Prior-Guided Multi-Omic Transformers for Single-Cell Gene Regulatory Network Inference
Fuente:
arXiv
Enregistré dans:
| Auteurs principaux: | Xu, Tianyang, Liu, Tianci, Rayamajhi, Niraj, Patrick, Ryan, Varala, Kranthi, Li, Ying, Gao, Jing |
|---|---|
| Format: | Preprint |
| Publié: |
2026
|
| Sujets: | |
| Accès en ligne: | |
| Tags: |
Ajouter un tag
Pas de tags, Soyez le premier à ajouter un tag!
|
Documents similaires
Gene Regulatory Network Inference from Pre-trained Single-Cell Transcriptomics Transformer with Joint Graph Learning
par: Kommu, Sindhura, et autres
Publié: (2024)
par: Kommu, Sindhura, et autres
Publié: (2024)
Integrating Prior Knowledge Using Transformer for Gene Regulatory Network Inference
par: Guangzheng Weng, et autres
Publié: (2024)
par: Guangzheng Weng, et autres
Publié: (2024)
InfoSEM: A Deep Generative Model with Informative Priors for Gene Regulatory Network Inference
par: Cui, Tianyu, et autres
Publié: (2025)
par: Cui, Tianyu, et autres
Publié: (2025)
Gene Regulatory Network Inference in the Presence of Selection Bias and Latent Confounders
par: Luo, Gongxu, et autres
Publié: (2025)
par: Luo, Gongxu, et autres
Publié: (2025)
Towards Universal Gene Regulatory Network Inference: Unlocking Generalizable Regulatory Knowledge in Single-cell Foundation Models
par: Qi, Jiaxin, et autres
Publié: (2026)
par: Qi, Jiaxin, et autres
Publié: (2026)
A Novel Graph Transformer Framework for Gene Regulatory Network Inference
par: Teji, Binon, et autres
Publié: (2025)
par: Teji, Binon, et autres
Publié: (2025)
KINDLE: Knowledge-Guided Distillation for Prior-Free Gene Regulatory Network Inference
par: Peng, Rui, et autres
Publié: (2025)
par: Peng, Rui, et autres
Publié: (2025)
Machine Learning Methods for Gene Regulatory Network Inference
par: Hegde, Akshata, et autres
Publié: (2025)
par: Hegde, Akshata, et autres
Publié: (2025)
Regulatory Graphs and GenAI for Real-Time Transaction Monitoring and Compliance Explanation in Banking
par: Khanvilkar, Kunal, et autres
Publié: (2025)
par: Khanvilkar, Kunal, et autres
Publié: (2025)
Multi-Omics Analysis for Cancer Subtype Inference via Unrolling Graph Smoothness Priors
par: Lu, Jielong, et autres
Publié: (2025)
par: Lu, Jielong, et autres
Publié: (2025)
Gene Regulatory Network Inference in the Presence of Dropouts: a Causal View
par: Dai, Haoyue, et autres
Publié: (2024)
par: Dai, Haoyue, et autres
Publié: (2024)
Tensor Network based Gene Regulatory Network Inference for Single-Cell Transcriptomic Data
par: Larrarte, Olatz Sanz, et autres
Publié: (2025)
par: Larrarte, Olatz Sanz, et autres
Publié: (2025)
TRENDY: Gene Regulatory Network Inference Enhanced by Transformer
par: Tian, Xueying, et autres
Publié: (2024)
par: Tian, Xueying, et autres
Publié: (2024)
GRNFormer: A Biologically-Guided Framework for Integrating Gene Regulatory Networks into RNA Foundation Models
par: Qiu, Mufan, et autres
Publié: (2025)
par: Qiu, Mufan, et autres
Publié: (2025)
Domain Generalization Guided by Large-Scale Pre-Trained Priors
par: Wang, Zongbin, et autres
Publié: (2024)
par: Wang, Zongbin, et autres
Publié: (2024)
Supervised Graph Contrastive Learning for Gene Regulatory Networks
par: Oshima, Sho, et autres
Publié: (2025)
par: Oshima, Sho, et autres
Publié: (2025)
Trajectory Inference for Single Cell Omics
par: Hutton, Alexandre, et autres
Publié: (2025)
par: Hutton, Alexandre, et autres
Publié: (2025)
PriorGuide: Test-Time Prior Adaptation for Simulation-Based Inference
par: Yang, Yang, et autres
Publié: (2025)
par: Yang, Yang, et autres
Publié: (2025)
Subset-Contrastive Multi-Omics Network Embedding
par: Avelar, Pedro Henrique da Costa, et autres
Publié: (2025)
par: Avelar, Pedro Henrique da Costa, et autres
Publié: (2025)
When Does Gene Regulatory Network Inference Break? A Controlled Diagnostic Study of Causal and Correlational Methods on Single-Cell Data
par: Fernandez-de-Retana, Miguel, et autres
Publié: (2026)
par: Fernandez-de-Retana, Miguel, et autres
Publié: (2026)
Can Class-Priors Help Single-Positive Multi-Label Learning?
