AROMA: Augmented Reasoning Over a Multimodal Architecture for Virtual Cell Genetic Perturbation Modeling
Fuente:
arXiv
Salvato in:
| Autori principali: | Wang, Zhenyu, Ye, Geyan, Liu, Wei, Ng, Man Tat Alexander |
|---|---|
| Natura: | Preprint |
| Pubblicazione: |
2026
|
| Soggetti: | |
| Accesso online: | |
| Tags: |
Aggiungi Tag
Nessun Tag, puoi essere il primo ad aggiungerne!!
|
Documenti analoghi
Annotation-guided Protein Design with Multi-Level Domain Alignment
di: Yuan, Chaohao, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Yuan, Chaohao, et al.
Pubblicazione: (2024)
DrugAssist: A Large Language Model for Molecule Optimization
di: Ye, Geyan, et al.
Pubblicazione: (2023)
di: Ye, Geyan, et al.
Pubblicazione: (2023)
CRADLE-VAE: Enhancing Single-Cell Gene Perturbation Modeling with Counterfactual Reasoning-based Artifact Disentanglement
di: Baek, Seungheun, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Baek, Seungheun, et al.
Pubblicazione: (2024)
AssayBench: An Assay-Level Virtual Cell Benchmark for LLMs and Agents
di: De Brouwer, Edward, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: De Brouwer, Edward, et al.
Pubblicazione: (2026)
Atomas: Hierarchical Alignment on Molecule-Text for Unified Molecule Understanding and Generation
di: Zhang, Yikun, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Zhang, Yikun, et al.
Pubblicazione: (2024)
GRAPE: Heterogeneous Graph Representation Learning for Genetic Perturbation with Coding and Non-Coding Biotype
di: Chi, Changxi, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Chi, Changxi, et al.
Pubblicazione: (2025)
CellForge: Agentic Design of Virtual Cell Models
di: Tang, Xiangru, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Tang, Xiangru, et al.
Pubblicazione: (2025)
Predicting T-Cell Receptor Specificity
di: Tu, Tengyao, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Tu, Tengyao, et al.
Pubblicazione: (2024)
Elucidating the Design Space of Multimodal Protein Language Models
di: Hsieh, Cheng-Yen, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Hsieh, Cheng-Yen, et al.
Pubblicazione: (2025)
Modelling Cellular Perturbations with the Sparse Additive Mechanism Shift Variational Autoencoder
di: Bereket, Michael, et al.
Pubblicazione: (2023)
di: Bereket, Michael, et al.
Pubblicazione: (2023)
scDFM: Distributional Flow Matching Model for Robust Single-Cell Perturbation Prediction
di: Yu, Chenglei, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Yu, Chenglei, et al.
Pubblicazione: (2026)
Integrating Genomics into Multimodal EHR Foundation Models
di: Amar, Jonathan, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Amar, Jonathan, et al.
Pubblicazione: (2025)
Quantifying Cross-Modal Interactions in Multimodal Glioma Survival Prediction via InterSHAP: Evidence for Additive Signal Integration
di: Swift, Iain, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Swift, Iain, et al.
Pubblicazione: (2026)
BioArc: Discovering Optimal Neural Architectures for Biological Foundation Models
di: Fang, Yi, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Fang, Yi, et al.
Pubblicazione: (2025)
AgentPLM: Agentic Protein Language Models with Reasoning-Augmented Decoding for Protein Sequence Design
di: Rahman, Sahil, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Rahman, Sahil, et al.
Pubblicazione: (2026)
HSA-Net: Hierarchical and Structure-Aware Framework for Efficient and Scalable Molecular Language Modeling
di: Shao, Zihang, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Shao, Zihang, et al.
Pubblicazione: (2025)
Comparison of Optimised Geometric Deep Learning Architectures, over Varying Toxicological Assay Data Environments
di: Kalian, Alexander D., et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Kalian, Alexander D., et al.
Pubblicazione: (2025)
How to Build the Virtual Cell with Artificial Intelligence: Priorities and Opportunities
di: Bunne, Charlotte, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Bunne, Charlotte, et al.
Pubblicazione: (2024)
BioMaze: Benchmarking and Enhancing Large Language Models for Biological Pathway Reasoning
di: Zhao, Haiteng, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Zhao, Haiteng, et al.
Pubblicazione: (2025)
Empowering Chemical Structures with Biological Insights for Scalable Phenotypic Virtual Screening
di: Lian, Xiaoqing, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Lian, Xiaoqing, et al.
Pubblicazione: (2026)
Learning Explainable Imaging-Genetics Associations Related to a Neurological Disorder
di: Wang, Jueqi, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Wang, Jueqi, et al.
Pubblicazione: (2025)
Few-Label Multimodal Modeling of SNP Variants and ECG Phenotypes Using Large Language Models for Cardiovascular Risk Stratification
di: Menon, Niranjana Arun, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Menon, Niranjana Arun, et al.
