Efficient Protein Optimization via Structure-aware Hamiltonian Dynamics
Fuente:
arXiv
Salvato in:
| Autori principali: | Wang, Jiahao, Zheng, Shuangjia |
|---|---|
| Natura: | Preprint |
| Pubblicazione: |
2026
|
| Soggetti: | |
| Accesso online: | |
| Tags: |
Aggiungi Tag
Nessun Tag, puoi essere il primo ad aggiungerne!!
|
Documenti analoghi
Retrieval Augmented Diffusion Model for Structure-informed Antibody Design and Optimization
di: Wang, Zichen, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Wang, Zichen, et al.
Pubblicazione: (2024)
EnerBridge-DPO: Energy-Guided Protein Inverse Folding with Markov Bridges and Direct Preference Optimization
di: Rong, Dingyi, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Rong, Dingyi, et al.
Pubblicazione: (2025)
NABench: Large-Scale Benchmarks of Nucleotide Foundation Models for Fitness Prediction
di: Li, Zhongmin, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Li, Zhongmin, et al.
Pubblicazione: (2025)
Effective Protein-Protein Interaction Exploration with PPIretrieval
di: Hua, Chenqing, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Hua, Chenqing, et al.
Pubblicazione: (2024)
A 3D pocket-aware and affinity-guided diffusion model for lead optimization
di: Qiao, Anjie, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Qiao, Anjie, et al.
Pubblicazione: (2025)
Protein Design with Dynamic Protein Vocabulary
di: Liu, Nuowei, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Liu, Nuowei, et al.
Pubblicazione: (2025)
Edge-free but Structure-aware: Prototype-Guided Knowledge Distillation from GNNs to MLPs
di: Wu, Taiqiang, et al.
Pubblicazione: (2023)
di: Wu, Taiqiang, et al.
Pubblicazione: (2023)
Controlling Repetition in Protein Language Models
di: Zhang, Jiahao, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Zhang, Jiahao, et al.
Pubblicazione: (2026)
Emerging Extrinsic Dexterity in Cluttered Scenes via Dynamics-aware Policy Learning
di: Zheng, Yixin, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Zheng, Yixin, et al.
Pubblicazione: (2026)
VCWorld: A Biological World Model for Virtual Cell Simulation
di: Wei, Zhijian, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Wei, Zhijian, et al.
Pubblicazione: (2025)
SAFT: Structure-aware Transformers for Textual Interaction Classification
di: Wang, Hongtao, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Wang, Hongtao, et al.
Pubblicazione: (2025)
Detecting Deepfakes via Hamiltonian Dynamics
di: Cheng, Harry, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Cheng, Harry, et al.
Pubblicazione: (2026)
Action-aware Dynamic Pruning for Efficient Vision-Language-Action Manipulation
di: Pei, Xiaohuan, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Pei, Xiaohuan, et al.
Pubblicazione: (2025)
Enhancing Safe and Controllable Protein Generation via Knowledge Preference Optimization
di: Wang, Yuhao, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Wang, Yuhao, et al.
Pubblicazione: (2025)
Constrained Language Model Policy Optimization via Risk-aware Stepwise Alignment
di: Zhang, Lijun, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Zhang, Lijun, et al.
Pubblicazione: (2025)
Contribution-aware Token Compression for Efficient Video Understanding via Reinforcement Learning
di: Ma, Yinchao, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Ma, Yinchao, et al.
Pubblicazione: (2026)
SaDiT: Efficient Protein Backbone Design via Latent Structural Tokenization and Diffusion Transformers
di: Mo, Shentong, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Mo, Shentong, et al.
Pubblicazione: (2026)
On Negative-aware Preference Optimization for Recommendation
di: Ding, Chenlu, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Ding, Chenlu, et al.
Pubblicazione: (2025)
Building Coding Agents via Entropy-Enhanced Multi-Turn Preference Optimization
di: Yu, Jiahao, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Yu, Jiahao, et al.
Pubblicazione: (2025)
Protein Autoregressive Modeling via Multiscale Structure Generation
di: Qu, Yanru, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Qu, Yanru, et al.
Pubblicazione: (2026)
Neural QAOA$^{2}$: Differentiable Joint Graph Partitioning and Parameter Initialization for Quantum Combinatorial Optimization
di: Zheng, Zubin, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Zheng, Zubin, et al.
Pubblicazione: (2026)
RuleReasoner: Reinforced Rule-based Reasoning via Domain-aware Dynamic Sampling
di: Liu, Yang, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Liu, Yang, et al.
