
di: Lianghe Yu, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Lianghe Yu, et al.
Pubblicazione: (2025)
CARTEpigenoQC: A Quality Control Toolkit for CAR-T Single-Cell Epigenomic Data
di: Lai, Kaitao
Pubblicazione: (2025)
di: Lai, Kaitao
Pubblicazione: (2025)
scGSDR: Harnessing Gene Semantics for Single-Cell Pharmacological Profiling
di: Huang, Yu-An, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Huang, Yu-An, et al.
Pubblicazione: (2025)
CellxPert: Inference-Time MCMC Steering of a Multi-Omics Single-Cell Foundation Model for In-Silico Perturbation
di: Demir, Andac, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Demir, Andac, et al.
Pubblicazione: (2026)
Omni-DNA: A Unified Genomic Foundation Model for Cross-Modal and Multi-Task Learning
di: Li, Zehui, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Li, Zehui, et al.
Pubblicazione: (2025)
StateXDiff: Cell State-Contextualized Multimodal Diffusion for Single-Cell Perturbation Prediction
di: Shi, Peiting, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Shi, Peiting, et al.
Pubblicazione: (2026)
Inflammatory Cell Interactions in the Rotator Cuff Microenvironment: Insights From Single‐Cell Sequencing
di: Wencai Liu, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Wencai Liu, et al.
Pubblicazione: (2025)
HybridQC: Machine Learning-Augmented Quality Control for Single-Cell RNA-seq Data
di: Lai, Kaitao
Pubblicazione: (2025)
di: Lai, Kaitao
Pubblicazione: (2025)
Scalable Single-Cell Gene Expression Generation with Latent Diffusion Models
di: Palla, Giovanni, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Palla, Giovanni, et al.
Pubblicazione: (2025)
Single-Cell Proteomics Using Mass Spectrometry
di: Momenzadeh, Amanda, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Momenzadeh, Amanda, et al.
Pubblicazione: (2025)
MoRE: Batch-Robust Multi-Omics Representations from Frozen Pre-trained Transformers
di: Chen, Audrey Pei-Hsuan
Pubblicazione: (2025)
di: Chen, Audrey Pei-Hsuan
Pubblicazione: (2025)
Single‐Cell RNA Sequencing Reveals the Therapeutic Effects of Electroacupuncture at BL23 on Hyperuricemia‐Induced Nephritis
di: Yiyang Hu, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Yiyang Hu, et al.
Pubblicazione: (2025)
Causal Circuit Tracing Reveals Distinct Computational Architectures in Single-Cell Foundation Models: Inhibitory Dominance, Biological Coherence, and Cross-Model Convergence
di: Kendiukhov, Ihor
Pubblicazione: (2026)
di: Kendiukhov, Ihor
Pubblicazione: (2026)
Multi-Dimensional Spectral Geometry of Biological Knowledge in Single-Cell Transformer Representations
di: Kendiukhov, Ihor
Pubblicazione: (2026)
di: Kendiukhov, Ihor
Pubblicazione: (2026)
Systematic Evaluation of Single-Cell Foundation Model Interpretability Reveals Attention Captures Co-Expression Rather Than Unique Regulatory Signal
di: Kendiukhov, Ihor
Pubblicazione: (2026)
di: Kendiukhov, Ihor
Pubblicazione: (2026)
SiCmiR Atlas: Single-Cell miRNA Landscapes Reveals Hub-miRNA and Network Signatures in Human Cancers
di: Cai, Xiao-Xuan, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Cai, Xiao-Xuan, et al.
Pubblicazione: (2025)
Multiscale Grassmann Manifolds for Single-Cell Data Analysis
di: Wang, Xiang Xiang, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Wang, Xiang Xiang, et al.
Pubblicazione: (2025)
Documenti analoghi
-
Nephrobase Cell+: Multimodal Single-Cell Foundation Model for Decoding Kidney Biology
di: Li, Chenyu, et al.
Pubblicazione: (2025) -
LangCell: Language-Cell Pre-training for Cell Identity Understanding
di: Zhao, Suyuan, et al.
Pubblicazione: (2024) -
A New Framework for Explainable Rare Cell Identification in Single-Cell Transcriptomics Data
di: Su, Di, et al.
Pubblicazione: (2026) -
Superimposed Hi-C: A Solution Proposed for Identifying Single Cell's Chromosomal Interactions
di: Zhang, Jia, et al.
Pubblicazione: (2024) -
Single-Cell Omics Arena: A Benchmark Study for Large Language Models on Cell Type Annotation Using Single-Cell Data
di: Liu, Junhao, et al.
Pubblicazione: (2024)