Sampling-based Continuous Optimization for Messenger RNA Design
Fuente:
arXiv
Gespeichert in:
| Hauptverfasser: | Yue, Feipeng, Dai, Ning, Tang, Wei Yu, Zhou, Tianshuo, Mathews, David H., Huang, Liang |
|---|---|
| Format: | Preprint |
| Veröffentlicht: |
2026
|
| Schlagworte: | |
| Online-Zugang: | |
| Tags: |
Tag hinzufügen
Keine Tags, Fügen Sie den ersten Tag hinzu!
|
Ähnliche Einträge
Messenger RNA Design via Expected Partition Function and Continuous Optimization
von: Dai, Ning, et al.
Veröffentlicht: (2023)
von: Dai, Ning, et al.
Veröffentlicht: (2023)
Sampling-based Continuous Optimization with Coupled Variables for RNA Design
von: Tang, Wei Yu, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Tang, Wei Yu, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Fast and Versatile RNA Design via Motif-level Divide-and-Conquer and Structure-level Rival Search
von: Zhou, Tianshuo, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Zhou, Tianshuo, et al.
Veröffentlicht: (2026)
Undesignable RNA Structure Identification via Rival Structure Generation and Structure Decomposition
von: Zhou, Tianshuo, et al.
Veröffentlicht: (2023)
von: Zhou, Tianshuo, et al.
Veröffentlicht: (2023)
Algorithm for Optimized mRNA Design Improves Stability and Immunogenicity
von: Zhang, He, et al.
Veröffentlicht: (2020)
von: Zhang, He, et al.
Veröffentlicht: (2020)
RiboPO: Preference Optimization for Structure- and Stability-Aware RNA Design
von: Sun, Minghao, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Sun, Minghao, et al.
Veröffentlicht: (2025)
LinearAlifold: Linear-Time Consensus Structure Prediction for RNA Alignments
von: Malik, Apoorv, et al.
Veröffentlicht: (2022)
von: Malik, Apoorv, et al.
Veröffentlicht: (2022)
RiboDiffusion: Tertiary Structure-based RNA Inverse Folding with Generative Diffusion Models
von: Huang, Han, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Huang, Han, et al.
Veröffentlicht: (2024)
LinearPartition: Linear-Time Approximation of RNA Folding Partition Function and Base Pairing Probabilities
von: Zhang, He, et al.
Veröffentlicht: (2019)
von: Zhang, He, et al.
Veröffentlicht: (2019)
RiboFlow: Conditional De Novo RNA Co-Design via Synergistic Flow Matching
von: Ma, Runze, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Ma, Runze, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Antigen-Specific Antibody Design via Direct Energy-based Preference Optimization
von: Zhou, Xiangxin, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Zhou, Xiangxin, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Preference Optimization for Molecule Synthesis with Conditional Residual Energy-based Models
von: Liu, Songtao, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Liu, Songtao, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Joint Design of 5' Untranslated Region and Coding Sequence of mRNA
von: Liu, Yang, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Liu, Yang, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Steering Protein Family Design through Profile Bayesian Flow
von: Gong, Jingjing, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Gong, Jingjing, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Advances in RNA secondary structure prediction and RNA modifications: Methods, data, and applications
von: Yang, Shu, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Yang, Shu, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Differentiable Folding for Nearest Neighbor Model Optimization
von: Krueger, Ryan K., et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Krueger, Ryan K., et al.
Veröffentlicht: (2025)
DecompOpt: Controllable and Decomposed Diffusion Models for Structure-based Molecular Optimization
von: Zhou, Xiangxin, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Zhou, Xiangxin, et al.
Veröffentlicht: (2024)
From sequence to protein structure and conformational dynamics with AI/ML
von: Ille, Alexander M., et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Ille, Alexander M., et al.
Veröffentlicht: (2025)
Decomposed Direct Preference Optimization for Structure-Based Drug Design
von: Cheng, Xiwei, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Cheng, Xiwei, et al.
Veröffentlicht: (2024)
MolCRAFT: Structure-Based Drug Design in Continuous Parameter Space
von: Qu, Yanru, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Qu, Yanru, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Minimal Models for RNA Simulations
von: Thirumalai, D., et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Thirumalai, D., et al.
