Extrapolating molecular dynamics simulations to zero time step and across thermodynamic space
Fuente:
arXiv
Gespeichert in:
| Hauptverfasser: | Coshic, Kush, Hummer, Gerhard |
|---|---|
| Format: | Preprint |
| Veröffentlicht: |
2026
|
| Schlagworte: | |
| Online-Zugang: | |
| Tags: |
Tag hinzufügen
Keine Tags, Fügen Sie den ersten Tag hinzu!
|
Ähnliche Einträge
Electric field of DNA in solution: who is in charge?
von: Hedley, Jonathan G., et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Hedley, Jonathan G., et al.
Veröffentlicht: (2024)
A molecular dynamics simulation of the abrupt changes in the thermodynamic properties of water after formation of nano-bubbles / nano-cavities induced by passage of charged particles
von: Abolfath, Ramin, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Abolfath, Ramin, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Learning data efficient coarse-grained molecular dynamics from forces and noise
von: Durumeric, Aleksander E. P., et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Durumeric, Aleksander E. P., et al.
Veröffentlicht: (2024)
Molecular dynamics simulation analysis of structural dynamic cross correlation induced by odorant hydrogen-bonding in mouse eugenol olfactory receptor
von: Okamoto, Chisato, et al.
Veröffentlicht: (2023)
von: Okamoto, Chisato, et al.
Veröffentlicht: (2023)
An electrical molecular motor driven by angular momentum transfer
von: Skolaut, Julian, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Skolaut, Julian, et al.
Veröffentlicht: (2025)
A methodology of quantifying membrane permeability based on returning probability theory and molecular dynamics simulation
von: Matsubara, Yuya, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Matsubara, Yuya, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Deep learning path-like collective variable for enhanced sampling molecular dynamics
von: Fröhlking, Thorben, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Fröhlking, Thorben, et al.
Veröffentlicht: (2024)
A unified framework for coarse grained molecular dynamics of proteins with high-fidelity reconstruction
von: Zhu, Jinzhen
Veröffentlicht: (2024)
von: Zhu, Jinzhen
Veröffentlicht: (2024)
MolDStruct: modelling the dynamics and structure of matter exposed to ultrafast X-ray lasers with hybrid collisional-radiative/molecular dynamics
von: Dawod, Ibrahim, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Dawod, Ibrahim, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Boosting ensemble refinement with transferable force field corrections: synergistic optimization for molecular simulations
von: Gilardoni, Ivan, et al.
Veröffentlicht: (2023)
von: Gilardoni, Ivan, et al.
Veröffentlicht: (2023)
Photon correlation time-asymmetry and dynamical coherence in multichromophoric systems
von: Nation, Charlie, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Nation, Charlie, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Imaging and controlling electron motion and chemical structural dynamics of biological system in real time and space
von: Zhao, Ligong, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Zhao, Ligong, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Non-ideal mixing of lipids: a molecular dynamics perspective
von: Berezovska, L., et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Berezovska, L., et al.
Veröffentlicht: (2024)
A mesoscale model for quantitative phospholipid monolayer simulations at the air-water interface
von: Zhu, Yongzheng, et al.
Veröffentlicht: (2021)
von: Zhu, Yongzheng, et al.
Veröffentlicht: (2021)
Advanced simulations with PLUMED: OPES and Machine Learning Collective Variables
von: Trizio, Enrico, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Trizio, Enrico, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Interactive visualization of large molecular systems with VTX: example with a minimal whole-cell model
von: Maria, Maxime, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Maria, Maxime, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Characterizing RNA oligomers using Stochastic Titration Constant-pH Metadynamics simulations
von: Silva, Tomas F. D., et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Silva, Tomas F. D., et al.
Veröffentlicht: (2024)
Fluorescence-detected Wavepacket Interferometry reveals time-varying Exciton Relaxation Pathways in single Light-Harvesting Complexes
von: Wiesneth, Stephan, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Wiesneth, Stephan, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Learning the action for long-time-step simulations of molecular dynamics
von: Bigi, Filippo, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Bigi, Filippo, et al.
Veröffentlicht: (2025)
On the design space between molecular mechanics and machine learning force fields
von: Wang, Yuanqing, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Wang, Yuanqing, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Non-equilibrium lifetimes of DNA under electronic current in a molecular junction
von: Lawn, Julian A., et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Lawn, Julian A., et al.
