Buchumschlag

CryoNet.Refine: A One-step Diffusion Model for Rapid Refinement of Structural Models with Cryo-EM Density Map Restraints

Fuente: arXiv

Gespeichert in:

Bibliographische Detailangaben
Hauptverfasser:	Huang, Fuyao, Yu, Xiaozhu, Xu, Kui, Zhang, Qiangfeng Cliff
Format:	Preprint
Veröffentlicht:	2026
Schlagworte:	Biomolecules Artificial Intelligence Image and Video Processing Quantitative Methods
Online-Zugang:	Acceder al recurso
Tags:	Tag hinzufügen Keine Tags, Fügen Sie den ersten Tag hinzu!

Ähnliche Einträge

CryoLVM: Self-supervised Learning from Cryo-EM Density Maps with Large Vision Models
von: Fu, Weining, et al.
Veröffentlicht: (2026)

Enhancing Cryo-EM Density Map Segmentation in Phenix for Improved Atomic Model Building
von: Zhang, Chenwei
Veröffentlicht: (2026)

Outlier Removal in Cryo-EM via Radial Profiles
von: Kapnulin, Lev, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Improved Cryo-EM Pose Estimation and 3D Classification through Latent-Space Disentanglement
von: Chen, Weijie, et al.
Veröffentlicht: (2023)

cryoSENSE: Compressive Sensing Enables High-throughput Microscopy with Sparse and Generative Priors on the Protein Cryo-EM Image Manifold
von: Shabeeb, Zain, et al.
Veröffentlicht: (2025)

FakET: Simulating Cryo-Electron Tomograms with Neural Style Transfer
von: Harar, Pavol, et al.
Veröffentlicht: (2023)

Cryo-RALib -- a modular library for accelerating alignment in cryo-EM
von: Chung, Szu-Chi, et al.
Veröffentlicht: (2020)

Training-free CryoET Tomogram Segmentation
von: Zhao, Yizhou, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Cryo-em images are intrinsically low dimensional
von: Evans, Luke, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Two for the Price of One: Integrating Large Language Models to Learn Biophysical Interactions
von: Clark, Joseph D., et al.
Veröffentlicht: (2025)

Gaussian Mixture Model-Based Focused Refinement for Enhanced Flexible Structure Determination in CryoEM and CryoET
von: Chen, Muyuan
Veröffentlicht: (2026)

GoForth: Language Models for RNA Design under Structure, Sequence, and Coding Constraints
von: Lindsey, Michael
Veröffentlicht: (2026)

EscalNet: Learn isotropic representation space for biomolecular dynamics based on effective energy
von: Zuo, Guanghong
Veröffentlicht: (2025)

HelixVS: Deep Learning-Enhanced Structure-Based Platform for Screening and Design
von: Zhang, Shanzhuo, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Leveraging Machine Learning Models for Peptide-Protein Interaction Prediction
von: Yin, Song, et al.
Veröffentlicht: (2023)

A Multi-Modal Contrastive Diffusion Model for Therapeutic Peptide Generation
von: Wang, Yongkang, et al.
Veröffentlicht: (2023)

mRNA Folding Algorithms for Structure and Codon Optimization
von: Ward, Max, et al.
Veröffentlicht: (2025)

LAFA: A Framework for Reproducible Longitudinal Assessment of Protein Function Annotation Models
von: Phan, An, et al.
Veröffentlicht: (2026)

Substrate Prediction for RiPP Biosynthetic Enzymes via Masked Language Modeling and Transfer Learning
von: Clark, Joseph D., et al.
Veröffentlicht: (2024)

Explainable Machine Learning and Deep Learning Models for Predicting TAS2R-Bitter Molecule Interactions
von: Ferri, Francesco, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Improving Antibody Design with Force-Guided Sampling in Diffusion Models
von: Kulytė, Paulina, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Endowing Protein Language Models with Structural Knowledge
von: Chen, Dexiong, et al.
Veröffentlicht: (2024)

NExT-Mol: 3D Diffusion Meets 1D Language Modeling for 3D Molecule Generation
von: Liu, Zhiyuan, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Aligning Target-Aware Molecule Diffusion Models with Exact Energy Optimization
von: Gu, Siyi, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Alignment of Density Maps in Wasserstein Distance
von: Singer, Amit, et al.
Veröffentlicht: (2023)

ProDCARL: Reinforcement Learning-Aligned Diffusion Models for De Novo Antimicrobial Peptide Design
von: Sheng, Fang, et al.
Veröffentlicht: (2026)

Protein folding classes -- High-dimensional geometry of amino acid composition space revisited
von: Mao, Boryeu
Veröffentlicht: (2025)

Benchmarking structure-based three-dimensional molecular generative models using GenBench3D: ligand conformation quality matters
von: Baillif, Benoit, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Canonicalization of the E value from BLAST similarity search -- dissimilarity measure and distance function for a metric space of protein sequences
von: Mao, Boryeu
Veröffentlicht: (2025)

Frequency-Space Mechanics: A Sequence and Coordinate-Free Representation for Protein Function Prediction
von: Reilly, Charles B
Veröffentlicht: (2026)

AntiFold: Improved antibody structure-based design using inverse folding
von: Høie, Magnus Haraldson, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Network Pharmacology Framework Characterizes Polypharmacological Properties of Dietary Flavonoids: Integration of Computational, Experimental, and Epidemiological Evidence
von: Fujisaki, Koyo, et al.
Veröffentlicht: (2026)

Persistent Sheaf Laplacian Analysis of Protein Flexibility
von: Hayes, Nicole, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Raman Spectroscopy Reveals Photobiomodulation-Induced α-Helix to β-Sheet Transition in Tubulins: Potential Implications for Alzheimer's and Other Neurodegenerative Diseases
von: Di Gregorio, Elisabetta, et al.
Veröffentlicht: (2023)

Quantifying the uncertainty of molecular dynamics simulations : Good-Turing statistics revisited
von: Tsampazi, Vasiliki, et al.
Veröffentlicht: (2026)

Predicting Protein-Nucleic Acid Flexibility Using Persistent Sheaf Laplacians
von: Hayes, Nicole, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Quantification of protein homodimer affinity using native mass spectrometry
von: Schulte, Jonathan, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Conformational landscapes in cryo-ET data based on MD simulations
von: Jonic, Slavica
Veröffentlicht: (2026)

Combining oligo pools and Golden Gate cloning to create protein variant libraries or guide RNA libraries for CRISPR applications
von: Valero, Alicia Maciá, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Non-perturbative Bacterial Identification Directly from Solid Agar Plates Using Raman
von: Kim, Jeong Hee, et al.
Veröffentlicht: (2026)