Subspace Tensor Orthogonal Rotation Model (STORM) for Batch Alignment, Cell Type Deconvolution, and Gene Imputation in Spatial Transcriptomic Data
Fuente:
arXiv
Gespeichert in:
| Hauptverfasser: | Cottrell, Sean, Wei, Guo-Wei, Huang, Longxiu |
|---|---|
| Format: | Preprint |
| Veröffentlicht: |
2026
|
| Schlagworte: | |
| Online-Zugang: | |
| Tags: |
Tag hinzufügen
Keine Tags, Fügen Sie den ersten Tag hinzu!
|
Ähnliche Einträge
RAFT-UP: Robust Alignment for Spatial Transcriptomics with Explicit Control of Spatial Distortion
von: Wu, Yaqi, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Wu, Yaqi, et al.
Veröffentlicht: (2026)
ST2HE: A Cross-Platform Framework for Virtual Histology and Annotation of High-Resolution Spatial Transcriptomics Data
von: Liu, Zhentao, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Liu, Zhentao, et al.
Veröffentlicht: (2025)
BAMITA: Bayesian Multiple Imputation for Tensor Arrays
von: Jiang, Ziren, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Jiang, Ziren, et al.
Veröffentlicht: (2024)
MOSAIK: Multi-Origin Spatial Transcriptomics Analysis and Integration Kit
von: Baptista, Anthony, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Baptista, Anthony, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Evaluating Integrative Strategies for Incorporating Phenotypic Features in Spatial Transcriptomics
von: Moser, Levin M, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Moser, Levin M, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Modeling Microenvironment Trajectories on Spatial Transcriptomics with NicheFlow
von: Sakalyan, Kristiyan, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Sakalyan, Kristiyan, et al.
Veröffentlicht: (2025)
HECLIP: Histology-Enhanced Contrastive Learning for Imputation of Transcriptomics Profiles
von: Wang, Qing, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Wang, Qing, et al.
Veröffentlicht: (2025)
PHD-MS: Multiscale Domain Identification for Spatial Transcriptomics via Persistent Homology
von: Beamer, Perry, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Beamer, Perry, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Spatially-extended Flow Phixer (SpeF-Phixer): A Spatially Extended $φ$-Mixing Framework for Gene Regulatory Causal Inference in Spatial Gene Field
von: Nagasaka, Toru, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Nagasaka, Toru, et al.
Veröffentlicht: (2025)
GenoHoption: Bridging Gene Network Graphs and Single-Cell Foundation Models
von: Cheng, Jiabei, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Cheng, Jiabei, et al.
Veröffentlicht: (2024)
HuBMAP Data Portal: A Resource for Multi-Modal Spatial and Single-Cell Data of Healthy Human Tissues
von: Turner, Morgan L., et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Turner, Morgan L., et al.
Veröffentlicht: (2025)
Neurosymbolic Learning for Predicting Cell Fate Decisions from Longitudinal Single Cell Transcriptomics in Paediatric Acute Myeloid Leukemia
von: Uthamacumaran, Abicumaran, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Uthamacumaran, Abicumaran, et al.
Veröffentlicht: (2025)
hSNMF: Hybrid Spatially Regularized NMF for Image-Derived Spatial Transcriptomics
von: Mahmud, Md Ishtyaq, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Mahmud, Md Ishtyaq, et al.
Veröffentlicht: (2026)
Dual-Path Knowledge-Augmented Contrastive Alignment Network for Spatially Resolved Transcriptomics
von: Zhang, Wei, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Zhang, Wei, et al.
Veröffentlicht: (2025)
A Multimodal Foundation Model of Spatial Transcriptomics and Histology for Biological Discovery and Clinical Prediction
von: Xiang, Jinxi, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Xiang, Jinxi, et al.
Veröffentlicht: (2026)
Integrative Prognostic Modeling of Breast Cancer Survival with Gene Expression and Clinical Data
von: Amevor, Robert, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Amevor, Robert, et al.
Veröffentlicht: (2025)
CEP-IP: An Explainable Framework for Cell Subpopulation Identification in Single-cell Transcriptomics
von: Wong, Kah Keng
Veröffentlicht: (2025)
von: Wong, Kah Keng
Veröffentlicht: (2025)
Topological Machine Learning for Protein-Nucleic Acid Binding Affinity Changes Upon Mutation
von: Liu, Xiang, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Liu, Xiang, et al.
Veröffentlicht: (2025)
WGTDA: A Topological Perspective to Biomarker Discovery in Gene Expression Data
von: Nyase, Ndivhuwo, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Nyase, Ndivhuwo, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Meta-analysis and Topological Perturbation in Interactomic Network for Anti-opioid Addiction Drug Repurposing
von: Zhang, Chunhuan, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Zhang, Chunhuan, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Graph-Based Bidirectional Transformer Decision Threshold Adjustment Algorithm for Class-Imbalanced Molecular Data
von: Hayes, Nicole, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Hayes, Nicole, et al.
