Reverse Distillation: Consistently Scaling Protein Language Model Representations
Fuente:
arXiv
Enregistré dans:
| Auteurs principaux: | Catrina, Darius, Bepler, Christian, Sledzieski, Samuel, Singh, Rohit |
|---|---|
| Format: | Preprint |
| Publié: |
2026
|
| Sujets: | |
| Accès en ligne: | |
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