Pubblicazione: (2025)
Multimodal AI predicts clinical outcomes of drug combinations from preclinical data
di: Huang, Yepeng, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Huang, Yepeng, et al.
Pubblicazione: (2025)
A Multimodal Foundation Model to Enhance Generalizability and Data Efficiency for Pan-cancer Prognosis Prediction
di: Zhou, Huajun, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Zhou, Huajun, et al.
Pubblicazione: (2025)
Llama-Affinity: A Predictive Antibody Antigen Binding Model Integrating Antibody Sequences with Llama3 Backbone Architecture
di: Hossain, Delower, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Hossain, Delower, et al.
Pubblicazione: (2025)
MAMMAL -- Molecular Aligned Multi-Modal Architecture and Language
di: Shoshan, Yoel, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Shoshan, Yoel, et al.
Pubblicazione: (2024)
A Weighted U Statistic for Genetic Association Analyses of Sequencing Data
di: Wei, Changshuai, et al.
Pubblicazione: (2015)
di: Wei, Changshuai, et al.
Pubblicazione: (2015)
GenCircuit-RL: Reinforcement Learning from Hierarchical Verification for Genetic Circuit Design
di: Flynn, Noah
Pubblicazione: (2026)
di: Flynn, Noah
Pubblicazione: (2026)
Reading the Cell, Designing the Cure: Perturbation-Conditioned Molecular Diffusion for Function-Oriented Drug Design
di: Xu, Ziyu, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Xu, Ziyu, et al.
Pubblicazione: (2026)
scpFormer: A Foundation Model for Unified Representation and Integration of the Single-Cell Proteomics
di: Zhou, Qifeng, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Zhou, Qifeng, et al.
Pubblicazione: (2026)
Diff4VS: HIV-inhibiting Molecules Generation with Classifier Guidance Diffusion for Virtual Screening
di: Lyu, Jiaqing, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Lyu, Jiaqing, et al.
Pubblicazione: (2024)
The Next Layer: Augmenting Foundation Models with Structure-Preserving and Attention-Guided Learning for Local Patches to Global Context Awareness in Computational Pathology
di: Waqas, Muhammad, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Waqas, Muhammad, et al.
Pubblicazione: (2025)
Uncovering the Genetic Basis of Glioblastoma Heterogeneity through Multimodal Analysis of Whole Slide Images and RNA Sequencing Data
di: Berjaoui, Ahmad, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Berjaoui, Ahmad, et al.
Pubblicazione: (2024)
BioCube: A Multimodal Dataset for Biodiversity Research
di: Stasinos, Stylianos, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Stasinos, Stylianos, et al.
Pubblicazione: (2025)
Augmenting generative models with biomedical knowledge graphs improves targeted drug discovery
di: Malusare, Aditya, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Malusare, Aditya, et al.
Pubblicazione: (2025)
Adaptive Multimodal Protein Plug-and-Play with Diffusion-Based Priors
di: Banerjee, Amartya, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Banerjee, Amartya, et al.
Pubblicazione: (2025)
Empowering LLMs for Structure-Based Drug Design via Exploration-Augmented Latent Inference
di: Hu, Xuanning, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Hu, Xuanning, et al.
Pubblicazione: (2026)
FGBench: A Dataset and Benchmark for Molecular Property Reasoning at Functional Group-Level in Large Language Models
di: Liu, Xuan, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Liu, Xuan, et al.
Pubblicazione: (2025)
Multi-Peptide: Multimodality Leveraged Language-Graph Learning of Peptide Properties
di: Badrinarayanan, Srivathsan, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Badrinarayanan, Srivathsan, et al.
Pubblicazione: (2024)
MAT-Cell: A Multi-Agent Tree-Structured Reasoning Framework for Batch-Level Single-Cell Annotation
di: Yang, Yehui, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Yang, Yehui, et al.
Pubblicazione: (2026)
Documenti analoghi
-
Annotation-guided Protein Design with Multi-Level Domain Alignment
di: Yuan, Chaohao, et al.
Pubblicazione: (2024) -
DrugAssist: A Large Language Model for Molecule Optimization
di: Ye, Geyan, et al.
Pubblicazione: (2023) -
CRADLE-VAE: Enhancing Single-Cell Gene Perturbation Modeling with Counterfactual Reasoning-based Artifact Disentanglement
di: Baek, Seungheun, et al.
Pubblicazione: (2024) -
AssayBench: An Assay-Level Virtual Cell Benchmark for LLMs and Agents
di: De Brouwer, Edward, et al.
Pubblicazione: (2026) -
Atomas: Hierarchical Alignment on Molecule-Text for Unified Molecule Understanding and Generation
di: Zhang, Yikun, et al.
Pubblicazione: (2024)