Veröffentlicht: (2024)
MAT-Cell: A Multi-Agent Tree-Structured Reasoning Framework for Batch-Level Single-Cell Annotation
von: Yang, Yehui, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Yang, Yehui, et al.
Veröffentlicht: (2026)
SOWAHA as a Cancer Suppressor Gene Influence Metabolic Reprogramming
von: Yi, Xiaohong, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Yi, Xiaohong, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Topological Data Analysis for Unsupervised Feature Selection in Large Scale Spatial Omics Data Sets
von: Boyle, James, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Boyle, James, et al.
Veröffentlicht: (2025)
TurboESM: Ultra-Efficient 3-Bit KV Cache Quantization for Protein Language Models with Orthogonal Rotation and QJL Correction
von: Hu, Yue, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Hu, Yue, et al.
Veröffentlicht: (2026)
Harnessing the Potential of Spatial Statistics for Spatial Omics Data with pasta
von: Emons, Martin, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Emons, Martin, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Hyperedge Representations with Hypergraph Wavelets: Applications to Spatial Transcriptomics
von: Sun, Xingzhi, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Sun, Xingzhi, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Fed-ComBat: A Generalized Federated Framework for Batch Effect Harmonization in Collaborative Studies
von: Silva, Santiago, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Silva, Santiago, et al.
Veröffentlicht: (2026)
Objectively Evaluating the Reliability of Cell Type Annotation Using LLM-Based Strategies
von: Ye, Wenjin, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Ye, Wenjin, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Hillclimb-Causal Inference: A Data-Driven Approach to Identify Causal Pathways Among Parental Behaviors, Genetic Risk, and Externalizing Behaviors in Children
von: Wei, Mengman, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Wei, Mengman, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Deciphering Cell Systems: Machine Learning Perspectives And Approaches For The Analysis Of Single-Cell Data
von: Yang, Yongjian
Veröffentlicht: (2024)
von: Yang, Yongjian
Veröffentlicht: (2024)
Transcriptome and Redox Proteome Reveal Temporal Scales of Carbon Metabolism Regulation in Model Cyanobacteria Under Light Disturbance
von: Johnson, Connah G. M., et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Johnson, Connah G. M., et al.
Veröffentlicht: (2024)
Predicting Protein-Nucleic Acid Flexibility Using Persistent Sheaf Laplacians
von: Hayes, Nicole, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Hayes, Nicole, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Time-Varying Environmental and Polygenic Predictors of Substance Use Initiation in Youth: A Survival and Causal Modeling Study in the ABCD Cohort
von: Wei, Mengman, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Wei, Mengman, et al.
Veröffentlicht: (2026)
Persistent Sheaf Laplacian Analysis of Protein Flexibility
von: Hayes, Nicole, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Hayes, Nicole, et al.
Veröffentlicht: (2025)
CAP: Commutative Algebra Prediction of Protein-Nucleic Acid Binding Affinities
von: Zia, Mushal, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Zia, Mushal, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Reconstructing Noisy Gene Regulation Dynamics Using Extrinsic-Noise-Driven Neural Stochastic Differential Equations
von: Zhang, Jiancheng, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Zhang, Jiancheng, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Quantum Generative Modeling of Single-Cell transcriptomes: Capturing Gene-Gene and Cell-Cell Interactions
von: Romero, Selim, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Romero, Selim, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Spatially-Structured Models of Viral Dynamics: A Scoping Review
von: Williams, Thomas, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Williams, Thomas, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Assessing the Utility of Large Language Models for Phenotype-Driven Gene Prioritization in Rare Genetic Disorder Diagnosis
von: Kim, Junyoung, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Kim, Junyoung, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Ähnliche Einträge
-
RAFT-UP: Robust Alignment for Spatial Transcriptomics with Explicit Control of Spatial Distortion
von: Wu, Yaqi, et al.
Veröffentlicht: (2026) -
ST2HE: A Cross-Platform Framework for Virtual Histology and Annotation of High-Resolution Spatial Transcriptomics Data
von: Liu, Zhentao, et al.
Veröffentlicht: (2025) -
BAMITA: Bayesian Multiple Imputation for Tensor Arrays
von: Jiang, Ziren, et al.
Veröffentlicht: (2024) -
MOSAIK: Multi-Origin Spatial Transcriptomics Analysis and Integration Kit
von: Baptista, Anthony, et al.
Veröffentlicht: (2025) -
Evaluating Integrative Strategies for Incorporating Phenotypic Features in Spatial Transcriptomics
von: Moser, Levin M, et al.
Veröffentlicht: (2025)