Suffix Array Performance Analysis for Multi-Core Platforms
Fuente:
Redalyc
Salvato in:
| Autore principale: | |
|---|---|
| Natura: | Artículo científico |
| Lingua: | en |
| Pubblicazione: |
Instituto Politécnico Nacional
2013
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| Soggetti: | |
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| _version_ | 1876450270347526144 |
|---|---|
| author | Verónica Gil-Costa |
| author_facet | Verónica Gil-Costa |
| contents | Suffix Array Performance Analysis for Multi-Core Platforms Verónica Gil-Costa Cesar Ochoa A. Marcela Printista Computación core Multi suffix array Performance analysis helps to understand how a particular invocation of an algorithm executes. Using the information provided by specific tools like the profiler tool Perf or the Performance Application Programming Interface (PAPI), the performance analysis process provides a bridging relationship between the algorithm execution and processor events according to the metrics defined by the developer. It is also useful to find performance limitations which depend exclusively on the code. Furthermore, to change an algorithm in order to optimize the code requires more than understanding of the obtained performance. It requires understanding the problem being solved. In this work we evaluate the performance achieved by a suffix array over a 32-core platform. Suffix arrays are efficient data structures for solving complex queries in a number of applications related to text databases, for instance, biological databases. We perform experiments to evaluate hardware features directly aimed to parallelize computation. Moreover, according to the results obtained by the performance evaluation tools, we propose an optimization technique to improve the use of the cache memory. In particular, we aim to reduce the number of cache memory replacement performed each time a new query is processed. el desarrollador. También es útil para encontrar las limitaciones del rendimiento del algoritmo, las cuales dependen del código. Además, para modificar un algoritmo de forma tal de optimizar el código, es necesario no sólo entender el rendimiento obtenido, sino que requiere entender el problema que se quiere resolver. En este trabajo, evaluamos el rendimiento obtenido por el arreglo de sufijos en un procesador de 32 cores. Los arreglos de sufijos son estructuras de datos eficientes para resolver consultas complejas en aplicaciones relacionadas con bases de datos textuales, por ejemplo bases de datos biológicas. Ejecutamos experimentos para evaluar las características del hardware con el objetivo de mejorar el cómputo paralelo. Además, de acuerdo a los resultados obtenidos a través de las herramientas de evaluación de performance, proponemos una técnica de optimización para mejorar el uso de la memoria cache. En particular, nuestro objetivo es reducir el número de reemplazos realizados en las memorias caches. 2013 artículo científico 1405-5546 https://www.redalyc.org/articulo.oa?id=61528316010 en http://www.redalyc.org/revista.oa?id=615 Computación y Sistemas application/pdf Instituto Politécnico Nacional Computación y Sistemas (México) Num.3 Vol.17 |
| format | Artículo científico |
| id | redalyc_61528316010 |
| institution | Redalyc |
| language | en |
| publishDate | 2013 |
| publisher | Instituto Politécnico Nacional |
| spellingShingle | Suffix Array Performance Analysis for Multi-Core Platforms Verónica Gil-Costa Computación core Multi suffix array Suffix Array Performance Analysis for Multi-Core Platforms Verónica Gil-Costa Cesar Ochoa A. Marcela Printista Computación core Multi suffix array Performance analysis helps to understand how a particular invocation of an algorithm executes. Using the information provided by specific tools like the profiler tool Perf or the Performance Application Programming Interface (PAPI), the performance analysis process provides a bridging relationship between the algorithm execution and processor events according to the metrics defined by the developer. It is also useful to find performance limitations which depend exclusively on the code. Furthermore, to change an algorithm in order to optimize the code requires more than understanding of the obtained performance. It requires understanding the problem being solved. In this work we evaluate the performance achieved by a suffix array over a 32-core platform. Suffix arrays are efficient data structures for solving complex queries in a number of applications related to text databases, for instance, biological databases. We perform experiments to evaluate hardware features directly aimed to parallelize computation. Moreover, according to the results obtained by the performance evaluation tools, we propose an optimization technique to improve the use of the cache memory. In particular, we aim to reduce the number of cache memory replacement performed each time a new query is processed. el desarrollador. También es útil para encontrar las limitaciones del rendimiento del algoritmo, las cuales dependen del código. Además, para modificar un algoritmo de forma tal de optimizar el código, es necesario no sólo entender el rendimiento obtenido, sino que requiere entender el problema que se quiere resolver. En este trabajo, evaluamos el rendimiento obtenido por el arreglo de sufijos en un procesador de 32 cores. Los arreglos de sufijos son estructuras de datos eficientes para resolver consultas complejas en aplicaciones relacionadas con bases de datos textuales, por ejemplo bases de datos biológicas. Ejecutamos experimentos para evaluar las características del hardware con el objetivo de mejorar el cómputo paralelo. Además, de acuerdo a los resultados obtenidos a través de las herramientas de evaluación de performance, proponemos una técnica de optimización para mejorar el uso de la memoria cache. En particular, nuestro objetivo es reducir el número de reemplazos realizados en las memorias caches. 2013 artículo científico 1405-5546 https://www.redalyc.org/articulo.oa?id=61528316010 en http://www.redalyc.org/revista.oa?id=615 Computación y Sistemas application/pdf Instituto Politécnico Nacional Computación y Sistemas (México) Num.3 Vol.17 |
| title | Suffix Array Performance Analysis for Multi-Core Platforms |
| topic | Computación core Multi suffix array |
| url | https://www.redalyc.org/articulo.oa?id=61528316010 |