Veröffentlicht: (2025)
Towards a robust approach to infer causality in molecular systems satisfying detailed balance
von: Del Tatto, Vittorio, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Del Tatto, Vittorio, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Molecular dynamics simulations with grand-canonical reweighting suggest cooperativity effects in RNA structure probing experiments
von: Calonaci, Nicola, et al.
Veröffentlicht: (2022)
von: Calonaci, Nicola, et al.
Veröffentlicht: (2022)
Signatures of coherent energy transfer and exciton delocalization in time-resolved optical cross correlations
von: Gestsson, Hallmann Óskar, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Gestsson, Hallmann Óskar, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Spiralling molecular structures and chiral selectivity in model membranes
von: Fellows, Alexander P., et al.
Veröffentlicht: (2023)
von: Fellows, Alexander P., et al.
Veröffentlicht: (2023)
Fastest first-passage time statistics for time-dependent particle injection
von: Grebenkov, Denis S., et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Grebenkov, Denis S., et al.
Veröffentlicht: (2025)
An evaluation of machine learning/molecular mechanics end-state corrections with mechanical embedding to calculate relative protein-ligand binding free energies
von: Karwounopoulos, Johannes, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Karwounopoulos, Johannes, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Static vs dynamic rough energy landscapes: Where is diffusion faster?
von: Makarov, Dmitrii E., et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Makarov, Dmitrii E., et al.
Veröffentlicht: (2025)
Structure and thermodynamics of supported lipid membranes on hydrophobic van der Waals surfaces
von: Read, H., et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Read, H., et al.
Veröffentlicht: (2024)
Active dynamics of charged macromolecules
von: Singha, Tapas, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Singha, Tapas, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Roles of pigment arrangement in light-harvesting phycobiliproteins revealed by recombinant techniques combined with two-dimensional electronic spectroscopy
von: Tsubouchi, Masaaki, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Tsubouchi, Masaaki, et al.
Veröffentlicht: (2026)
Collective Variable-Guided Engineering of the Free-Energy Surface of a Small Peptide
von: Medaparambath, Muralika, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Medaparambath, Muralika, et al.
Veröffentlicht: (2026)
Is There Elliptic Distortion in the Light Harvesting Complex 2 of Purple Bacteria?
von: Jang, Seogjoo J., et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Jang, Seogjoo J., et al.
Veröffentlicht: (2026)
Quantum-Accurate Conformational Stabilities and Vibrational Dynamics in Molecules and Proteins with Machine-Learned Force Fields
von: Suárez-Dou, Sergio, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Suárez-Dou, Sergio, et al.
Veröffentlicht: (2026)
Distinct Structural Dynamics of the Semiquinone State Define a Signalling Pathway in Avian Cryptochrome
von: Kish, Monika, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Kish, Monika, et al.
Veröffentlicht: (2026)
On the Origins of Life's Homochirality: Inducing Enantiomeric Excess with Spin-Polarized Electrons
von: Ozturk, S. Furkan, et al.
Veröffentlicht: (2022)
von: Ozturk, S. Furkan, et al.
Veröffentlicht: (2022)
Temperature-Enhanced Coercive Field by Chiral Molecules
von: Kapon, Yael, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Kapon, Yael, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Multiscale Biomolecular Simulations in the Exascale Era
von: Carrasco-Busturia, David, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Carrasco-Busturia, David, et al.
Veröffentlicht: (2024)
A Fluorescent Ratiometric Potassium Sensor Based on IPG4-Silica Microparticles for Selective Detection and Fluorescence Imaging of Potassium Cations
von: Colella, Francesco, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Colella, Francesco, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Recent advances on the spherical metal oxides for sustainable degradation of antibiotics
von: Zhu, Ke, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Zhu, Ke, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Ähnliche Einträge
-
Electric field of DNA in solution: who is in charge?
von: Hedley, Jonathan G., et al.
Veröffentlicht: (2024) -
A molecular dynamics simulation of the abrupt changes in the thermodynamic properties of water after formation of nano-bubbles / nano-cavities induced by passage of charged particles
von: Abolfath, Ramin, et al.
Veröffentlicht: (2024) -
Learning data efficient coarse-grained molecular dynamics from forces and noise
von: Durumeric, Aleksander E. P., et al.
Veröffentlicht: (2024) -
Molecular dynamics simulation analysis of structural dynamic cross correlation induced by odorant hydrogen-bonding in mouse eugenol olfactory receptor
von: Okamoto, Chisato, et al.
Veröffentlicht: (2023) -
An electrical molecular motor driven by angular momentum transfer
von: Skolaut, Julian, et al.
Veröffentlicht: (2025)