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EFECTO DEL FILTRADO DE SECUENCIAS EN EL ENSAMBLADO DEL GENOMA DE Bacillus altitudinis 19RS3 AISLADO DE Ilex paraguariensis

Fuente: Redalyc

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Main Author:	Ileana Julieta Cortese
Format:	Artículo científico
Language:	es
Published:	Universidad Nacional de Colombia 2021
Subjects:	Biología control de calidad genomas bacterianos Análisis de secuencias biología computacional
Online Access:	Acceder al recurso
Tags:	Add Tag No Tags, Be the first to tag this record!

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author	Ileana Julieta Cortese
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contents	EFECTO DEL FILTRADO DE SECUENCIAS EN EL ENSAMBLADO DEL GENOMA DE Bacillus altitudinis 19RS3 AISLADO DE Ilex paraguariensis Ileana Julieta Cortese María Lorena Castrillo Pedro Dario Zapata Margarita Ester Laczeski Biología control de calidad genomas bacterianos Análisis de secuencias biología computacional El filtrado de secuencias es un paso esencial sin importar el tipo de tecnología aplicada para la secuenciación de un genoma, en el cual las lecturas de baja calidad o una parte son eliminadas. En un ensamblado la construcción de un genoma se realiza a partir de la unión de lecturas cortas en cóntigos. Algunos ensambladores miden la relación que existe entre secuencias de una longitud fija (k-mer) que puede verse afectada por la presencia de secuencias de baja calidad. Un enfoque común para evaluar los ensamblados se basa en el análisis del número de cóntigos, la longitud del cóntigo más largo y el valor del N50, definido como la longitud del cóntigo que representa el 50 % de la longitud del conjunto. En este contexto, el presente estudio tuvo como objetivo evaluar el efecto del uso de lecturas crudas y filtradas en los valores de los parámetros de calidad obtenidos en el ensamblado del genoma de Bacillus altitudinis 19RS3 aislada de Ilex paraguariensis. Se realizó el análisis de calidad de ambos archivos de partida con el software FastqC y se filtraron las lecturas con el software Trimmomatic. Para el ensamblado se utilizó el software SPAdes y para su evaluación la herramienta QUAST. El mejor ensamblado para B. altitudinis 19RS3 se obtuvo a partir de las lecturas filtradas con el valor de k-mer 79, que generó 16 cóntigos mayores a 500 pb con un N50 de 931 914 pb y el cóntigo más largo de 966 271 pb. 2021 artículo científico 0120-548X https://www.redalyc.org/articulo.oa?id=319079761003 es http://www.redalyc.org/revista.oa?id=3190 Acta Biológica Colombiana application/pdf Universidad Nacional de Colombia Acta Biológica Colombiana (Colombia) Num.2 Vol.26
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