Protein Circuit Tracing via Cross-layer Transcoders
Fuente:
arXiv
Salvato in:
| Autori principali: | Tsui, Darin, Talreja, Kunal, Saeedi, Daniel, Aghazadeh, Amirali |
|---|---|
| Natura: | Preprint |
| Pubblicazione: |
2026
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| Soggetti: | |
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