Probe Before You Edit: Probing-Guided Molecular Optimization for LLM Agents in Structure-Based Drug Design
Fuente:
arXiv
Gespeichert in:
| Hauptverfasser: | Yang, Zaifei, Chen, Weiyu, Wang, Yaqing, Kwok, James |
|---|---|
| Format: | Preprint |
| Veröffentlicht: |
2026
|
| Schlagworte: | |
| Online-Zugang: | |
| Tags: |
Tag hinzufügen
Keine Tags, Fügen Sie den ersten Tag hinzu!
|
Ähnliche Einträge
KnowMol: Advancing Molecular Large Language Models with Multi-Level Chemical Knowledge
von: Yang, Zaifei, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Yang, Zaifei, et al.
Veröffentlicht: (2025)
DrugPilot: LLM-based Parameterized Reasoning Agent for Drug Discovery
von: Li, Kun, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Li, Kun, et al.
Veröffentlicht: (2025)
FROGENT: An End-to-End Full-process Drug Design Multi-Agent System
von: Pan, Qihua, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Pan, Qihua, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Empower Structure-Based Molecule Optimization with Gradient Guided Bayesian Flow Networks
von: Qiu, Keyue, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Qiu, Keyue, et al.
Veröffentlicht: (2024)
AutoBinder Agent: An MCP-Based Agent for End-to-End Protein Binder Design
von: Ge, Fukang, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Ge, Fukang, et al.
Veröffentlicht: (2026)
A Generalist Cross-Domain Molecular Learning Framework for Structure-Based Drug Discovery
von: Zhu, Yiheng, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Zhu, Yiheng, et al.
Veröffentlicht: (2025)
SEISMO: Increasing Sample Efficiency in Molecular Optimization with a Trajectory-Aware LLM Agent
von: Krüger, Fabian P., et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Krüger, Fabian P., et al.
Veröffentlicht: (2026)
Piloting Structure-Based Drug Design via Modality-Specific Optimal Schedule
von: Qiu, Keyue, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Qiu, Keyue, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Collaborative Expert LLMs Guided Multi-Objective Molecular Optimization
von: Yu, Jiajun, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Yu, Jiajun, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Ligand-Conditioned Discrete Diffusion for Protein Sequence-Structure Co-Design
von: Wei, Chen, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Wei, Chen, et al.
Veröffentlicht: (2026)
Fragment-Masked Diffusion for Molecular Optimization
von: Li, Kun, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Li, Kun, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Hierarchical Structure Enhances the Convergence and Generalizability of Linear Molecular Representation
von: Wu, Juan-Ni, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Wu, Juan-Ni, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Conditioned Generative Modeling of Molecular Glues: A Realistic AI Approach for Synthesizable Drug-like Molecules
von: Islam, Naeyma N., et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Islam, Naeyma N., et al.
Veröffentlicht: (2026)
Conditional Latent Space Molecular Scaffold Optimization for Accelerated Molecular Design
von: Boyar, Onur, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Boyar, Onur, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Addressing Model Overcomplexity in Drug-Drug Interaction Prediction With Molecular Fingerprints
von: Gil-Sorribes, Manel, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Gil-Sorribes, Manel, et al.
Veröffentlicht: (2025)
CONFIDE: Hallucination Assessment for Reliable Biomolecular Structure Prediction and Design
von: Gao, Zijun, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Gao, Zijun, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Deep Lead Optimization: Leveraging Generative AI for Structural Modification
von: Zhang, Odin, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Zhang, Odin, et al.
Veröffentlicht: (2024)
A Hybrid Computational Intelligence Framework with Metaheuristic Optimization for Drug-Drug Interaction Prediction
von: Shamami, Maryam Abdollahi, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Shamami, Maryam Abdollahi, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Manifold-Constrained Nucleus-Level Denoising Diffusion Model for Structure-Based Drug Design
von: Liu, Shengchao, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Liu, Shengchao, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Mitigating Exposure Bias in Score-Based Generation of Molecular Conformations
von: Wang, Sijia, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Wang, Sijia, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Molecular Generative Adversarial Network with Multi-Property Optimization
von: Tang, Huidong, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Tang, Huidong, et al.
