Molecular Dynamics Analysis of Inhibitor Binding Interactions in the Vibrio cholerae Respiratory Complex NQR
Fuente:
Wiley Open Access
Gespeichert in:
| Hauptverfasser: | Joseph. A. DePaolo‐Boisvert, Karina Tuz, David. D. L. Minh, Oscar X. Juarez |
|---|---|
| Format: | Artículo Open Access |
| Veröffentlicht: |
Wiley
2025
|
| Schlagworte: | |
| Online-Zugang: | |
| Tags: |
Tag hinzufügen
Keine Tags, Fügen Sie den ersten Tag hinzu!
|
Ähnliche Einträge
Molecular Dynamics Identify Variances Between Galectin Carbohydrate‐Binding Sites That Impact the Binding Site Conformation and Ligand Binding
von: Rob Marc Go, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Rob Marc Go, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Using Short Molecular Dynamics Simulations to Determine the Important Features of Interactions in Antibody–Protein Complexes
von: A. Clay Richard, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: A. Clay Richard, et al.
Veröffentlicht: (2024)
PIM‐1L Kinase Binds to and Inactivates SRPK1: A Biochemical and Molecular Dynamics Study
von: Nastazia Lesgidou, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Nastazia Lesgidou, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Based on Molecular Docking, Molecular Dynamics Simulation and MM / PB ( GB ) SA to Study Potential Inhibitors of PRRSV ‐Nsp4
von: Tianyu Shi, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Tianyu Shi, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Computational Discovery of MERS ‐ CoV Main Protease Inhibitors Through Screening and Molecular Dynamics Simulations
von: Shahidul M. Islam, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Shahidul M. Islam, et al.
Veröffentlicht: (2026)
Structure and Dynamics of Cannabinoid Binding to the GABA A Receptor
von: Lautaro Damian Alvarez, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Lautaro Damian Alvarez, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Exploring the Dynamic Interplay of Deleterious Variants on the RAF1 – RAP1A Binding in Cancer: Conformational Analysis, Binding Free Energy, and Essential Dynamics
von: Abbas Khan, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Abbas Khan, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Comparative Binding Dynamics of Minibinder 8.6 and HBD3 With TLR3 as Adjuvants for Developing a Peptide‐Based Multi‐Epitope Subunit Vaccine Against mCRPC : A Molecular Dynamics Study
von: Ishani Paul, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Ishani Paul, et al.
Veröffentlicht: (2026)
REV ‐ ERBβ Binding Pocket Dynamics With Implications for Rational Design of Small Molecule Modulators
von: Shriyansh Srivastava, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Shriyansh Srivastava, et al.
Veröffentlicht: (2025)
In Silico Characterization of Bromo‐ DragonFLY Binding to the 5‐ HT 2A Receptor: Molecular Insights Into a Potent Designer Psychedelic
von: Syeda Sumayya Tariq, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Syeda Sumayya Tariq, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Responses to Ligand Binding in the Bacterial DNA Sliding Clamp “β‐Clamp” Manifest in Dynamic Allosteric Effects
von: Signe Simonsen, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Signe Simonsen, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Binding Differences of the Peptide‐Substrate–Binding Domain of Collagen Prolyl 4‐Hydroxylases I and II for Proline‐ and Hydroxyproline‐Rich Peptides
von: M. Mubinur Rahman, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: M. Mubinur Rahman, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Conformational Dynamics and Molecular Characterization of Alsin MORN Monomer and Dimeric Assemblies
von: Marcello Miceli, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Marcello Miceli, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Order/Disorder Transitions Upon Protein Binding: A Unifying Perspective
von: Olga O. Lebedenko, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Olga O. Lebedenko, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Protein‐ RNA Docking Benchmark v3.0 Integrated With Binding Affinity
von: Shri Kant, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Shri Kant, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Structural Basis for Monomer–Dimer Transition of Dri1 Upon Heme Binding
von: Xiao‐Ying Wang, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Xiao‐Ying Wang, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Improved Prediction of Stabilizing Mutations in Proteins by Incorporation of Mutational Effects on Ligand Binding
von: Srivarshini Ganesan, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Srivarshini Ganesan, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Computational Characterization of the Role of LEM2 / LaminA Interactions on the Stability of BAF ‐Dimer Using Molecular Simulations
von: Aswin Vinod Muthachikavil, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Aswin Vinod Muthachikavil, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Insights Into the Molecular Interactions of MIC2 and M2AP : Role of TSR6 and Conservation Across Species
von: Xu Xia, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Xu Xia, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Structural Analysis and Inhibitor Modeling of Bacterioferritin From Brucella abortus
von: Lijun Liu, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Lijun Liu, et al.
Veröffentlicht: (2026)
Exploring the Effect of Hydrocarbon Cross‐Linkers on the Structure and Binding of Stapled p53 Peptides
von: Asha Rani Choudhury, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Asha Rani Choudhury, et al.