Pubblicazione: (2025)
Towards Efficient LLM-aware Heterogeneous Graph Learning
di: Li, Wenda, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Li, Wenda, et al.
Pubblicazione: (2025)
Tailoring the Curriculum: Student-Centered Reasoning Distillation via Dynamic Data-Model Compatibility
di: Huang, Jiahao, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Huang, Jiahao, et al.
Pubblicazione: (2026)
Protein Counterfactuals via Diffusion-Guided Latent Optimization
di: Kłos, Weronika, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Kłos, Weronika, et al.
Pubblicazione: (2026)
AdaScale: Dynamic Context-aware DNN Scaling via Automated Adaptation Loop on Mobile Devices
di: Wang, Yuzhan, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Wang, Yuzhan, et al.
Pubblicazione: (2024)
Structure-Guided Adaptive Propagation for Protein-Protein Interaction Site Prediction
di: Zhu, Enqiang, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Zhu, Enqiang, et al.
Pubblicazione: (2026)
Secondary Structure-Guided Novel Protein Sequence Generation with Latent Graph Diffusion
di: Hu, Yutong, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Hu, Yutong, et al.
Pubblicazione: (2024)
Graph-level Protein Representation Learning by Structure Knowledge Refinement
di: Wang, Ge, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Wang, Ge, et al.
Pubblicazione: (2024)
Dynamic PDB: A New Dataset and a SE(3) Model Extension by Integrating Dynamic Behaviors and Physical Properties in Protein Structures
di: Liu, Ce, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Liu, Ce, et al.
Pubblicazione: (2024)
Protein Structure Tokenization via Geometric Byte Pair Encoding
di: Sun, Michael, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Sun, Michael, et al.
Pubblicazione: (2025)
GATES: Cost-aware Dynamic Workflow Scheduling via Graph Attention Networks and Evolution Strategy
di: Shen, Ya, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Shen, Ya, et al.
Pubblicazione: (2025)
Fine-Tuning Discrete Diffusion Models via Reward Optimization with Applications to DNA and Protein Design
di: Wang, Chenyu, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Wang, Chenyu, et al.
Pubblicazione: (2024)
AlphaFolding: 4D Diffusion for Dynamic Protein Structure Prediction with Reference and Motion Guidance
di: Cheng, Kaihui, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Cheng, Kaihui, et al.
Pubblicazione: (2024)
DCFold: Efficient Protein Structure Generation with Single Forward Pass
di: Zhang, Zhe, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Zhang, Zhe, et al.
Pubblicazione: (2026)
Prompt Optimization with EASE? Efficient Ordering-aware Automated Selection of Exemplars
di: Wu, Zhaoxuan, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Wu, Zhaoxuan, et al.
Pubblicazione: (2024)
PSC-CPI: Multi-Scale Protein Sequence-Structure Contrasting for Efficient and Generalizable Compound-Protein Interaction Prediction
di: Wu, Lirong, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Wu, Lirong, et al.
Pubblicazione: (2024)
FairDgcl: Fairness-aware Recommendation with Dynamic Graph Contrastive Learning
di: Chen, Wei, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Chen, Wei, et al.
Pubblicazione: (2024)
Protein Secondary Structure Prediction Using Transformers
di: Maxime, Manzi Kevin
Pubblicazione: (2025)
di: Maxime, Manzi Kevin
Pubblicazione: (2025)
Atom-level Protein Representation Learning Improves Protein Structure Prediction
di: Kim, Taewon, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Kim, Taewon, et al.
Pubblicazione: (2026)
Documenti analoghi
-
Retrieval Augmented Diffusion Model for Structure-informed Antibody Design and Optimization
di: Wang, Zichen, et al.
Pubblicazione: (2024) -
EnerBridge-DPO: Energy-Guided Protein Inverse Folding with Markov Bridges and Direct Preference Optimization
di: Rong, Dingyi, et al.
Pubblicazione: (2025) -
NABench: Large-Scale Benchmarks of Nucleotide Foundation Models for Fitness Prediction
di: Li, Zhongmin, et al.
Pubblicazione: (2025) -
Effective Protein-Protein Interaction Exploration with PPIretrieval
di: Hua, Chenqing, et al.
Pubblicazione: (2024) -
A 3D pocket-aware and affinity-guided diffusion model for lead optimization
di: Qiao, Anjie, et al.
Pubblicazione: (2025)