AssayBench: An Assay-Level Virtual Cell Benchmark for LLMs and Agents
Fuente:
arXiv
Gespeichert in:
| Hauptverfasser: | De Brouwer, Edward, Edwards, Carl, Wu, Alexander, Collier, Jenna, Heimberg, Graham, Li, Xiner, Subramaniam, Meena, Hajiramezanali, Ehsan, Richmond, David, Hütter, Jan-Christian, Mostafavi, Sara, Scalia, Gabriele |
|---|---|
| Format: | Preprint |
| Veröffentlicht: |
2026
|
| Schlagworte: | |
| Online-Zugang: | |
| Tags: |
Tag hinzufügen
Keine Tags, Fügen Sie den ersten Tag hinzu!
|
Ähnliche Einträge
Iterative Distillation for Reward-Guided Fine-Tuning of Diffusion Models in Biomolecular Design
von: Su, Xingyu, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Su, Xingyu, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Feedback Efficient Online Fine-Tuning of Diffusion Models
von: Uehara, Masatoshi, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Uehara, Masatoshi, et al.
Veröffentlicht: (2024)
DC-W2S: Dual-Consensus Weak-to-Strong Training for Reliable Process Reward Modeling in Biological Reasoning
von: Chan, Chi-Min, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Chan, Chi-Min, et al.
Veröffentlicht: (2026)
Efficient Fine-Tuning of Single-Cell Foundation Models Enables Zero-Shot Molecular Perturbation Prediction
von: Maleki, Sepideh, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Maleki, Sepideh, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Radical-mediated Electrical Enzyme Assay For At-home Clinical Test
von: Jang, Hyun-June, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Jang, Hyun-June, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Assay2Mol: large language model-based drug design using BioAssay context
von: Deng, Yifan, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Deng, Yifan, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Interpretable Droplet Digital PCR Assay for Trustworthy Molecular Diagnostics
von: Wei, Yuanyuan, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Wei, Yuanyuan, et al.
Veröffentlicht: (2025)
A Quantitative Holographic Agglutination Assay for Immunoglobulin A
von: Quddus, Rushna, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Quddus, Rushna, et al.
Veröffentlicht: (2025)
RAG-Enhanced Collaborative LLM Agents for Drug Discovery
von: Lee, Namkyeong, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Lee, Namkyeong, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Transfer Learning Bayesian Optimization to Design Competitor DNA Molecules for Use in Diagnostic Assays
von: Sedgwick, Ruby, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Sedgwick, Ruby, et al.
Veröffentlicht: (2024)
MolCap-Arena: A Comprehensive Captioning Benchmark on Language-Enhanced Molecular Property Prediction
von: Edwards, Carl, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Edwards, Carl, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Surface Acoustic Wave Hemolysis Assay for Evaluating Stored Red Blood Cells
von: Song, Meiou, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Song, Meiou, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Comparison of Optimised Geometric Deep Learning Architectures, over Varying Toxicological Assay Data Environments
von: Kalian, Alexander D., et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Kalian, Alexander D., et al.
Veröffentlicht: (2025)
Learning Identifiable Factorized Causal Representations of Cellular Responses
von: Mao, Haiyi, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Mao, Haiyi, et al.
Veröffentlicht: (2024)
An algorithmic framework for synthetic cost-aware decision making in molecular design
von: Fromer, Jenna C., et al.
Veröffentlicht: (2023)
von: Fromer, Jenna C., et al.
Veröffentlicht: (2023)
GitHub is an effective platform for collaborative and reproducible laboratory research
von: Chen, Katharine Y., et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Chen, Katharine Y., et al.
Veröffentlicht: (2024)
Exploring Multi-Objective Trade-offs in Reference Compound Selection for Validation Studies of Toxicity Assays
von: Ohto, Yohei, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Ohto, Yohei, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Bayesian Non-Negative Matrix Factorization with Correlated Mutation Type Probabilities for Mutational Signatures
von: Lang, Iris, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Lang, Iris, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Optimal compound downselection to promote diversity and parallel chemistry
von: Fromer, Jenna C., et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Fromer, Jenna C., et al.
Veröffentlicht: (2025)
Reference standard analysis of multiple new and old plasma clearance models and renal clearance with special attention to measurement of reduced glomerular filtration rate
von: Wesolowski, Carl A.
Veröffentlicht: (2023)
von: Wesolowski, Carl A.
Veröffentlicht: (2023)
CLIPZyme: Reaction-Conditioned Virtual Screening of Enzymes
von: Mikhael, Peter G., et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Mikhael, Peter G., et al.
Veröffentlicht: (2024)
L+M-24: Building a Dataset for Language + Molecules @ ACL 2024
von: Edwards, Carl, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Edwards, Carl, et al.
