TD3B: Transition-Directed Discrete Diffusion for Allosteric Binder Generation
Fuente:
arXiv
Gespeichert in:
| Hauptverfasser: | Cao, Hanqun, Pal, Aastha, Tang, Sophia, Zhang, Yinuo, Zhang, Jingjie, Heng, Pheng Ann, Chatterjee, Pranam |
|---|---|
| Format: | Preprint |
| Veröffentlicht: |
2026
|
| Schlagworte: | |
| Online-Zugang: | |
| Tags: |
Tag hinzufügen
Keine Tags, Fügen Sie den ersten Tag hinzu!
|
Ähnliche Einträge
PepTune: De Novo Generation of Therapeutic Peptides with Multi-Objective-Guided Discrete Diffusion
von: Tang, Sophia, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Tang, Sophia, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Multi-Objective-Guided Discrete Flow Matching for Controllable Biological Sequence Design
von: Chen, Tong, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Chen, Tong, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Entangled Schrödinger Bridge Matching
von: Tang, Sophia, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Tang, Sophia, et al.
Veröffentlicht: (2025)
PepDoRA: A Unified Peptide Language Model via Weight-Decomposed Low-Rank Adaptation
von: Wang, Leyao, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Wang, Leyao, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Gumbel-Softmax Flow Matching with Straight-Through Guidance for Controllable Biological Sequence Generation
von: Tang, Sophia, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Tang, Sophia, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Token-Level Guided Discrete Diffusion for Membrane Protein Design
von: Goel, Shrey, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Goel, Shrey, et al.
Veröffentlicht: (2024)
AReUReDi: Annealed Rectified Updates for Refining Discrete Flows with Multi-Objective Guidance
von: Chen, Tong, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Chen, Tong, et al.
Veröffentlicht: (2025)
TR2-D2: Tree Search Guided Trajectory-Aware Fine-Tuning for Discrete Diffusion
von: Tang, Sophia, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Tang, Sophia, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Unlocking Potential Binders: Multimodal Pretraining DEL-Fusion for Denoising DNA-Encoded Libraries
von: Gu, Chunbin, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Gu, Chunbin, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Minimal-Action Discrete Schrödinger Bridge Matching for Peptide Sequence Design
von: Goel, Shrey, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Goel, Shrey, et al.
Veröffentlicht: (2026)
CA-DEL: An Open Multi-Target, Multi-Modal Benchmark for Learning from DNA-Encoded Library Screens
von: He, Mutian, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: He, Mutian, et al.
Veröffentlicht: (2026)
mRNAutilus: Multi-Objective-Guided Discrete Generation of mRNA with Optimized Therapeutic Properties
von: Patel, Sawan, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Patel, Sawan, et al.
Veröffentlicht: (2026)
Bi-TEAM: A Unified Cross-Scale Representation Learning Framework for Chemically Modified Biomolecules
von: Gu, Chunbin, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Gu, Chunbin, et al.
Veröffentlicht: (2026)
CONFIDE: Hallucination Assessment for Reliable Biomolecular Structure Prediction and Design
von: Gao, Zijun, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Gao, Zijun, et al.
Veröffentlicht: (2025)
DEL-Ranking: Ranking-Correction Denoising Framework for Elucidating Molecular Affinities in DNA-Encoded Libraries
von: Cao, Hanqun, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Cao, Hanqun, et al.
Veröffentlicht: (2024)
RiboPO: Preference Optimization for Structure- and Stability-Aware RNA Design
von: Sun, Minghao, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Sun, Minghao, et al.
Veröffentlicht: (2025)
A deep reinforcement learning platform for antibiotic discovery
von: Cao, Hanqun, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Cao, Hanqun, et al.
Veröffentlicht: (2025)
PepMLM: Target Sequence-Conditioned Generation of Therapeutic Peptide Binders via Span Masked Language Modeling
von: Chen, Tianlai, et al.
Veröffentlicht: (2023)
von: Chen, Tianlai, et al.
Veröffentlicht: (2023)
BioTD: an online database of biotoxins
von: Wang, Gaoang, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Wang, Gaoang, et al.
