Buchumschlag

Direct RNA sequence design under codon constraints using expressive tensor-based secondary structure models

Fuente: arXiv

Gespeichert in:

Bibliographische Detailangaben
Hauptverfasser:	Fornace, Mark, Wang, Christina Wuyan, Lindsey, Michael
Format:	Preprint
Veröffentlicht:	2026
Schlagworte:	Quantitative Methods
Online-Zugang:	Acceder al recurso
Tags:	Tag hinzufügen Keine Tags, Fügen Sie den ersten Tag hinzu!

Ähnliche Einträge

GoForth: Language Models for RNA Design under Structure, Sequence, and Coding Constraints
von: Lindsey, Michael
Veröffentlicht: (2026)

Pre-trained protein language model for codon optimization
von: Pathak, Shashank, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Efficient design of rna sequences with desired properties, structure, and motifs using a grammar variational autoencoder
von: Zarnaghinaghsh, Narges, et al.
Veröffentlicht: (2025)

AntiFold: Improved antibody structure-based design using inverse folding
von: Høie, Magnus Haraldson, et al.
Veröffentlicht: (2024)

The structure is the message: preserving experimental context through tensor decomposition
von: Tan, Zhixin Cyrillus, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Accurate RNA 3D structure prediction using a language model-based deep learning approach
von: Shen, Tao, et al.
Veröffentlicht: (2022)

Fast uncovering of protein sequence diversity from structure
von: Silva, Luca Alessandro, et al.
Veröffentlicht: (2024)

BMFM-RNA: whole-cell expression decoding improves transcriptomic foundation models
von: Danziger, Michael M., et al.
Veröffentlicht: (2025)

Integrating protein sequence embeddings with structure via graph-based deep learning for single-residue property prediction
von: Michalewicz, Kevin, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Abstract relational structures in models of biology
von: Diaz, Léo, et al.
Veröffentlicht: (2026)

Network nestedness in primates: a structural constraint or a biological advantage of social complexity?
von: Herbrich, Maxime, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Mechano-chemical modeling of glia initiated secondary injury of neurons under mechanical load
von: Auddya, Debabrata, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Autofocused oracles for model-based design
von: Fannjiang, Clara, et al.
Veröffentlicht: (2020)

Multilevel testing of constraints induced by structural equation modeling in fMRI effective connectivity analysis: A proof of concept
von: Marrelec, G., et al.
Veröffentlicht: (2024)

Modelling birdsong transmission with methods from molecular sequence analysis
von: Kwong, Anthony, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Mechanistic inference of stochastic gene expression from structured single-cell data
von: Miles, Christopher E.
Veröffentlicht: (2025)

Validation of Golden Gate assemblies using highly multiplexed Nanopore amplicon sequencing
von: Rojas, Adan A. Ramirez, et al.
Veröffentlicht: (2024)

An information-based model selection criterion for data-driven model discovery
von: Chung, Michael C, et al.
Veröffentlicht: (2026)

Attribution assignment for deep-generative sequence models enables interpretability analysis using positive-only data
von: Frank, Robert, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Sample volume as a key design parameter in affinity-based biosensors
von: Beijersbergen, Daan, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Negative feedback and oscillations in a model for mRNA translation
von: Ehrman, Aliza, et al.
Veröffentlicht: (2025)

PoET: A generative model of protein families as sequences-of-sequences
von: Truong Jr, Timothy F., et al.
Veröffentlicht: (2023)

Benchmarking structure-based three-dimensional molecular generative models using GenBench3D: ligand conformation quality matters
von: Baillif, Benoit, et al.
Veröffentlicht: (2024)

De novo peptide sequencing rescoring and FDR estimation with Winnow
von: Mabona, Amandla, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Proteome-wide prediction of mode of inheritance and molecular mechanism underlying genetic diseases using structural interactomics
von: Saadat, Ali, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Detecting Discontinuities in the Topology of Alzheimers gene Co-expression
von: Samadzelkava, Aya
Veröffentlicht: (2025)

Evaluating DNA function understanding in genomic language models using evolutionarily implausible sequences
von: Jiang, Shiyu, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Blini: lightweight nucleotide sequence search and dereplication
von: Lavon, Amit
Veröffentlicht: (2025)

mRNA active transport in oocyte-early embryo: 3D agent-based modeling
von: Sabirov, Marat A., et al.
Veröffentlicht: (2023)

Randomness with constraints: constructing minimal models for high-dimensional biology
von: Nemenman, Ilya, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Implementation of an AI-based MRD evaluation and prediction model for multiple myeloma
von: Chen, Jianfeng, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Trans-dimensional Bayesian model averaging for $^{13}$C-based metabolic flux analysis: Evidence-based flux inference under structural model uncertainty
von: Jadebeck, Johann F., et al.
Veröffentlicht: (2026)

Fast computation of the statistical significance test for spatio-temporal receptive field estimates obtained using spike-triggered averaging of binary pseudo-random sequences
von: Okatan, Murat
Veröffentlicht: (2024)

gRNAde: Geometric Deep Learning for 3D RNA inverse design
von: Joshi, Chaitanya K., et al.
Veröffentlicht: (2023)

RNA-KG v2.0: An RNA-centered Knowledge Graph with Properties
von: Cavalleri, Emanuele, et al.
Veröffentlicht: (2025)

A generalisation of the method of regression calibration and comparison with Bayesian and frequentist model averaging methods
von: Little, Mark P, et al.
Veröffentlicht: (2023)

PatchWorkPlot: simultaneous visualization of local alignments across multiple sequences
von: Pospelova, Mariia, et al.
Veröffentlicht: (2025)

TopSpace: spatial topic modeling for unsupervised discovery of multicellular spatial tissue structures in multiplex imaging
von: Choi, Junsouk, et al.
Veröffentlicht: (2025)

3plex Web: An Interactive Platform for RNA:DNA Triplex Prediction and Analysis
von: Masera, Marco, et al.
Veröffentlicht: (2025)

RNA-Protein Interaction Prediction Based on Deep Learning: A Comprehensive Survey
von: Li, Danyu, et al.
Veröffentlicht: (2024)