Veröffentlicht: (2024)
LLMs for Drug-Drug Interaction Prediction: A Comprehensive Comparison
von: De Vito, Gabriele, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: De Vito, Gabriele, et al.
Veröffentlicht: (2025)
VibeProteinBench: An Evaluation Benchmark for Language-interfaced Vibe Protein Design
von: Seo, Hyunjin, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Seo, Hyunjin, et al.
Veröffentlicht: (2026)
Virtual Cells: From Conceptual Frameworks to Biomedical Applications
von: Bhardwaj, Saurabh, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Bhardwaj, Saurabh, et al.
Veröffentlicht: (2025)
An Improved Metric and Benchmark for Assessing the Performance of Virtual Screening Models
von: Brocidiacono, Michael, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Brocidiacono, Michael, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Inverse resolution of spatially varying diffusion coefficient using Physics-Informed neural networks
von: Thakur, Sukirt, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Thakur, Sukirt, et al.
Veröffentlicht: (2024)
LiveProteinBench: A Contamination-Free Benchmark for Assessing Models' Specialized Capabilities in Protein Science
von: Rong, Dingyi, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Rong, Dingyi, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Enhanced Mesenchymal Stem Cell Response with Preserved Biocompatibility via (MnZn)Ferrite--Polyacrylonitrile Composite Nanofiber Membranes
von: Sarac, Baran, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Sarac, Baran, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Inference-Time Alignment in Diffusion Models with Reward-Guided Generation: Tutorial and Review
von: Uehara, Masatoshi, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Uehara, Masatoshi, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Virtual Lung Screening Trial (VLST): An In Silico Study Inspired by the National Lung Screening Trial for Lung Cancer Detection
von: Tushar, Fakrul Islam, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Tushar, Fakrul Islam, et al.
Veröffentlicht: (2024)
RawBench: A Comprehensive Benchmarking Framework for Raw Nanopore Signal Analysis Techniques
von: Eris, Furkan, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Eris, Furkan, et al.
Veröffentlicht: (2025)
On the Importance of Behavioral Nuances: Amplifying Non-Obvious Motor Noise Under True Empirical Considerations May Lead to Briefer Assays and Faster Classification Processes
von: Bermperidis, Theodoros, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Bermperidis, Theodoros, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Virtual Cells: Predict, Explain, Discover
von: Noutahi, Emmanuel, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Noutahi, Emmanuel, et al.
Veröffentlicht: (2025)
ST2HE: A Cross-Platform Framework for Virtual Histology and Annotation of High-Resolution Spatial Transcriptomics Data
von: Liu, Zhentao, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Liu, Zhentao, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Combining the Projective Consciousness Model and Virtual Humans to assess ToM capacity in Virtual Reality: a proof-of-concept
von: Rudrauf, David, et al.
Veröffentlicht: (2021)
von: Rudrauf, David, et al.
Veröffentlicht: (2021)
ViroBench: Benchmarking Nucleotide Foundation Models on Viral Genomics Tasks
von: Ye, Dongxin, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Ye, Dongxin, et al.
Veröffentlicht: (2026)
Flock2: A model for orientation-based social flocking
von: Hoetzlein, Rama Carl
Veröffentlicht: (2024)
von: Hoetzlein, Rama Carl
Veröffentlicht: (2024)
Beyond SMILES: Evaluating Agentic Systems for Drug Discovery
von: Wijaya, Edward
Veröffentlicht: (2026)
von: Wijaya, Edward
Veröffentlicht: (2026)
Reinforcement Learning for Clinical Reasoning: Aligning LLMs with ACR Imaging Appropriateness Criteria
von: Tziakouri, Anni, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Tziakouri, Anni, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Ähnliche Einträge
-
Iterative Distillation for Reward-Guided Fine-Tuning of Diffusion Models in Biomolecular Design
von: Su, Xingyu, et al.
Veröffentlicht: (2025) -
Feedback Efficient Online Fine-Tuning of Diffusion Models
von: Uehara, Masatoshi, et al.
Veröffentlicht: (2024) -
DC-W2S: Dual-Consensus Weak-to-Strong Training for Reliable Process Reward Modeling in Biological Reasoning
von: Chan, Chi-Min, et al.
Veröffentlicht: (2026) -
Efficient Fine-Tuning of Single-Cell Foundation Models Enables Zero-Shot Molecular Perturbation Prediction
von: Maleki, Sepideh, et al.
Veröffentlicht: (2024) -
Radical-mediated Electrical Enzyme Assay For At-home Clinical Test
von: Jang, Hyun-June, et al.
Veröffentlicht: (2024)