Protein-Protein Docking with Large-Scale Backbone Flexibility Using Coarse-Grained Monte-Carlo Simulations
Fuente:
Zenodo
Salvato in:
| Autore principale: | Kmiecik, Sebastian |
|---|---|
| Natura: | Recurso digital |
| Pubblicazione: |
Zenodo
2021
|
| Accesso online: | |
| Tags: |
Aggiungi Tag
Nessun Tag, puoi essere il primo ad aggiungerne!!
|
Documenti analoghi
A Hierarchical Adaptive Diffusion Model for Flexible Protein-Protein Docking
di: Yin, Rujie, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Yin, Rujie, et al.
Pubblicazione: (2025)
Distilled Protein Backbone Generation
di: Xie, Liyang, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Xie, Liyang, et al.
Pubblicazione: (2025)
Machine Learning Coarse-Grained Potentials of Protein Thermodynamics
di: Majewski, Maciej, et al.
Pubblicazione: (2022)
di: Majewski, Maciej, et al.
Pubblicazione: (2022)
An Iterative Framework for Generative Backmapping of Coarse Grained Proteins
di: Kementzidis, Georgios, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Kementzidis, Georgios, et al.
Pubblicazione: (2025)
Exploring Quantum Annealing for Coarse-Grained Protein Folding
di: Scheiber, Timon, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Scheiber, Timon, et al.
Pubblicazione: (2025)
ProteinWeaver: A Divide-and-Assembly Approach for Protein Backbone Design
di: Ma, Yiming, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Ma, Yiming, et al.
Pubblicazione: (2024)
FTDMP: A Framework for Protein–Protein, Protein–DNA, and Protein–RNA Docking and Scoring
di: Kliment Olechnovič, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Kliment Olechnovič, et al.
Pubblicazione: (2025)
Chemical Methods for Peptide and Protein Backbone Cleavage
di: Miguel Angel Alena‐Rodriguez, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Miguel Angel Alena‐Rodriguez, et al.
Pubblicazione: (2025)
Backbone Modification in a Protein Hydrophobic Core
di: Yuhan Lin, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Yuhan Lin, et al.
Pubblicazione: (2024)
Backbone Protecting Groups for Enhanced Peptide and Protein Synthesis
di: Samuel J. Paravizzini, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Samuel J. Paravizzini, et al.
Pubblicazione: (2025)
Pre-Training on Large-Scale Generated Docking Conformations with HelixDock to Unlock the Potential of Protein-ligand Structure Prediction Models
di: Liu, Lihang, et al.
Pubblicazione: (2023)
di: Liu, Lihang, et al.
Pubblicazione: (2023)
Monte Carlo Tree Diffusion with Multiple Experts for Protein Design
di: Liu, Xuefeng, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Liu, Xuefeng, et al.
Pubblicazione: (2025)
Group Ligands Docking to Protein Pockets
di: Guan, Jiaqi, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Guan, Jiaqi, et al.
Pubblicazione: (2025)
MOSAIC: Codon Harmonization of Monte Carlo-Based Simulated Annealing for Linked Codons in Heterologous Protein Expression
di: Jeong, Yoonho, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Jeong, Yoonho, et al.
Pubblicazione: (2025)
Torsion-Space Diffusion for Protein Backbone Generation with Geometric Refinement
di: Singh, Lakshaditya, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Singh, Lakshaditya, et al.
Pubblicazione: (2025)
SE(3)-Stochastic Flow Matching for Protein Backbone Generation
di: Bose, Avishek Joey, et al.
Pubblicazione: (2023)
di: Bose, Avishek Joey, et al.
Pubblicazione: (2023)
Rigid Protein-Protein Docking via Equivariant Elliptic-Paraboloid Interface Prediction
di: Yu, Ziyang, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Yu, Ziyang, et al.
Pubblicazione: (2024)
From Traditional Methods to Deep Learning Approaches: Advances in Protein–Protein Docking
di: Linlong Jiang, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Linlong Jiang, et al.
Pubblicazione: (2025)
Functional Geometry Guided Protein Sequence and Backbone Structure Co-Design
di: Song, Zhenqiao, et al.
Pubblicazione: (2023)
di: Song, Zhenqiao, et al.
Pubblicazione: (2023)
The Docking Game: Loop Self-Play for Fast, Dynamic, and Accurate Prediction of Flexible Protein-Ligand Binding
di: Zhang, Youzhi, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Zhang, Youzhi, et al.
Pubblicazione: (2025)
Scaling Kinetic Monte-Carlo Simulations of Grain Growth with Combined Convolutional and Graph Neural Networks
di: Tian, Zhihui, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Tian, Zhihui, et al.
