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| Autore principale: | |
|---|---|
| Natura: | Artículo científico |
| Lingua: | es |
| Pubblicazione: |
Universidad Nacional de Colombia
2007
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| Soggetti: | |
| Accesso online: | https://www.redalyc.org/articulo.oa?id=319028602005 |
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Sommario:
- DISEÑO DE OLIGONUCLEÓTIDOS PARA EL ESTUDIO DE GENES CELULOLÍTICOS Y SOLVENTOGÉNICOS EN CEPAS COLOMBIANAS DE Clostridium sp. (CLOSTRIDIACEAE) JOSÉ DAVID MONTOYA SOLANO ZULMA ROCÍO SUÁREZ MORENO DIEGO MAURICIO RIAÑO PACHÓN DOLLY MONTOYA CASTAÑO FABIO ANCÍZAR ARISTIZÁBAL GUTIÉRREZ Biología Microarreglos Clostridium sp Bioinformática Sondas de oligonucleótidos El objetivo de este estudio fue analizar las rutas metabólicas para la producción de solventes y degradación de celulosa en cepas colombianas promisorias del género Clostridium. Para ello se diseñaron sondas de hibridación que sirvieran para posteriores estudios de mejoramiento genético de las cepas. Se construyó la base de datos denomi- nada MULTI-CLOST en Microsoft Access® con las secuencias de 485 genes involucra- dos en las rutas metabólicas arriba mencionadas, provenientes de 45 especies bacteria- nas y 10 especies fúngicas. Los genes fueron agrupados de acuerdo al tipo de enzima y a los dominios catalíticos o de unión a sustrato en el caso de las celulasas. Cada grupo se sometió a alineamiento múltiple en ClustalW 1.83 y con base en los resultados se crearon subgrupos de similitud mayor al 50%. Se localizaron secuencias conservadas de longitud mayor a 19 nucleótidos en GeneDoc 2.6.002 y sus valores termodinámicos fueron estimados con GeneRunner v3.05, mientras que la sensibilidad y especificidad fue verificada por búsquedas en GenBank usando BLASTN 2.2.8. En total se obtuvieron 94 secuencias conservadas con las siguientes características: longitud promedio de 24nucleótidos, Tm promedio de 65,8 oC y contenido de (G+C) entre 14,3 y 60,0%. Sedeterminó que ninguna de las sondas diseñadas forma estructuras secundarias establescon Tm superior a 36,1 oC. De acuerdo a sus características y valores termodinámicos,todas las sondas podrían ser utilizadas en la construcción de un microarreglo o en reac-ciones de PCR para la identificación de regiones relevantes en el mejoramiento del pro-ceso por ingeniería metabólica. 2007 artículo científico 0120-548X https://www.redalyc.org/articulo.oa?id=319028602005 es http://www.redalyc.org/revista.oa?id=3190 Acta Biológica Colombiana application/pdf Universidad Nacional de Colombia Acta Biológica Colombiana (Colombia) Vol.12