PROTOCOL: Late Interaction Retrieval for Protein Homolog Search
Fuente:
arXiv
Salvato in:
| Autori principali: | Cohn, Gabrielle, Gumaste, Rohan, Hoang, Minh, Lakshman, Vihan |
|---|---|
| Natura: | Preprint |
| Pubblicazione: |
2026
|
| Soggetti: | |
| Accesso online: | |
| Tags: |
Aggiungi Tag
Nessun Tag, puoi essere il primo ad aggiungerne!!
|
Documenti analoghi
Towards 3D Molecule-Text Interpretation in Language Models
di: Li, Sihang, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Li, Sihang, et al.
Pubblicazione: (2024)
Down with the Hierarchy: The 'H' in HNSW Stands for "Hubs"
di: Munyampirwa, Blaise, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Munyampirwa, Blaise, et al.
Pubblicazione: (2024)
When SMILES have Language: Drug Classification using Text Classification Methods on Drug SMILES Strings
di: Wasi, Azmine Toushik, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Wasi, Azmine Toushik, et al.
Pubblicazione: (2024)
CADGL: Context-Aware Deep Graph Learning for Predicting Drug-Drug Interactions
di: Wasi, Azmine Toushik, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Wasi, Azmine Toushik, et al.
Pubblicazione: (2024)
Breaking the Curse of Dimensionality: On the Stability of Modern Vector Retrieval
di: Lakshman, Vihan, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Lakshman, Vihan, et al.
Pubblicazione: (2025)
Exploring Drug Safety Through Knowledge Graphs: Protein Kinase Inhibitors as a Case Study
di: Jackson, David, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Jackson, David, et al.
Pubblicazione: (2026)
Molecular Graph Representation Learning Integrating Large Language Models with Domain-specific Small Models
di: Zhang, Tianyu, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Zhang, Tianyu, et al.
Pubblicazione: (2024)
DRAK: Unlocking Molecular Insights with Domain-Specific Retrieval-Augmented Knowledge in LLMs
di: Liu, Jinzhe, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Liu, Jinzhe, et al.
Pubblicazione: (2024)
Protriever: End-to-End Differentiable Protein Homology Search for Fitness Prediction
di: Weitzman, Ruben, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Weitzman, Ruben, et al.
Pubblicazione: (2025)
Efficiently Predicting Mutational Effect on Homologous Proteins by Evolution Encoding
di: Zhong, Zhiqiang, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Zhong, Zhiqiang, et al.
Pubblicazione: (2024)
Exploring Optimal Transport-Based Multi-Grained Alignments for Text-Molecule Retrieval
di: Min, Zijun, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Min, Zijun, et al.
Pubblicazione: (2024)
AMES: Approximate Multi-modal Enterprise Search via Late Interaction Retrieval
di: Joseph, Tony, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Joseph, Tony, et al.
Pubblicazione: (2026)
Spike Hijacking in Late-Interaction Retrieval
di: Suresh, Karthik, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Suresh, Karthik, et al.
Pubblicazione: (2026)
MAPE-PPI: Towards Effective and Efficient Protein-Protein Interaction Prediction via Microenvironment-Aware Protein Embedding
di: Wu, Lirong, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Wu, Lirong, et al.
Pubblicazione: (2024)
Exploiting Hierarchical Interactions for Protein Surface Learning
di: Lin, Yiqun, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Lin, Yiqun, et al.
Pubblicazione: (2024)
Hierarchical Multi-Label Contrastive Learning for Protein-Protein Interaction Prediction Across Organisms
di: Liu, Shiyi, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Liu, Shiyi, et al.
Pubblicazione: (2025)
ContactNet: Geometric-Based Deep Learning Model for Predicting Protein-Protein Interactions
di: Halfon, Matan, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Halfon, Matan, et al.
Pubblicazione: (2024)
Tree Search-Based Evolutionary Bandits for Protein Sequence Optimization
di: Qiu, Jiahao, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Qiu, Jiahao, et al.
Pubblicazione: (2024)
Beyond Simple Concatenation: Fairly Assessing PLM Architectures for Multi-Chain Protein-Protein Interactions Prediction
di: Alsamkary, Hazem, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Alsamkary, Hazem, et al.
Pubblicazione: (2025)
ProtIR: Iterative Refinement between Retrievers and Predictors for Protein Function Annotation
di: Zhang, Zuobai, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Zhang, Zuobai, et al.