Veröffentlicht: (2025)
The SIRT1 N‐Terminal Domain as a Common Binding Interface for PPARγ Anchoring
von: Caique Camargo Malospirito, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Caique Camargo Malospirito, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Ligand Binding Prediction on Pharmaceutical and Nucleic Acid Targets by the CoDock Group in CASP16
von: Ren Kong, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Ren Kong, et al.
Veröffentlicht: (2025)
In Silico and In Vitro Analysis of Ganoderic Acid A Binding to Human Monocarboxylate Transporters 1 and 4
von: Mona Alrasheed Bashir, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Mona Alrasheed Bashir, et al.
Veröffentlicht: (2026)
Unraveling the Structural Basis of Biased Agonism in the β2‐Adrenergic Receptor Through Molecular Dynamics Simulations
von: Wojciech Plazinski, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Wojciech Plazinski, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Structural Implications of HIV ‐1 Protease Subtype C Bound to Darunavir: A Molecular Dynamics Study
von: Sankaran Venkatachalam, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Sankaran Venkatachalam, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Allium sativum‐Derived Alliin and Allicin Stably Bind to α‐Synuclein and Prevent Its Cytotoxic Aggregation
von: S. Rehan Ahmad, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: S. Rehan Ahmad, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Unraveling the Structure–Function Relationship and Mechanism of an Important Spiro‐Forming Nitrilase Using Metadynamics and Quantum Molecular Dynamics
von: Abhishek Kumar, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Abhishek Kumar, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Role of the DPP4 Receptor in SARS ‐ CoV Entry: Insights From Docking and Molecular Dynamics Simulations
von: Patrícia Pereira Duzi Carvalho, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Patrícia Pereira Duzi Carvalho, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Structural Insights Into the Impact of the Glycine‐Rich Loop Mutation in Noonan Syndrome on the ATP Binding Pocket of CRAF Kinase
von: Fatemeh Janati‐Fard, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Fatemeh Janati‐Fard, et al.
Veröffentlicht: (2024)
PCANN Program for Structure‐Based Prediction of Protein–Protein Binding Affinity: Comparison With Other Neural‐Network Predictors
von: Olga O. Lebedenko, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Olga O. Lebedenko, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Selective Inhibition of hsp90 Paralogs: Uncovering the Role of Helix 1 in Grp94‐Selective Ligand Binding
von: Nanette L. S. Que, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Nanette L. S. Que, et al.
Veröffentlicht: (2024)
The High‐Resolution Structure of a Variable Lymphocyte Receptor From Petromyzon marinus Capable of Binding to the Brain Extracellular Matrix
von: Elizabeth A. Appelt, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Elizabeth A. Appelt, et al.
Veröffentlicht: (2024)
x‐Ray Structure of Streptomyces avermitilis Phospholipase D Reveals a Ca 2+ ‐Stabilized Expanded Active‐Site Cleft Adapted for Phospholipid Binding
von: Yoshiaki Yasutake, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Yoshiaki Yasutake, et al.
Veröffentlicht: (2026)
3D‐ΔΔG: A Dual‐Channel Prediction Model for Protein–Protein Binding Affinity Changes Following Mutation Based on Protein 3D Structures
von: Yuxiang Wang, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Yuxiang Wang, et al.
Veröffentlicht: (2025)
The High‐Affinity Chymotrypsin Inhibitor Eglin C Poorly Inhibits Human Chymotrypsin‐Like Protease: Gln192 and Lys218 Are Key Determinants
von: Bálint Zoltán Németh, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Bálint Zoltán Németh, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Modeling Protein–Protein and Protein–Ligand Interactions by the ClusPro Team in CASP16
von: Ryota Ashizawa, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Ryota Ashizawa, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Molecular basis for differential recognition of an allosteric inhibitor by receptor tyrosine kinases
von: Jyoti Verma, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Jyoti Verma, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Understanding the Roles of Secondary Shell Hotspots in Protein–Protein Complexes
von: Jayadevan Parvathy, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Jayadevan Parvathy, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Unveiling the Complexity of cis ‐Regulation Mechanisms in Kinases: A Comprehensive Analysis
von: Alvaro M. Navarro, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Alvaro M. Navarro, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Ähnliche Einträge
-
Molecular Dynamics Identify Variances Between Galectin Carbohydrate‐Binding Sites That Impact the Binding Site Conformation and Ligand Binding
von: Rob Marc Go, et al.
Veröffentlicht: (2025) -
Using Short Molecular Dynamics Simulations to Determine the Important Features of Interactions in Antibody–Protein Complexes
von: A. Clay Richard, et al.
Veröffentlicht: (2024) -
PIM‐1L Kinase Binds to and Inactivates SRPK1: A Biochemical and Molecular Dynamics Study
von: Nastazia Lesgidou, et al.
Veröffentlicht: (2024) -
Based on Molecular Docking, Molecular Dynamics Simulation and MM / PB ( GB ) SA to Study Potential Inhibitors of PRRSV ‐Nsp4
von: Tianyu Shi, et al.
Veröffentlicht: (2024) -
Computational Discovery of MERS ‐ CoV Main Protease Inhibitors Through Screening and Molecular Dynamics Simulations
von: Shahidul M. Islam, et al.
Veröffentlicht: (2026)