Adaptive Protein Design and Optimization (APDO): An Energy-Driven Framework for Protein Structure Optimization
Fuente:
Zenodo
Gespeichert in:
| 1. Verfasser: | KUMAR, PRABIN |
|---|---|
| Format: | Recurso digital |
| Veröffentlicht: |
Zenodo
2025
|
| Online-Zugang: | |
| Tags: |
Tag hinzufügen
Keine Tags, Fügen Sie den ersten Tag hinzu!
|
Ähnliche Einträge
An Energy-Adaptive Elastic Equivariant Transformer Framework for Protein Structure Representation
von: Zhang, Zhongyue, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Zhang, Zhongyue, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Improving Protein Sequence Design through Designability Preference Optimization
von: Xue, Fanglei, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Xue, Fanglei, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Structure-Guided Adaptive Propagation for Protein-Protein Interaction Site Prediction
von: Zhu, Enqiang, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Zhu, Enqiang, et al.
Veröffentlicht: (2026)
Adaptive Protein Design Protocols and Middleware
von: Alsaadi, Aymen, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Alsaadi, Aymen, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Chemical Reaction Optimization for Protein Complex Prediction in Large Protein-Protein Interaction Network
von: Islam, Md. Shahidul
Veröffentlicht: (2021)
von: Islam, Md. Shahidul
Veröffentlicht: (2021)
Leveraging Deep Generative Model For Computational Protein Design And Optimization
von: Lai, Boqiao
Veröffentlicht: (2024)
von: Lai, Boqiao
Veröffentlicht: (2024)
Optimistic Games for Combinatorial Bayesian Optimization with Application to Protein Design
von: Bal, Melis Ilayda, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Bal, Melis Ilayda, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Efficient Protein Optimization via Structure-aware Hamiltonian Dynamics
von: Wang, Jiahao, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Wang, Jiahao, et al.
Veröffentlicht: (2026)
Structure Prediction and Computational Protein Design for Efficient Biocatalysts and Bioactive Proteins
von: Rebecca Buller, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Rebecca Buller, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Structure Prediction and Computational Protein Design for Efficient Biocatalysts and Bioactive Proteins
von: Rebecca Buller, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Rebecca Buller, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Optimizing Protein Bars With Whey Protein Isolate, Pea Protein Isolate, and Blue Whiting (Micromesistius poutassou) Fish Protein Hydrolysate: A Simplex‐Centroid Mixture Design Study
von: Diako Khodaei, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Diako Khodaei, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Algorithmic Suspicion and Predictive Policing: Due Process in the Age of Data-Driven Law Enforcement
von: AAYUSH KUMAR
Veröffentlicht: (2026)
von: AAYUSH KUMAR
Veröffentlicht: (2026)
PPDiff: Diffusing in Hybrid Sequence-Structure Space for Protein-Protein Complex Design
von: Song, Zhenqiao, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Song, Zhenqiao, et al.
Veröffentlicht: (2025)
EPO: Diverse and Realistic Protein Ensemble Generation via Energy Preference Optimization
von: Sun, Yuancheng, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Sun, Yuancheng, et al.
Veröffentlicht: (2025)
BindEnergyCraft: Casting Protein Structure Predictors as Energy-Based Models for Binder Design
von: Nori, Divya, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Nori, Divya, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Protein Design with Dynamic Protein Vocabulary
von: Liu, Nuowei, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Liu, Nuowei, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Protein Design by Integrating Machine Learning with Quantum Annealing and Quantum-inspired Optimization
von: Panizza, Veronica, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Panizza, Veronica, et al.
Veröffentlicht: (2024)
FTDMP: A Framework for Protein–Protein, Protein–DNA, and Protein–RNA Docking and Scoring
von: Kliment Olechnovič, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Kliment Olechnovič, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Sustainable Production of Peanut Protein Isolate: Optimization, Functional Characterization, and Comparison With Soy Protein
von: Amadeo O. Martín Costa, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Amadeo O. Martín Costa, et al.
Veröffentlicht: (2025)
MegaFold: System-Level Optimizations for Accelerating Protein Structure Prediction Models
von: La, Hoa, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: La, Hoa, et al.
Veröffentlicht: (2025)
A Text-guided Protein Design Framework
von: Liu, Shengchao, et al.
Veröffentlicht: (2023)
von: Liu, Shengchao, et al.