Veröffentlicht: (2024)
STELLA: Self-Evolving LLM Agent for Biomedical Research
von: Jin, Ruofan, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Jin, Ruofan, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Improving Protein Sequence Design through Designability Preference Optimization
von: Xue, Fanglei, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Xue, Fanglei, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Structure-Aware Contrastive Learning with Fine-Grained Binding Representations for Drug Discovery
von: Lan, Jing, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Lan, Jing, et al.
Veröffentlicht: (2025)
CovDocker: Benchmarking Covalent Drug Design with Tasks, Datasets, and Solutions
von: Peng, Yangzhe, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Peng, Yangzhe, et al.
Veröffentlicht: (2025)
PharmAgents: Building a Virtual Pharma with Large Language Model Agents
von: Gao, Bowen, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Gao, Bowen, et al.
Veröffentlicht: (2025)
InstructMol: Multi-Modal Integration for Building a Versatile and Reliable Molecular Assistant in Drug Discovery
von: Cao, He, et al.
Veröffentlicht: (2023)
von: Cao, He, et al.
Veröffentlicht: (2023)
Advanced Deep Learning Methods for Protein Structure Prediction and Design
von: Zhang, Yichao, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Zhang, Yichao, et al.
Veröffentlicht: (2025)
MuCO: Generative Peptide Cyclization Empowered by Multi-stage Conformation Optimization
von: Wang, Yitian, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Wang, Yitian, et al.
Veröffentlicht: (2026)
Pharmacology Knowledge Graphs: Do We Need Chemical Structure for Drug Repurposing?
von: Abo-Dahab, Youssef, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Abo-Dahab, Youssef, et al.
Veröffentlicht: (2026)
Customized Subgraph Selection and Encoding for Drug-drug Interaction Prediction
von: Du, Haotong, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Du, Haotong, et al.
Veröffentlicht: (2024)
ProtTeX: Structure-In-Context Reasoning and Editing of Proteins with Large Language Models
von: Ma, Zicheng, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Ma, Zicheng, et al.
Veröffentlicht: (2025)
DDIPrompt: Drug-Drug Interaction Event Prediction based on Graph Prompt Learning
von: Wang, Yingying, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Wang, Yingying, et al.
Veröffentlicht: (2024)
NS-Pep: De novo Peptide Design with Non-Standard Amino Acids
von: Guo, Tao, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Guo, Tao, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Flows, straight but not so fast: Exploring the design space of Rectified Flows in Protein Design
von: Chen, Junhua, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Chen, Junhua, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Bridging Quantum and Classical Computing in Drug Design: Architecture Principles for Improved Molecule Generation
von: Smith, Andrew, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Smith, Andrew, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Reading the Cell, Designing the Cure: Perturbation-Conditioned Molecular Diffusion for Function-Oriented Drug Design
von: Xu, Ziyu, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Xu, Ziyu, et al.
Veröffentlicht: (2026)
HelixFold-Multimer: Elevating Protein Complex Structure Prediction to New Heights
von: Fang, Xiaomin, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Fang, Xiaomin, et al.
Veröffentlicht: (2024)
HelixDesign-Antibody: A Scalable Production-Grade Platform for Antibody Design Built on HelixFold3
von: Gao, Jie, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Gao, Jie, et al.
Veröffentlicht: (2025)
MolTextNet: A Two-Million Molecule-Text Dataset for Multimodal Molecular Learning
von: Zhu, Yihan, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Zhu, Yihan, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Ähnliche Einträge
-
KnowMol: Advancing Molecular Large Language Models with Multi-Level Chemical Knowledge
von: Yang, Zaifei, et al.
Veröffentlicht: (2025) -
DrugPilot: LLM-based Parameterized Reasoning Agent for Drug Discovery
von: Li, Kun, et al.
Veröffentlicht: (2025) -
FROGENT: An End-to-End Full-process Drug Design Multi-Agent System
von: Pan, Qihua, et al.
Veröffentlicht: (2025) -
Empower Structure-Based Molecule Optimization with Gradient Guided Bayesian Flow Networks
von: Qiu, Keyue, et al.
Veröffentlicht: (2024) -
AutoBinder Agent: An MCP-Based Agent for End-to-End Protein Binder Design
von: Ge, Fukang, et al.
Veröffentlicht: (2026)