Buchumschlag

Progress and Bottlenecks for Deep Learning in Computational Structure Biology: CASP Round XVI

Fuente: Wiley Open Access

Gespeichert in:

Bibliographische Detailangaben
Hauptverfasser:	Andriy Kryshtafovych, Torsten Schwede, Maya Topf, Krzysztof Fidelis, John Moult
Format:	Artículo Open Access
Veröffentlicht:	Wiley 2025
Schlagworte:	Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics
Online-Zugang:	Acceder al recurso
Tags:	Tag hinzufügen Keine Tags, Fügen Sie den ersten Tag hinzu!

Ähnliche Einträge

Cover Image, Volume 94, Issue 1
von: Andriy Kryshtafovych, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Cryo‐ EM Analysis in CASP16
von: Thomas Mulvaney, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Updates to the CASP Infrastructure in 2024
von: Andriy Kryshtafovych, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Protein Target Highlights in CASP16 : Insights From the Structure Providers
von: Leila T. Alexander, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Assessment of Nucleic Acid Structure Prediction in CASP16
von: Rachael C. Kretsch, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Protein‐Ligand Structure and Affinity Prediction in CASP16 Using a Geometric Deep Learning Ensemble and Flow Matching
von: Alex Morehead, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Accurate Biomolecular Structure Prediction in CASP16 With Optimized Inputs to State‐Of‐The‐Art Predictors
von: Wenkai Wang, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Enhancing RNA 3D Structure Prediction in CASP16 : Integrating Physics‐Based Modeling With Machine Learning for Improved Predictions
von: Sicheng Zhang, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Blind Prediction of Complex Water and Ion Ensembles Around RNA in CASP16
von: Rachael C. Kretsch, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Improving AlphaFold2 ‐ and AlphaFold3 ‐Based Protein Complex Structure Prediction With MULTICOM4 in CASP16
von: Jian Liu, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Modeling Protein–Protein and Protein–Ligand Interactions by the ClusPro Team in CASP16
von: Ryota Ashizawa, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Beyond Single Chains: Benchmarking Macromolecular Complex Prediction Methods With the Continuous Automated Model EvaluatiOn ( CAMEO )
von: Xavier Robin, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Ligand Binding Prediction on Pharmaceutical and Nucleic Acid Targets by the CoDock Group in CASP16
von: Ren Kong, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Graph_RG: Dominating CASP16 's Small Molecule Affinity Prediction Subcategory—A Pose‐Free Framework for Billion‐Scale Virtual Screening
von: Haiping Zhang
Veröffentlicht: (2025)

Protein Complex Structure Prediction With AlphaFold‐Enhanced HDOCK in CAPRI Rounds 47–55
von: Hao Li, et al.
Veröffentlicht: (2025)

DeepUSPS : Deep Learning‐Empowered Unconstrained‐Structural Protein Sequence Design
von: Zhichong Ma, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Integrative Modeling in the Age of Machine Learning: A Summary of HADDOCK Strategies in CAPRI Rounds 47–55
von: Victor Reys, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Unraveling the Structural Basis of Biased Agonism in the β2‐Adrenergic Receptor Through Molecular Dynamics Simulations
von: Wojciech Plazinski, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Modeling CAPRI Targets of Round 55 by Combining AlphaFold and Docking
von: Amar Singh, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Comparative Analysis of Deep Learning‐Based Algorithms for Peptide Structure Prediction
von: Clément Sauvestre, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Protein–Protein Interaction Prediction via Structure‐Based Deep Learning
von: Yucong Liu, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Massive Sampling Strategy for Antibody–Antigen Targets in CAPRI Round 55 With MassiveFold
von: Nessim Raouraoua, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Critical Assessment of Protein Intrinsic Disorder Round 3 ‐ Predicting Disorder in the Era of Protein Language Models
von: Mahta Mehdiabadi, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Correction to “ AbDPP : Target‐Oriented Antibody Design With Pretraining and Prior Biological Structure Knowledge”
Veröffentlicht: (2024)

AlphaFold and Docking Approaches for Antibody–Antigen and Other Targets: Insights From CAPRI Rounds 47–55
von: Ragul Gowthaman, et al.
Veröffentlicht: (2025)

DisDock : A Deep Learning Method for Metal Ion‐Protein Redocking
von: Menghan Lin, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Structural Classification Insights Into the Plant Defensive Peptides
von: Inda Setyawati, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Computational analyses of drug resistance mutations in katG and emb complexes in Mycobacterium tuberculosis
von: Aadam Basrai, et al.
Veröffentlicht: (2024)

Structure and Dynamics of Cannabinoid Binding to the GABA A Receptor
von: Lautaro Damian Alvarez, et al.
Veröffentlicht: (2025)

On the Variation of Structural Divergence Among Residues in Enzyme Evolution
von: Julian Echave, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Correction to Structural Classification Insights Into the Plant Defensive Peptides
Veröffentlicht: (2026)

Prediction and Evaluation of Coronavirus and Human Protein–Protein Interactions Integrating Five Different Computational Methods
von: Binghua Li, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Structural Variability of Pfam Domains Based on Alphafold2 Predictions
von: Elly Poretsky, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Structural Investigation of the Anti‐ CRISPR Protein AcrIE7
von: Jeehee Kang, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Structural and Enzymological Characterization of Phosphoserine Phosphatase From Brucella melitensis
von: Tanguy Scaillet, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Structure and Mechanism of PhdC , a Prenylated‐Flavin Maturase
von: Dominic R. Whittall, et al.
Veröffentlicht: (2025)

Sequence‐Similar Protein Domain Pairs With Structural or Topological Dissimilarity
von: Peter Røgen
Veröffentlicht: (2024)

Structural Analysis and Inhibitor Modeling of Bacterioferritin From Brucella abortus
von: Lijun Liu, et al.
Veröffentlicht: (2026)

Computational Discovery of MERS ‐ CoV Main Protease Inhibitors Through Screening and Molecular Dynamics Simulations
von: Shahidul M. Islam, et al.
Veröffentlicht: (2026)

Crystal Structure and Functional Characterization of YjgK From Salmonella Typhimurium
von: Su‐Yeon Choi, et al.
Veröffentlicht: (2025)