Pubblicazione: (2024)
Mathematical Insights into Protein Architecture: Persistent Homology and Machine Learning Applied to the Flagellar Motor
di: Lamine, Zakaria, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Lamine, Zakaria, et al.
Pubblicazione: (2025)
Cross-Chirality Generalization by Axial Vectors for Hetero-Chiral Protein-Peptide Interaction Design
di: Yang, Ziyi, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Yang, Ziyi, et al.
Pubblicazione: (2026)
Large-Scale Multi-omic Biosequence Transformers for Modeling Protein-Nucleic Acid Interactions
di: Chen, Sully F., et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Chen, Sully F., et al.
Pubblicazione: (2024)
SIU: A Million-Scale Structural Small Molecule-Protein Interaction Dataset for Unbiased Bioactivity Prediction
di: Huang, Yanwen, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Huang, Yanwen, et al.
Pubblicazione: (2024)
ProLLM: Protein Chain-of-Thoughts Enhanced LLM for Protein-Protein Interaction Prediction
di: Jin, Mingyu, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Jin, Mingyu, et al.
Pubblicazione: (2024)
RosettaSearch: Multi-Objective Inference-Time Search for Protein Sequence Design
di: Kshirsagar, Meghana, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Kshirsagar, Meghana, et al.
Pubblicazione: (2026)
ProteinWeaver: A Divide-and-Assembly Approach for Protein Backbone Design
di: Ma, Yiming, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Ma, Yiming, et al.
Pubblicazione: (2024)
Open-Source Protein Language Models for Function Prediction and Protein Design
di: Pandi, Shivasankaran Vanaja, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Pandi, Shivasankaran Vanaja, et al.
Pubblicazione: (2024)
Adaptive Protein Tokenization
di: Dilip, Rohit, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Dilip, Rohit, et al.
Pubblicazione: (2026)
Rigid Protein-Protein Docking via Equivariant Elliptic-Paraboloid Interface Prediction
di: Yu, Ziyang, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Yu, Ziyang, et al.
Pubblicazione: (2024)
Steering Protein Language Models
di: Huang, Long-Kai, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Huang, Long-Kai, et al.
Pubblicazione: (2025)
Generative Active Learning for the Search of Small-molecule Protein Binders
di: Korablyov, Maksym, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Korablyov, Maksym, et al.
Pubblicazione: (2024)
Mechanisms of AI Protein Folding in ESMFold
di: Lu, Kevin, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Lu, Kevin, et al.
Pubblicazione: (2026)
Structure-Informed Protein Language Model
di: Zhang, Zuobai, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Zhang, Zuobai, et al.
Pubblicazione: (2024)
Flow Autoencoders are Effective Protein Tokenizers
di: Dilip, Rohit, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Dilip, Rohit, et al.
Pubblicazione: (2025)
Energy Efficient Protein Language Models: Leveraging Small Language Models with LoRA for Controllable Protein Generation
di: Shah, Aayush, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Shah, Aayush, et al.
Pubblicazione: (2024)
ODBO: Bayesian Optimization with Search Space Prescreening for Directed Protein Evolution
di: Cheng, Lixue, et al.
Pubblicazione: (2022)
di: Cheng, Lixue, et al.
Pubblicazione: (2022)
PUFFIN: Protein Unit Discovery with Functional Supervision
di: Uludoğan, Gökçe, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Uludoğan, Gökçe, et al.
Pubblicazione: (2026)
Deep Learning for Protein Complex Prediction and Design
di: Xie, Ziwei
Pubblicazione: (2026)
di: Xie, Ziwei
Pubblicazione: (2026)
Peptide Sequencing Via Protein Language Models
di: Pham, Thuong Le Hoai, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Pham, Thuong Le Hoai, et al.
Pubblicazione: (2024)
Documenti analoghi
-
Towards 3D Molecule-Text Interpretation in Language Models
di: Li, Sihang, et al.
Pubblicazione: (2024) -
Down with the Hierarchy: The 'H' in HNSW Stands for "Hubs"
di: Munyampirwa, Blaise, et al.
Pubblicazione: (2024) -
When SMILES have Language: Drug Classification using Text Classification Methods on Drug SMILES Strings
di: Wasi, Azmine Toushik, et al.
Pubblicazione: (2024) -
CADGL: Context-Aware Deep Graph Learning for Predicting Drug-Drug Interactions
di: Wasi, Azmine Toushik, et al.
Pubblicazione: (2024) -
Breaking the Curse of Dimensionality: On the Stability of Modern Vector Retrieval
di: Lakshman, Vihan, et al.
Pubblicazione: (2025)