BioLM-Score: Language-Prior Conditioned Probabilistic Geometric Potentials for Protein-Ligand Scoring
Fuente:
arXiv
Enregistré dans:
| Auteurs principaux: | Yang, Zhangfan, Chen, Baoyun, Xu, Dong, Wang, Jia, Bai, Ruibin, Ji, Junkai, Zhu, Zexuan |
|---|---|
| Format: | Preprint |
| Publié: |
2026
|
| Sujets: | |
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