Buchumschlag

Enabling AI Deep Potentials for Ab Initio-quality Molecular Dynamics Simulations in GROMACS

Fuente: arXiv

Gespeichert in:

Bibliographische Detailangaben
Hauptverfasser:	Hu, Andong, Pennati, Luca, Markidis, Stefano, Peng, Ivy
Format:	Preprint
Veröffentlicht:	2026
Schlagworte:	Distributed, Parallel, and Cluster Computing Chemical Physics Computational Physics
Online-Zugang:	Acceder al recurso
Tags:	Tag hinzufügen Keine Tags, Fügen Sie den ersten Tag hinzu!

Ähnliche Einträge

Making Room for AI: Multi-GPU Molecular Dynamics with Deep Potentials in GROMACS
von: Pennati, Luca, et al.
Veröffentlicht: (2026)

Breaking the Million-Electron and 1 EFLOP/s Barriers: Biomolecular-Scale Ab Initio Molecular Dynamics Using MP2 Potentials
von: Stocks, Ryan, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Constant pH Simulation with FMM Electrostatics in GROMACS. (A) Design and Applications
von: Briand, Eliane, et al.
Veröffentlicht: (2024)

QPU Micro-Kernels for Stencil Computation
von: Markidis, Stefano, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Harnessing CUDA-Q's MPS for Tensor Network Simulations of Large-Scale Quantum Circuits
von: Schieffer, Gabin, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Mass Matrix Assembly on Tensor Cores for Implicit Particle-In-Cell Methods
von: Pennati, Luca, et al.
Veröffentlicht: (2026)

Malleable Molecular Dynamics Simulations with GROMACS and DMR
von: Sandås, Petter, et al.
Veröffentlicht: (2026)

What is Quantum Parallelism, Anyhow?
von: Markidis, Stefano
Veröffentlicht: (2024)

Boosting Performance of Iterative Applications on GPUs: Kernel Batching with CUDA Graphs
von: Ekelund, Jonah, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Characterizing the Performance of the Implicit Massively Parallel Particle-in-Cell iPIC3D Code
von: Williams, Jeremy J., et al.
Veröffentlicht: (2024)

Constant pH Simulation with FMM Electrostatics in GROMACS. (B) GPU Accelerated Hamiltonian Interpolation
von: Kohnke, Bartosz, et al.
Veröffentlicht: (2024)

FusionRCG: Orchestrating Recursive Computation Graphs across GPU Memory Hierarchies
von: Zhang, Yihong, et al.
Veröffentlicht: (2026)

ILVES: Accurate and efficient bond length and angle constraints in molecular dynamics
von: López-Villellas, Lorién, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Accelerating Locality-Driven Integration in Quantum Chemistry with Block-Structured Matrix Multiplication
von: Wei, Xinran, et al.
Veröffentlicht: (2026)

A Precision Emulation Approach to the GPU Acceleration of Ab Initio Electronic Structure Calculations
von: Liu, Hang, et al.
Veröffentlicht: (2026)

Raising the Performance of the Tinker-HP Molecular Modeling Package [Article v1.0]
von: Jolly, Luc-Henri, et al.
Veröffentlicht: (2019)

A Parallel and Highly-Portable HPC Poisson Solver: Preconditioned Bi-CGSTAB with alpaka
von: Pennati, Luca, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Redesigning GROMACS Halo Exchange: Improving Strong Scaling with GPU-initiated NVSHMEM
von: Doijade, Mahesh, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Leveraging HPC Profiling & Tracing Tools to Understand the Performance of Particle-in-Cell Monte Carlo Simulations
von: Williams, Jeremy J., et al.
Veröffentlicht: (2023)

Analyzing Common Electronic Structure Theory Algorithms for Distributed Quantum Computing
von: Jones, Grier M., et al.
Veröffentlicht: (2025)

Multi-GPU Hybrid Particle-in-Cell Monte Carlo Simulations for Exascale Computing Systems
von: Williams, Jeremy J., et al.
Veröffentlicht: (2026)

Understanding Data Movement in AMD Multi-GPU Systems with Infinity Fabric
von: Schieffer, Gabin, et al.
Veröffentlicht: (2024)

A Comparison of the Performance of the Molecular Dynamics Simulation Package GROMACS Implemented in the SYCL and CUDA Programming Models
von: Apanasevich, L., et al.
Veröffentlicht: (2024)

Communication Offloading on SmartNIC DPUs: A Quantitative Approach
von: Wahlgren, Jacob, et al.
Veröffentlicht: (2026)

3-center and 4-center 2-particle Gaussian AO integrals on modern accelerated processors
von: Asadchev, Andrey, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Accelerating Particle-in-Cell Monte Carlo Simulations with MPI, OpenMP/OpenACC and Asynchronous Multi-GPU Programming
von: Williams, Jeremy J., et al.
Veröffentlicht: (2024)

Enabling High-Throughput Parallel I/O in Particle-in-Cell Monte Carlo Simulations with openPMD and Darshan I/O Monitoring
von: Williams, Jeremy J., et al.
Veröffentlicht: (2024)

Understanding Large-Scale Plasma Simulation Challenges for Fusion Energy on Supercomputers
von: Williams, Jeremy J., et al.
Veröffentlicht: (2024)

Kub: Enabling Elastic HPC Workloads on Containerized Environments
von: Medeiros, Daniel, et al.
Veröffentlicht: (2024)

GROMACS on AMD GPU-Based HPC Platforms: Using SYCL for Performance and Portability
von: Alekseenko, Andrey, et al.
Veröffentlicht: (2024)

A GPU-accelerated Molecular Docking Workflow with Kubernetes and Apache Airflow
von: Medeiros, Daniel, et al.
Veröffentlicht: (2024)

PAL -- Parallel active learning for machine-learned potentials
von: Zhou, Chen, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Portable High-Performance Kernel Generation for a Computational Fluid Dynamics Code with DaCe
von: Andersson, Måns I., et al.
Veröffentlicht: (2025)

OpenCUBE: Building an Open Source Cloud Blueprint with EPI Systems
von: Peng, Ivy, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Integrating High Performance In-Memory Data Streaming and In-Situ Visualization in Hybrid MPI+OpenMP PIC MC Simulations Towards Exascale
von: Williams, Jeremy J., et al.
Veröffentlicht: (2025)

Understanding the Impact of openPMD on BIT1, a Particle-in-Cell Monte Carlo Code, through Instrumentation, Monitoring, and In-Situ Analysis
von: Williams, Jeremy J., et al.
Veröffentlicht: (2024)

Accelerating Drug Discovery in AutoDock-GPU with Tensor Cores
von: Schieffer, Gabin, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Efficient charge-preserving excited state preparation with variational quantum algorithms
von: Chandani, Zohim, et al.
Veröffentlicht: (2024)

GROMACS Unplugged: How Power Capping and Frequency Shapes Performance on GPUs
von: Afzal, Ayesha, et al.
Veröffentlicht: (2025)

High-Performance Implementation of the Optimized Event Generator for Strong-Field QED Plasma Simulations
von: Panova, Elena, et al.
Veröffentlicht: (2024)