par: Liu, Biao, et autres
Publié: (2023)
par: Liu, Biao, et autres
Publié: (2023)
Transforming Multi-Omics Integration with GANs: Applications in Alzheimer's and Cancer
par: Reza, Md Selim, et autres
Publié: (2025)
par: Reza, Md Selim, et autres
Publié: (2025)
CellPolaris: Transfer Learning for Gene Regulatory Network Construction to Guide Cell State Transitions
par: Guihai Feng, et autres
Publié: (2026)
par: Guihai Feng, et autres
Publié: (2026)
Uncertainty-Aware Transformers: Conformal Prediction for Language Models
par: Vellore, Abhiram, et autres
Publié: (2026)
par: Vellore, Abhiram, et autres
Publié: (2026)
Deciphering the Regulatory Networks of the Migrasome‐Associated Cell Subpopulation in Heterotopic Ossification via Multi‐Omics Analysis
par: Guanzhi Li, et autres
Publié: (2025)
par: Guanzhi Li, et autres
Publié: (2025)
Kolmogorov-Arnold Network for Gene Regulatory Network Inference
par: Tong, Tsz Pan, et autres
Publié: (2025)
par: Tong, Tsz Pan, et autres
Publié: (2025)
scMamba: A Scalable Foundation Model for Single-Cell Multi-Omics Integration Beyond Highly Variable Feature Selection
par: Yuan, Zhen, et autres
Publié: (2025)
par: Yuan, Zhen, et autres
Publié: (2025)
Accident-Driven Congestion Prediction and Simulation: An Explainable Framework Using Advanced Clustering and Bayesian Networks
par: Talluri, Kranthi Kumar, et autres
Publié: (2025)
par: Talluri, Kranthi Kumar, et autres
Publié: (2025)
LIDAO: Towards Limited Interventions for Debiasing (Large) Language Models
par: Liu, Tianci, et autres
Publié: (2024)
par: Liu, Tianci, et autres
Publié: (2024)
MLOmics: Cancer Multi-Omics Database for Machine Learning
par: Yang, Ziwei, et autres
Publié: (2024)
par: Yang, Ziwei, et autres
Publié: (2024)
Amortising Inference and Meta-Learning Priors in Neural Networks
par: Rochussen, Tommy, et autres
Publié: (2026)
par: Rochussen, Tommy, et autres
Publié: (2026)
METRIK: Measurement-Efficient Randomized Controlled Trials using Transformers with Input Masking
par: Lala, Sayeri, et autres
Publié: (2024)
par: Lala, Sayeri, et autres
Publié: (2024)
Learning Interpretable Differentiable Logic Networks
par: Yue, Chang, et autres
Publié: (2024)
par: Yue, Chang, et autres
Publié: (2024)
Quantifying Ranking Instability Across Evaluation Protocol Axes in Gene Regulatory Network Benchmarking
par: Kendiukhov, Ihor
Publié: (2026)
par: Kendiukhov, Ihor
Publié: (2026)
Distribution Transformers: Fast Approximate Bayesian Inference With On-The-Fly Prior Adaptation
par: Whittle, George, et autres
Publié: (2025)
par: Whittle, George, et autres
Publié: (2025)
Gene Incremental Learning for Single-Cell Transcriptomics
par: Qi, Jiaxin, et autres
Publié: (2025)
par: Qi, Jiaxin, et autres
Publié: (2025)
Cross-Attention Graph Neural Networks for Inferring Gene Regulatory Networks with Skewed Degree Distribution
par: Xiong, Jiaqi, et autres
Publié: (2024)
par: Xiong, Jiaqi, et autres
Publié: (2024)
Single-Cell Omics Arena: A Benchmark Study for Large Language Models on Cell Type Annotation Using Single-Cell Data
par: Liu, Junhao, et autres
Publié: (2024)
par: Liu, Junhao, et autres
Publié: (2024)
Learning Interpretable Differentiable Logic Networks for Tabular Regression
par: Yue, Chang, et autres
Publié: (2025)
par: Yue, Chang, et autres
Publié: (2025)
xTrimoGene: An Efficient and Scalable Representation Learner for Single-Cell RNA-Seq Data
par: Gong, Jing, et autres
Publié: (2023)
par: Gong, Jing, et autres
Publié: (2023)
Documents similaires
-
Gene Regulatory Network Inference from Pre-trained Single-Cell Transcriptomics Transformer with Joint Graph Learning
par: Kommu, Sindhura, et autres
Publié: (2024) -
Integrating Prior Knowledge Using Transformer for Gene Regulatory Network Inference
par: Guangzheng Weng, et autres
Publié: (2024) -
InfoSEM: A Deep Generative Model with Informative Priors for Gene Regulatory Network Inference
par: Cui, Tianyu, et autres
Publié: (2025) -
Gene Regulatory Network Inference in the Presence of Selection Bias and Latent Confounders
par: Luo, Gongxu, et autres
Publié: (2025) -
Towards Universal Gene Regulatory Network Inference: Unlocking Generalizable Regulatory Knowledge in Single-cell Foundation Models
par: Qi, Jiaxin, et autres
Publié: (2026)