Cuantificación de la expresión del gen amo-A en poblaciones bacterianas y archaeales presentes en muestras de suelos de un lote arrocero caracterizado por ambientes
Fuente:
Redalyc
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| Autore principale: | |
|---|---|
| Natura: | Artículo científico |
| Lingua: | es |
| Pubblicazione: |
Universidad Nacional de Colombia
2023
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| Soggetti: | |
| Accesso online: | |
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| _version_ | 1876460238006124544 |
|---|---|
| author | Andres Felipe Palacio Castellanos |
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| contents | Cuantificación de la expresión del gen amo-A en poblaciones bacterianas y archaeales presentes en muestras de suelos de un lote arrocero caracterizado por ambientes Andres Felipe Palacio Castellanos Yamile Mora León Johan Steven Alcántara Cortes Ibonne Aydee García Romero Celsa García Dominguez Carolina Isabel Cuellar Cuestas Olga Lucia Higuera Fabio Ancizar Aristizábal Gutierrez Biología RT qPCR dPCR Nitrificación transcriptómica El ciclo del nitrógeno representa uno de los procesos biogeoquímicos más importantes para los ecosistemas terrestres y acuáticos. Las comunidades microbianas desempeñan un papel crucial en los procesos de transformación del nitrógeno en el suelo, ya que participan en diversas etapas como la nitrificación, de gran importancia para la producción agrícola. Dentro de los marcadores moleculares más utilizados para evaluar la actividad de poblaciones microbianas oxidantes de amonio se han considerado ampliamente los genes que codifican enzimas claves como la subunidad A de la actividad amonio monooxigenasa (AMO). Sin embargo, no se comprende completamente si la expresión de esta enzima tiene relación directa con el rendimiento de los cultivos. En este contexto, se evaluó la expresión del gen amo-A de comunidades bacterianas y archaeales presentes en un lote arrocero previamente caracterizado por ambientes. Para cuantificar la abundancia de arqueas y bacterias oxidantes de amonio, (AOA y AOB, respectivamente) se emplearon las técnicas de PCR en tiempo real (RT-qPCR) y PCR digital (RT-dPCR). En este trabajo se encontró a través del análisis de datos metagenómicos que hubo una mayor presencia de AOB en las muestras de suelo rizosférico mientras que las AOA fueron predominantes en las muestras de suelo de soporte “bulk”, sin embargo, no se detectó la expresión del gen amo-A asociada a la comunidad de bacterias en las muestras de suelo analizadas. Por otra parte, no se presentaron diferencias entre los transcritos del gen amo-A asociados a la comunidad de AOA de los ambientes caracterizados. Además, la expresión de transcritos no estuvo relacionada con alguna de las propiedades químicas evaluadas. Finalmente, las estrategias de cuantificación para RT-qPCR (plásmido y templete) resultaron ser homólogas y funcionales para identificar la expresión del gen amo-A de AOA, mientras que la técnica de RT-dPCR fue más precisa para el análisis de la comunidad de AOB y AOA. 2023 artículo científico 0123-3475 https://www.redalyc.org/articulo.oa?id=77677359003 https://www.redalyc.org/journal/776/77677359003/ https://www.redalyc.org/journal/776/77677359003/html/ https://www.redalyc.org/journal/776/77677359003/77677359003.epub https://www.redalyc.org/journal/776/77677359003/movil https://doi.org/10.15446/rev.colomb.biote.v25n2.110118 es http://www.redalyc.org/revista.oa?id=776 Revista Colombiana de Biotecnología application/pdf Universidad Nacional de Colombia Revista Colombiana de Biotecnología (Colombia) Num.2 Vol.XXV |
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| institution | Redalyc |
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| publishDate | 2023 |
| publisher | Universidad Nacional de Colombia |
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| topic | Biología RT qPCR dPCR Nitrificación transcriptómica |
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