Examining evolutionary scale modeling‐derived different‐dimensional embeddings in the antimicrobial peptide classification through a KNIME workflow
Fuente:
Wiley Open Access
Salvato in:
| Autori principali: | Karla L. Martínez‐Mauricio, César R. García‐Jacas, Greneter Cordoves‐Delgado |
|---|---|
| Natura: | Artículo Open Access |
| Pubblicazione: |
Wiley
2024
|
| Soggetti: | |
| Accesso online: | |
| Tags: |
Aggiungi Tag
Nessun Tag, puoi essere il primo ad aggiungerne!!
|
Documenti analoghi
Mining the UniProtKB /Swiss‐Prot database for antimicrobial peptides
di: Chenkai Li, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Chenkai Li, et al.
Pubblicazione: (2025)
De novo synthetic antimicrobial peptide design with a recurrent neural network
di: Chenkai Li, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Chenkai Li, et al.
Pubblicazione: (2024)
Amphipathic N-terminal helices drive MLKL-mediated necroptosis through an antimicrobial peptide-like mechanism across evolution.
di: Tian, Xin, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Tian, Xin, et al.
Pubblicazione: (2026)
Algoritmos basados en descriptores a nivel de aminoácidos y estructuras terciarias predichas para predecir péptidos antimicrobianos mediante aprendizaje de grafos
di: Greneter Cordoves Delgado
Pubblicazione: (2024)
di: Greneter Cordoves Delgado
Pubblicazione: (2024)
A large‐scale evolutionary and structural analysis of CLC channels and transporters
di: Ayush Mishra, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Ayush Mishra, et al.
Pubblicazione: (2025)
Structural adaptability and surface activity of peptides derived from tardigrade proteins
di: Giulia Giubertoni, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Giulia Giubertoni, et al.
Pubblicazione: (2024)
Plant‐derived bioactive peptides: A comprehensive review
di: Deepak Kadam, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Deepak Kadam, et al.
Pubblicazione: (2024)
GRU4ACE: Enhancing ACE inhibitory peptide prediction by integrating gated recurrent unit with multi‐source feature embeddings
di: Saeed Ahmed, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Saeed Ahmed, et al.
Pubblicazione: (2025)
A large language model for predicting neurotoxic peptides and neurotoxins
di: Anand Singh Rathore, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Anand Singh Rathore, et al.
Pubblicazione: (2025)
Phosphorylation of peptides by a kinase domain in cyanobactin pathways.
di: Castelo-Branco, Raquel, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Castelo-Branco, Raquel, et al.
Pubblicazione: (2025)
The structure of the Vibrio natriegens 70S ribosome in complex with the proline-rich antimicrobial peptide Bac5(1-17).
di: Raulf, Karoline, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Raulf, Karoline, et al.
Pubblicazione: (2025)
Cis ‐ nonProline peptides: Genuine occurrences and their functional roles
di: Jane S. Richardson, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Jane S. Richardson, et al.
Pubblicazione: (2025)
Accurate affinity models for SH2 domains from peptide binding assays and free‐energy regression
di: Dejan Gagoski, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Dejan Gagoski, et al.
Pubblicazione: (2025)
Novel antimicrobial peptides derived from ribosomal protein L39 of large yellow croaker (Larimichthys crocea): promising therapeutic agents for controlling bacterial infections in aquaculture.
di: Liu, Qionglin, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Liu, Qionglin, et al.
Pubblicazione: (2026)
The role of amphipathic and cationic helical peptides in Parkinson's disease
di: Carlos Pintado‐Grima, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Carlos Pintado‐Grima, et al.
Pubblicazione: (2024)
Enhanced protein extraction and quantification protocol for microsamples: An ultra‐sensitive workflow for low‐volume, low‐concentration total protein lysates
di: Taylor Wilcox, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Taylor Wilcox, et al.
Pubblicazione: (2025)
Molecular architecture for state transition: insights from structural biology and evolutionary trajectories.
di: Minagawa, Jun
Pubblicazione: (2025)
di: Minagawa, Jun
Pubblicazione: (2025)
Linking the production of reactive oxygen species to the expression of antimicrobial peptides through aquaporin in an arthropod.
di: Wei, Zhe, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Wei, Zhe, et al.
Pubblicazione: (2025)
Understanding cell‐penetrating peptide mechanisms using computational electrophysiology simulations
di: Eric Catalina‐Hernandez, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Eric Catalina‐Hernandez, et al.
Pubblicazione: (2026)
KiNext: a portable and scalable workflow for the identification and classification of protein kinases.
di: Hellec, Elisabeth, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Hellec, Elisabeth, et al.
Pubblicazione: (2024)
Selection of nanobodies against liponanoparticle‐embedded membrane proteins by yeast‐surface display
di: Greg J. Dodge, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Greg J. Dodge, et al.