Veröffentlicht: (2024)
Leveraging Deep Generative Model For Computational Protein Design And Optimization
von: Lai, Boqiao
Veröffentlicht: (2024)
von: Lai, Boqiao
Veröffentlicht: (2024)
An RNA condensate model for the origin of life
von: Fine, Jacob L., et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Fine, Jacob L., et al.
Veröffentlicht: (2024)
SurfPro: Functional Protein Design Based on Continuous Surface
von: Song, Zhenqiao, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Song, Zhenqiao, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Enhancing the efficiency of protein language models with minimal wet-lab data through few-shot learning
von: Zhou, Ziyi, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Zhou, Ziyi, et al.
Veröffentlicht: (2024)
mRNA Folding Algorithms for Structure and Codon Optimization
von: Ward, Max, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Ward, Max, et al.
Veröffentlicht: (2025)
How Large is the Universe of RNA-Like Motifs? A Clustering Analysis of RNA Graph Motifs Using Topological Descriptors
von: Wang, Rui, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Wang, Rui, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Directly Optimizing for Synthesizability in Generative Molecular Design using Retrosynthesis Models
von: Guo, Jeff, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Guo, Jeff, et al.
Veröffentlicht: (2024)
mRNAutilus: Multi-Objective-Guided Discrete Generation of mRNA with Optimized Therapeutic Properties
von: Patel, Sawan, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Patel, Sawan, et al.
Veröffentlicht: (2026)
Machine learning for RNA-targeting drug design
von: Karroucha, Wissam, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Karroucha, Wissam, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Aptamer-protein interaction prediction model based on transformer
von: Yan, Zhichao, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Yan, Zhichao, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Design of Ligand-Binding Proteins with Atomic Flow Matching
von: Liu, Junqi, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Liu, Junqi, et al.
Veröffentlicht: (2024)
ProtScan: Modeling and Prediction of RNA-Protein Interactions
von: Corrado, Gianluca, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Corrado, Gianluca, et al.
Veröffentlicht: (2024)
BeeRNA: tertiary structure-based RNA inverse folding using Artificial Bee Colony
von: Mlaweh, Mehyar, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Mlaweh, Mehyar, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Pushing the boundaries of Structure-Based Drug Design through Collaboration with Large Language Models
von: Gao, Bowen, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Gao, Bowen, et al.
Veröffentlicht: (2025)
SeedProteo: Accurate De Novo All-Atom Design of Protein Binders
von: Qu, Wei, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Qu, Wei, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Consistent Synthetic Sequences Unlock Structural Diversity in Fully Atomistic De Novo Protein Design
von: Reidenbach, Danny, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Reidenbach, Danny, et al.
Veröffentlicht: (2025)
MERGE-RNA: a physics-based model to predict RNA secondary structure ensembles with chemical probing
von: Sacco, Giuseppe, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Sacco, Giuseppe, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Full-Atom Peptide Design with Geometric Latent Diffusion
von: Kong, Xiangzhe, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Kong, Xiangzhe, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Computational modeling of RNA-protein binding interactions under an external force
von: Wampler, Danielle, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Wampler, Danielle, et al.
Veröffentlicht: (2026)
Ähnliche Einträge
-
Messenger RNA Design via Expected Partition Function and Continuous Optimization
von: Dai, Ning, et al.
Veröffentlicht: (2023) -
Sampling-based Continuous Optimization with Coupled Variables for RNA Design
von: Tang, Wei Yu, et al.
Veröffentlicht: (2024) -
Fast and Versatile RNA Design via Motif-level Divide-and-Conquer and Structure-level Rival Search
von: Zhou, Tianshuo, et al.
Veröffentlicht: (2026) -
Undesignable RNA Structure Identification via Rival Structure Generation and Structure Decomposition
von: Zhou, Tianshuo, et al.
Veröffentlicht: (2023) -
Algorithm for Optimized mRNA Design Improves Stability and Immunogenicity
von: Zhang, He, et al.
Veröffentlicht: (2020)