Buchumschlag

Beyond Manual Curation: Augmenting Targeted Protein Degradation Databases via Agentic Literature Extraction Workflows

Fuente: arXiv

Gespeichert in:

Bibliographische Detailangaben
Hauptverfasser:	Rao, Yaochen, Jalalypour, Farzaneh, Krishnan, N. M. Anoop, Mercado, Rocío
Format:	Preprint
Veröffentlicht:	2026
Schlagworte:	Quantitative Methods Machine Learning
Online-Zugang:	Acceder al recurso
Tags:	Tag hinzufügen Keine Tags, Fügen Sie den ersten Tag hinzu!

Ähnliche Einträge

Towards Discovery of Polymers for Insulin Delivery via Physics-Grounded Agentic Workflows
von: Otun, Martins
Veröffentlicht: (2026)

Compressing Biology: Evaluating the Stable Diffusion VAE for Phenotypic Drug Discovery
von: Cropsal, Télio, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Modeling PROTAC Degradation Activity with Machine Learning
von: Ribes, Stefano, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Prot2Token: A Unified Framework for Protein Modeling via Next-Token Prediction
von: Pourmirzaei, Mahdi, et al.
Veröffentlicht: (2025)

MIN: Multi-channel Interaction Network for Drug-Target Interaction with Protein Distillation
von: Li, Shuqi, et al.
Veröffentlicht: (2024)

ProteinZero: Self-Improving Protein Generation via Online Reinforcement Learning
von: Wang, Ziwen, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Molecular Lead Optimization via Agentic Tool Planning
von: Li, Lingxiao, et al.
Veröffentlicht: (2026)

PGraphDTA: Improving Drug Target Interaction Prediction using Protein Language Models and Contact Maps
von: Bal, Rakesh, et al.
Veröffentlicht: (2023)

AgentPLM: Agentic Protein Language Models with Reasoning-Augmented Decoding for Protein Sequence Design
von: Rahman, Sahil, et al.
Veröffentlicht: (2026)

TACK: A statistical evaluation of degradation activity on a novel TArgeting Chimeras Knowledge dataset
von: Ribes, Stefano, et al.
Veröffentlicht: (2026)

Fusing Neural and Physical: Augment Protein Conformation Sampling with Tractable Simulations
von: Lu, Jiarui, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Protein Circuit Tracing via Cross-layer Transcoders
von: Tsui, Darin, et al.
Veröffentlicht: (2026)

Scalable Agentic Reasoning for Designing Biologics Targeting Intrinsically Disordered Proteins
von: Sinclair, Matthew, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Enhancing Protein Predictive Models via Proteins Data Augmentation: A Benchmark and New Directions
von: Sun, Rui, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Agentic Discovery of Cryomicroneedle Formulations
von: Li, Hao, et al.
Veröffentlicht: (2026)

Beyond Protein Language Models: An Agentic LLM Framework for Mechanistic Enzyme Design
von: Jacob, Bruno, et al.
Veröffentlicht: (2025)

EPO: Diverse and Realistic Protein Ensemble Generation via Energy Preference Optimization
von: Sun, Yuancheng, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Beyond Current Boundaries: Integrating Deep Learning and AlphaFold for Enhanced Protein Structure Prediction from Low-Resolution Cryo-EM Maps
von: Xin, et al.
Veröffentlicht: (2024)

A Diffusion Model to Shrink Proteins While Maintaining Their Function
von: Baron, Ethan, et al.
Veröffentlicht: (2025)

GlucoBench: Curated List of Continuous Glucose Monitoring Datasets with Prediction Benchmarks
von: Sergazinov, Renat, et al.
Veröffentlicht: (2024)

BOAT: Navigating the Sea of In Silico Predictors for Antibody Design via Multi-Objective Bayesian Optimization
von: Rao, Jackie, et al.
Veröffentlicht: (2026)

ProteinRPN: Towards Accurate Protein Function Prediction with Graph-Based Region Proposals
von: Mitra, Shania, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Accelerating Drug Safety Assessment using Bidirectional-LSTM for SMILES Data
von: Rao, K. Venkateswara, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Learning the Language of Protein Structure
von: Gaujac, Benoit, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Conditioning Protein Generation via Hopfield Pattern Multiplicity
von: Varner, Jeffrey D.
Veröffentlicht: (2026)

Low-N Protein Activity Optimization with FolDE
von: Roberts, Jacob B., et al.
Veröffentlicht: (2025)

A Novel Framework for Multi-Modal Protein Representation Learning
von: Zheng, Runjie, et al.
Veröffentlicht: (2025)

SBSM-Pro: Support Bio-sequence Machine for Proteins
von: Wang, Yizheng, et al.
Veröffentlicht: (2023)

Better Protein Function Prediction by Modeling Survivorship Bias
von: Chao, Zhongmou, et al.
Veröffentlicht: (2026)

Protein-Mamba: Biological Mamba Models for Protein Function Prediction
von: Xu, Bohao, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Sparse Autoencoders for Low-$N$ Protein Function Prediction and Design
von: Tsui, Darin, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Hierarchical Contrastive Learning for Multi-Domain Protein-Ligand Binding
von: Zhang, Shuo, et al.
Veröffentlicht: (2026)

Molecular Embedding-Based Algorithm Selection in Protein-Ligand Docking
von: Wang, Jiabao Brad, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Protein sequence classification using natural language processing techniques
von: Perveen, Huma, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Data-Dependent Smoothing for Protein Discovery with Walk-Jump Sampling
von: Anumasa, Srinivas, et al.
Veröffentlicht: (2025)

SimpleFold: Folding Proteins is Simpler than You Think
von: Wang, Yuyang, et al.
Veröffentlicht: (2025)

DPLM-2: A Multimodal Diffusion Protein Language Model
von: Wang, Xinyou, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Binary Latent Protein Fitness Landscapes for Quantum Annealing Optimization
von: Hy, Truong-Son
Veröffentlicht: (2026)

Zero-Shot Learning with Subsequence Reordering Pretraining for Compound-Protein Interaction
von: Zhang, Hongzhi, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Repurposing Protein Language Models for Latent Flow-Based Fitness Optimization
von: Arroyo, Amaru Caceres, et al.
Veröffentlicht: (2026)