Pubblicazione: (2025)
Structural insights into the unique recognition module between α‐synuclein peptide and nanobody
di: Zeyaul Islam, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Zeyaul Islam, et al.
Pubblicazione: (2024)
Structural and evolutionary dissection of NADPH ‐binding motifs in NADPH ‐preferring ene‐reductases
di: Bianca Kerschbaumer, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Bianca Kerschbaumer, et al.
Pubblicazione: (2026)
Taxonomic quasi‐primes: peptides charting lineage‐specific adaptations and disease‐relevant loci
di: Eleftherios Bochalis, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Eleftherios Bochalis, et al.
Pubblicazione: (2025)
Training bias and sequence alignments shape protein–peptide docking by AlphaFold and related methods
di: Lindsey Guan, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Lindsey Guan, et al.
Pubblicazione: (2025)
AI ‐assisted design of a VEGFR2 agonistic peptide that promotes angiogenesis and wound repair
di: Farzana Yasmeen, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Farzana Yasmeen, et al.
Pubblicazione: (2026)
Compartment‐guided assembly of large‐scale molecular models with Bentopy
di: M. S. S. Westendorp, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: M. S. S. Westendorp, et al.
Pubblicazione: (2026)
Mesoscale explorer: Visual exploration of large‐scale molecular models
di: Alexander Rose, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Alexander Rose, et al.
Pubblicazione: (2024)
Common evolutionary origins of the bacterial glycyl tRNA synthetase and alanyl tRNA synthetase
di: Claudia Alvarez‐Carreño, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Claudia Alvarez‐Carreño, et al.
Pubblicazione: (2024)
AMPActiPred: A three‐stage framework for predicting antibacterial peptides and activity levels with deep forest
di: Lantian Yao, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Lantian Yao, et al.
Pubblicazione: (2024)
DiffPepDock : Efficient protein–peptide docking and binder screening via SE (3)‐equivariant diffusion
di: Yuzhe Wang, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Yuzhe Wang, et al.
Pubblicazione: (2025)
MA‐PEP: A novel anticancer peptide prediction framework with multimodal feature fusion based on attention mechanism
di: Xiao Liang, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Xiao Liang, et al.
Pubblicazione: (2024)
The subunit composition of the mammalian Mediator complex is not conserved in all vertebrates: Insights from evolutionary plasticity of fish genomes
di: Radka Symonová, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Radka Symonová, et al.
Pubblicazione: (2026)
Using extension‐based mRNA display to design antibody‐like proteinogenic peptides for human PD‐L1
di: Justin N. Ong, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Justin N. Ong, et al.
Pubblicazione: (2025)
Clustering protein functional families at large scale with hierarchical approaches
di: Nicola Bordin, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Nicola Bordin, et al.
Pubblicazione: (2024)
Exploring the Terra incognita of AI ‐based domain classifications
di: Jimin Pei, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Jimin Pei, et al.
Pubblicazione: (2025)
Insights on the G protein‐coupled receptor helix 8 solution structure and orientation using a neurotensin receptor 1 peptide
di: James B. Bower, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: James B. Bower, et al.
Pubblicazione: (2024)
Deep homology of a cis-regulatory syntax and the evolutionary origin of the notochord.
di: Fan, Tzu-Pei, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Fan, Tzu-Pei, et al.
Pubblicazione: (2025)
Thermodynamic consequences of stapling side‐chains on a peptide ligand using a lactam‐bridge: A theoretical study on anti‐angiogenic peptides targeting VEGF
di: Mahroof Kalathingal, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Mahroof Kalathingal, et al.
Pubblicazione: (2024)
In silico peptide self‐assembly reveals the importance of N‐terminal motifs and the inhibition mechanism of the mutation L38M in α ‐synuclein fibrillation
di: Van T. T. Nguyen, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Van T. T. Nguyen, et al.
Pubblicazione: (2026)
Documenti analoghi
-
Mining the UniProtKB /Swiss‐Prot database for antimicrobial peptides
di: Chenkai Li, et al.
Pubblicazione: (2025) -
De novo synthetic antimicrobial peptide design with a recurrent neural network
di: Chenkai Li, et al.
Pubblicazione: (2024) -
Amphipathic N-terminal helices drive MLKL-mediated necroptosis through an antimicrobial peptide-like mechanism across evolution.
di: Tian, Xin, et al.
Pubblicazione: (2026) -
Algoritmos basados en descriptores a nivel de aminoácidos y estructuras terciarias predichas para predecir péptidos antimicrobianos mediante aprendizaje de grafos
di: Greneter Cordoves Delgado
Pubblicazione: (2024) -
A large‐scale evolutionary and structural analysis of CLC channels and transporters
di: Ayush Mishra, et al.
Pubblicazione: (2025)