Veröffentlicht: (2024)
UniMoMo: Unified Generative Modeling of 3D Molecules for De Novo Binder Design
von: Kong, Xiangzhe, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Kong, Xiangzhe, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Target-Specific De Novo Peptide Binder Design with DiffPepBuilder
von: Wang, Fanhao, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Wang, Fanhao, et al.
Veröffentlicht: (2024)
SeedProteo: Accurate De Novo All-Atom Design of Protein Binders
von: Qu, Wei, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Qu, Wei, et al.
Veröffentlicht: (2025)
From Supervision to Exploration: What Does Protein Language Model Learn During Reinforcement Learning?
von: Cao, Hanqun, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Cao, Hanqun, et al.
Veröffentlicht: (2025)
AutoBinder Agent: An MCP-Based Agent for End-to-End Protein Binder Design
von: Ge, Fukang, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Ge, Fukang, et al.
Veröffentlicht: (2026)
HelixDesign-Binder: A Scalable Production-Grade Platform for Binder Design Built on HelixFold3
von: Gao, Jie, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Gao, Jie, et al.
Veröffentlicht: (2025)
UNAAGI: Atom-Level Diffusion for Generating Non-Canonical Amino Acid Substitutions
von: Tang, Han, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Tang, Han, et al.
Veröffentlicht: (2025)
ODesign: A World Model for Biomolecular Interaction Design
von: Zhang, Odin, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Zhang, Odin, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Protein Inverse Folding From Structure Feedback
von: Xu, Junde, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Xu, Junde, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Latent-X: An Atom-level Frontier Model for De Novo Protein Binder Design
von: Latent Labs Team, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Latent Labs Team, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Ligand-Conditioned Discrete Diffusion for Protein Sequence-Structure Co-Design
von: Wei, Chen, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Wei, Chen, et al.
Veröffentlicht: (2026)
RiboDiffusion: Tertiary Structure-based RNA Inverse Folding with Generative Diffusion Models
von: Huang, Han, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Huang, Han, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Generative Active Learning for the Search of Small-molecule Protein Binders
von: Korablyov, Maksym, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Korablyov, Maksym, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Directly Optimizing for Synthesizability in Generative Molecular Design using Retrosynthesis Models
von: Guo, Jeff, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Guo, Jeff, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Discontinuous Epitope Fragments as Sufficient Target Templates for Efficient Binder Design
von: Deng, Zhenfeng, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Deng, Zhenfeng, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Diffusion Sequence Models for Enhanced Protein Representation and Generation
von: Hallee, Logan, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Hallee, Logan, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Training-Free Guidance for Discrete Diffusion Models for Molecular Generation
von: Kerby, Thomas J., et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Kerby, Thomas J., et al.
Veröffentlicht: (2024)
Exploring Discrete Flow Matching for 3D De Novo Molecule Generation
von: Dunn, Ian, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Dunn, Ian, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Generalized Protein Pocket Generation with Prior-Informed Flow Matching
von: Zhang, Zaixi, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Zhang, Zaixi, et al.
Veröffentlicht: (2024)
DiffBP: Generative Diffusion of 3D Molecules for Target Protein Binding
von: Lin, Haitao, et al.
Veröffentlicht: (2022)
von: Lin, Haitao, et al.
Veröffentlicht: (2022)
An Allosteric Model for the Influence of $\text{H}^+$ and $\text{CO}_2$ on Oxygen-Hemoglobin Binding
von: Huang, Heming, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Huang, Heming, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Ähnliche Einträge
-
PepTune: De Novo Generation of Therapeutic Peptides with Multi-Objective-Guided Discrete Diffusion
von: Tang, Sophia, et al.
Veröffentlicht: (2024) -
Multi-Objective-Guided Discrete Flow Matching for Controllable Biological Sequence Design
von: Chen, Tong, et al.
Veröffentlicht: (2025) -
Entangled Schrödinger Bridge Matching
von: Tang, Sophia, et al.
Veröffentlicht: (2025) -
PepDoRA: A Unified Peptide Language Model via Weight-Decomposed Low-Rank Adaptation
von: Wang, Leyao, et al.
Veröffentlicht: (2024) -
Gumbel-Softmax Flow Matching with Straight-Through Guidance for Controllable Biological Sequence Generation
von: Tang, Sophia, et al.
Veröffentlicht: (2025)