Veröffentlicht: (2023)
Optimization of Protein Quantification From Soil Samples
von: M. Waibel, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: M. Waibel, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Improving Protein Optimization with Smoothed Fitness Landscapes
von: Kirjner, Andrew, et al.
Veröffentlicht: (2023)
von: Kirjner, Andrew, et al.
Veröffentlicht: (2023)
Adaptive Protein Tokenization
von: Dilip, Rohit, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Dilip, Rohit, et al.
Veröffentlicht: (2026)
Protein-SE(3): Benchmarking SE(3)-based Generative Models for Protein Structure Design
von: Yu, Lang, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Yu, Lang, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Geometric Deep Learning for Protein Structures: A New Paradigm in Drug Discovery and Protein Design
von: protein engineering
Veröffentlicht: (2026)
von: protein engineering
Veröffentlicht: (2026)
Octopus Inspired Optimization (OIO): A Hierarchical Framework for Navigating Protein Fitness Landscapes
von: Wang, Xu, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Wang, Xu, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Constrained Diffusion for Protein Design with Hard Structural Constraints
von: Christopher, Jacob K., et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Christopher, Jacob K., et al.
Veröffentlicht: (2025)
Flexibility-Conditioned Protein Structure Design with Flow Matching
von: Viliuga, Vsevolod, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Viliuga, Vsevolod, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Scoring-Assisted Generative Exploration for Proteins (SAGE-Prot): A Framework for Multi-Objective Protein Optimization via Iterative Sequence Generation and Evaluation
von: Lim, Hocheol, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Lim, Hocheol, et al.
Veröffentlicht: (2025)
A Variational Perspective on Generative Protein Fitness Optimization
von: Bogensperger, Lea, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Bogensperger, Lea, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Low-N Protein Activity Optimization with FolDE
von: Roberts, Jacob B., et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Roberts, Jacob B., et al.
Veröffentlicht: (2025)
Controllable Protein Sequence Generation with LLM Preference Optimization
von: Liu, Xiangyu, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Liu, Xiangyu, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Protein Counterfactuals via Diffusion-Guided Latent Optimization
von: Kłos, Weronika, et al.
Veröffentlicht: (2026)
von: Kłos, Weronika, et al.
Veröffentlicht: (2026)
ProtDAT: A Unified Framework for Protein Sequence Design from Any Protein Text Description
von: Guo, Xiao-Yu, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Guo, Xiao-Yu, et al.
Veröffentlicht: (2024)
ProteinAE: Protein Diffusion Autoencoders for Structure Encoding
von: Li, Shaoning, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Li, Shaoning, et al.
Veröffentlicht: (2025)
PRO‐LDM: A Conditional Latent Diffusion Model for Protein Sequence Design and Functional Optimization
von: Sitao Zhang, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Sitao Zhang, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Fine-Tuning Discrete Diffusion Models via Reward Optimization with Applications to DNA and Protein Design
von: Wang, Chenyu, et al.
Veröffentlicht: (2024)
von: Wang, Chenyu, et al.
Veröffentlicht: (2024)
Is Enhancer Function Driven by Protein–Protein Interactions? From Bacteria to Leukemia
von: Nicholas T. Crump, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Nicholas T. Crump, et al.
Veröffentlicht: (2025)
A Hierarchical Adaptive Diffusion Model for Flexible Protein-Protein Docking
von: Yin, Rujie, et al.
Veröffentlicht: (2025)
von: Yin, Rujie, et al.
Veröffentlicht: (2025)
Ähnliche Einträge
-
An Energy-Adaptive Elastic Equivariant Transformer Framework for Protein Structure Representation
von: Zhang, Zhongyue, et al.
Veröffentlicht: (2025) -
Improving Protein Sequence Design through Designability Preference Optimization
von: Xue, Fanglei, et al.
Veröffentlicht: (2025) -
Structure-Guided Adaptive Propagation for Protein-Protein Interaction Site Prediction
von: Zhu, Enqiang, et al.
Veröffentlicht: (2026) -
Adaptive Protein Design Protocols and Middleware
von: Alsaadi, Aymen, et al.
Veröffentlicht: (2025) -
Chemical Reaction Optimization for Protein Complex Prediction in Large Protein-Protein Interaction Network
von: Islam, Md. Shahidul
Veröffentlicht: (2021)