Pubblicazione: (2025)
Evaluating and Scoring Ebolavirus Protein-protein Docking Models Using PIsToN
di: Shirali, Azam, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Shirali, Azam, et al.
Pubblicazione: (2025)
The Effect of a Knot on the Thermal Stability of Protein MJ0366: Insights from Molecular Dynamics and Monte Carlo Simulations
di: Begun, A. M., et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Begun, A. M., et al.
Pubblicazione: (2024)
Interactions of Therapeutic Antibodies With Presynaptically‐Released Misfolded Proteins in Neurodegenerative Diseases. A Spatial Monte‐Carlo Simulation Study
di: Jamie Goff, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Jamie Goff, et al.
Pubblicazione: (2025)
Artificial Liposomes With Internal Docking Site for Protein Delivery
di: Hyeri Ryu, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Hyeri Ryu, et al.
Pubblicazione: (2025)
Sequence-Augmented SE(3)-Flow Matching For Conditional Protein Backbone Generation
di: Huguet, Guillaume, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Huguet, Guillaume, et al.
Pubblicazione: (2024)
Scaling Graph Neural Networks to Large Proteins
di: Airas, Justin, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Airas, Justin, et al.
Pubblicazione: (2024)
Identification of Compounds Against Anti‐apoptotic Bcl‐2 Protein Using Docking Studies
di: Luis A. Caro‐Gómez, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Luis A. Caro‐Gómez, et al.
Pubblicazione: (2024)
FlowDock: Geometric Flow Matching for Generative Protein-Ligand Docking and Affinity Prediction
di: Morehead, Alex, et al.
Pubblicazione: (2024)
di: Morehead, Alex, et al.
Pubblicazione: (2024)
ReQFlow: Rectified Quaternion Flow for Efficient and High-Quality Protein Backbone Generation
di: Yue, Angxiao, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Yue, Angxiao, et al.
Pubblicazione: (2025)
ETDock: A Novel Equivariant Transformer for Protein-Ligand Docking
di: Yi, Yiqiang, et al.
Pubblicazione: (2023)
di: Yi, Yiqiang, et al.
Pubblicazione: (2023)
Molecular Embedding-Based Algorithm Selection in Protein-Ligand Docking
di: Wang, Jiabao Brad, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Wang, Jiabao Brad, et al.
Pubblicazione: (2025)
CWFBind: Geometry-Awareness for Fast and Accurate Protein-Ligand Docking
di: Jia, Liyan, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Jia, Liyan, et al.
Pubblicazione: (2025)
Synthetic Protein-Ligand Complex Generation for Deep Molecular Docking
di: Khiari, Sofiene, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Khiari, Sofiene, et al.
Pubblicazione: (2025)
A Review of Current Computational Tools for Peptide–Protein Docking
di: Fábio G. Martins, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Fábio G. Martins, et al.
Pubblicazione: (2026)
Predicting Protein-Nucleic Acid Flexibility Using Persistent Sheaf Laplacians
di: Hayes, Nicole, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Hayes, Nicole, et al.
Pubblicazione: (2025)
Modeling Protein Evolution via Generative Inference From Monte Carlo Chains to Population Genetics
di: Di Bari, Leonardo, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Di Bari, Leonardo, et al.
Pubblicazione: (2026)
Binding Characterization of Small Molecule Inhibitors to Fatty Acid Transport Protein 1: Molecular Docking and Dynamics Simulations
di: Yunhao Li, et al.
Pubblicazione: (2025)
di: Yunhao Li, et al.
Pubblicazione: (2025)
PI-Mamba: Linear-Time Protein Backbone Generation via Spectrally Initialized Flow Matching
di: Wu, Tianyu, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Wu, Tianyu, et al.
Pubblicazione: (2026)
SaDiT: Efficient Protein Backbone Design via Latent Structural Tokenization and Diffusion Transformers
di: Mo, Shentong, et al.
Pubblicazione: (2026)
di: Mo, Shentong, et al.
Pubblicazione: (2026)
Documenti analoghi
-
A Hierarchical Adaptive Diffusion Model for Flexible Protein-Protein Docking
di: Yin, Rujie, et al.
Pubblicazione: (2025) -
Distilled Protein Backbone Generation
di: Xie, Liyang, et al.
Pubblicazione: (2025) -
Machine Learning Coarse-Grained Potentials of Protein Thermodynamics
di: Majewski, Maciej, et al.
Pubblicazione: (2022) -
An Iterative Framework for Generative Backmapping of Coarse Grained Proteins
di: Kementzidis, Georgios, et al.
Pubblicazione: (2025) -
Exploring Quantum Annealing for Coarse-Grained Protein Folding
di: Scheiber, Timon, et al.
Pubblicazione: (2025)